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标题: PyVibMS现已支持ORCA/xtb/Q-Chem输出 [打印本页]

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作者
Author: smutao    时间: 2021-5-5 06:47
标题: PyVibMS现已支持ORCA/xtb/Q-Chem输出


近期社长sob老师做了一个量子化学程序流行度的调查(http://bbs.keinsci.com/thread-22854-1-1.html)，统计得到排名
前三甲的程序分别为高斯、ORCA和xtb. 考虑到这个因素，笔者近期对PyVibMS插件进行了改进，使它能够原生支持
ORCA、xtb和Q-Chem程序计算得到的振动分析输出。

如果是第一次接触PyVibMS，请参见 “使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式”一文(http://bbs.keinsci.com/thread-22835-1-1.html).
本文涉及的例子文件都在GitHub的档案中。

下面就ORCA、xtb和Q-Chem这三种量子化学计算程序，演示如何用PyVibMS显示分子振动。

1. ORCA 4

打开一个干净的PyMOL窗口，开启PyVibMS插件窗口后，在输入文件处选定 examples/ORCA/h2o/h2o.hess，在弹出的对话框内
将文件类型调成 ORCA Hess File (*.hess). 确认选定后，将PyVibMS窗口的XYZ下拉菜单调成 ORCA 4 (.hess file). 因为这个文件
包含了振动分析的结果，因此我们需勾选 Has Vib. Info. 然后点击Load载入即可。

ORCA产生的 .hess文件并非ORCA计算的主输出文件，它是振动分析产生的额外输出文件。

目前支持ORCA 4及以上的版本，但需要注意的是ORCA在处理多原子直线分子时似乎有个错误。例如对于二氧化碳分子(examples/ORCA/co2),
ORCA只给出了3个振动而实际为4个。

2. xtb

xtb程序在进行 --hess或--ohess 计算之后，会产生一个模仿高斯振动分析输出的g98.out文件，我们可以把这个文件载入PyVibMS进行振动可视化。

在新开启的PyVibMS窗口中，在输入文件处选定 examples/xtb-640/co2/g98.out, 在弹出的对话框内将文件类型调成 Output File (*.out). 确认选定后，
将PyVibMS窗口的XYZ下拉菜单调成 xtb (g98.out file), 勾选 Has Vib. Info. 后点击Load 载入即可。

3. Q-Chem

PyVibMS插件支持Q-Chem计算的 振动分析(freq) 输出和 结构优化+振动分析(opt+freq) 输出，并且解析Hessian和数值Hessian情况下的振动结果都可以被分析。
在新开启的PyVibMS窗口中，在输入文件处选定 examples/Q-Chem/h2o/ h2o-opt-f.log, 在弹出的对话框内将文件类型调成 Log File (*.log). 确认选定后，
将PyVibMS窗口的XYZ下拉菜单调成 Q-Chem 4/5, 勾选 Has Vib. Info. 后点击Load 载入即可。

4. 其他量子化学程序

除了以上几个比较常用的量子化学程序，我们还可能会用到CFOUR、MOLCAS等其他程序。对于这些程序计算得到的振动分析结果，我们可以
先使用UniMoVib程序(https://github.com/zorkzou/UniMoVib)处理，导出PyVibMS可以读取的XYZ坐标和mode文本文件，再使用PyVibMS进行振动可视化。关于UniMoVib程序的情况，可参见“分子振动频率和热化学计算程序UniMoVib”一文(http://bbs.keinsci.com/thread-5793-1-1.html).
具体流程请见下篇文章“使用UniMoVib+PyVibMS显示其他量化程序振动分析结果”(http://bbs.keinsci.com/thread-22975-1-1.html).

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