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标题: MD模拟如何计算两个原子间的位移关联函数 [打印本页]

作者
Author: Fmu 时间: 2021-5-3 19:46
标题: MD模拟如何计算两个原子间的位移关联函数
各位老师好，请问用gromacs完成一段模拟后，需要计算蛋白内部各原子对间位移关联函数（计算方法如下图）。模拟有2万多帧，直接转.gro文件输出坐标的话，文件过大。如果是提取全部原子坐标再统计计算，请问有什么比较高效的方法？或者gromacs有分析工具能统计计算这样的相关函数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-3 21:16
用VMD tcl脚本可以分析，只不过效率较低。也可以结合MDtraj、MDanalysis之类的轨迹分析库分析
可以用VMD转成xyz轨迹格式，自己写Fortran、C代码读入轨迹并进行计算
据我所知gmx没有自带的工具

作者
Author: Fmu 时间: 2021-5-3 23:27
我试试，谢谢。

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