标题: MCPB.py处理金属离子的问题 [打印本页] 作者Author: lily49 时间: 2021-5-1 18:48 标题: MCPB.py处理金属离子的问题 参照教程ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/mcpbpy_heme.htm处理带金属离子的配体遇到了问题1，配体的两个链靠CO离子相连，如果按照教程做，把金属离子取出单做余下的部分，就是两个不相连的片段，antechamber无法处理
按照给出的提示antechamber -j 5 -at sybyl -dr no 处理后报错：
Warning: For atom (ID: 1, Name: Co) the best APS is not zero.
Bonds involving this atom are frozen.
虽然得到了mol2文件但是不知道能不能正常使用
2，单独处理CO离子，教程中用的metalpdb2mol2.py脚本，报错：
Traceback (most recent call last):
File "metalpdb2mol2.py", line 11, in <module>
from pymsmt.mol.pdbio import get_atominfo_fpdb
ModuleNotFoundError: No module named 'pymsmt.mol.pdbio'
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "metalpdb2mol2.py", line 13, in <module>
from msmtmol.readpdb import get_atominfo_fpdb
ModuleNotFoundError: No module named 'msmtmol'