计算化学公社

标题: 能否通过RDG分析，解释异构体稳定性的差异 [打印本页]

作者
Author: IIIO_OIII 时间: 2021-5-5 13:54
标题: 能否通过RDG分析，解释异构体稳定性的差异
本帖最后由 IIIO_OIII 于 2021-5-5 13:56 编辑

我有两个同分异构体，用wB97XD/6-311G**优化并算得他们气象条件下的自由能。A比B更稳定，差3.5kcal/mol。随后为了分析稳定性差异的原因和计算分子内氢键的强度，用B3LYP-D3(BJ)/ma-TZVPP做了单点能计算，并用单点能计算的fchk文件得到了各自氢键BCP处的电子密度，生成了RDG散点图和RDG（0.5）的等值面图。结果如下：
A分子的等值面图：
(, 下载次数 Times of downloads: 33)

A分子的RDG散点图：
(, 下载次数 Times of downloads: 31)
B分子的等值面图：
(, 下载次数 Times of downloads: 22)
B分子的RDG散点图：
(, 下载次数 Times of downloads: 32)
我可以将散点图中的spike和等值面对应起来，分析他们各自分子内有什么样的弱相互作用，也可以用BCP处的电子密度计算得到各个分子内氢键的强度。两个分子的氢键键能总和相差很小，所以我无法用分子内氢键强度的不同解释他们稳定性的差异。
另外，我把两个分子的散点图叠到一起进行了比较。
(, 下载次数 Times of downloads: 27)
所以在这里请教各位前辈：
1，根据我提供的这些信息，是否有办法通过分析散点图和等值面图，半定性的解释稳定性的差异？是不是需要分析互斥的相互作用？
2，B分子的散点图中，在Sign(λ_2)ρ等于0.04处有一个小spike。而在A分子的散点图中却没有。这个spike我是不是可以理解为B分子中有一个电子密度较大的互斥作用，而A中没有这样的互斥作用。
谢谢各位前辈~

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-6 02:58
1 A里面有两个蓝色圆片体现两处强内氢键，而B里只有一个强内氢键（虽说B还有略弱的内氢键）。而且A里绿色等值面范围比B明显大很多，范德华吸引作用也更强。所以从直觉上就能判断A的分子内弱相互作用更强。

2 那个根本不是spike。必须戳到底，或者近乎戳到底的才算spike并能纳入讨论。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)