计算化学公社

标题: 请问如何通过vmd观察蛋白到氧化石墨烯界面的最小距离 [打印本页]

作者
Author: 行行真的行 时间: 2021-5-6 21:20
标题: 请问如何通过vmd观察蛋白到氧化石墨烯界面的最小距离
请问如何通过vmd观察蛋白到氧化石墨烯界面的最小距离，比如调整到0.8nm

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-7 03:18
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“界面与蛋白的距离”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-7 03:23
观察和调整是两码事。

测量最近距离的话写个VMD tcl脚本就完了。下面我写的脚本专门定义了一个新命令mindist，用法在ppt里也体现了

(, 下载次数 Times of downloads: 45)

如果是gromacs用户，有现成的gmx pairdist可以用，直接给你两个组之间最近、最远距离

作者
Author: 行行真的行 时间: 2021-5-7 09:23
谢谢社长！下次一定注意

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