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标题: 关于晶体模拟的NPT系综求助 [打印本页]

作者
Author: 王采岑 时间: 2021-5-7 16:43
标题: 关于晶体模拟的NPT系综求助
本帖最后由王采岑于 2021-5-7 17:07 编辑

看了一篇晶体文章的模拟过程，TPA是周期性的晶体结构，在TPA晶体中间扣出了两个TPA分子，放入一个MADBA，然后做的模拟
(, 下载次数 Times of downloads: 71)
有几个问题想要问：
（1）模拟过程先做了NVT预平衡，再用NPT正式模拟。这种在晶体环境下模拟的过程为啥要用NPT系综呢？包括社长在gromacs班里模拟冰时也用了NPT。NPT的意义是什么呢？什么情况下要用NPT呢？（2）如果这个体系，我想做一个周期性的退火来找构型，是否先用NVT在常温下预平衡，再用退火？退火的时候不需要控压？
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-8 02:01
1 没有特殊情况一律用NPT，本来模拟现实问题就应当通过控压维持特定压力，和热浴一个道理

2 可以。如果用控压时候没发现有严重异常就用控压，这样也才能如实体现出热膨胀效应

作者
Author: 王采岑 时间: 2021-5-8 09:31

sobereva 发表于 2021-5-8 02:01
1 没有特殊情况一律用NPT，本来模拟现实问题就应当通过控压维持特定压力，和热浴一个道理

2 可以。如果 ...

明白了，谢谢sob老师

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-5-8 10:09
这里的NPT你可以当作调整晶胞参数到合理数值。

作者
Author: 王采岑 时间: 2021-5-8 12:43

k64_cc 发表于 2021-5-8 10:09
这里的NPT你可以当作调整晶胞参数到合理数值。

就是正式退火模拟的时候吗？NPT可以保证在较高温度下，晶体维持在合理的范围

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-5-8 12:53

王采岑发表于 2021-5-8 12:43
就是正式退火模拟的时候吗？NPT可以保证在较高温度下，晶体维持在合理的范围

我回的是第一个问题……

作者
Author: 王采岑 时间: 2021-5-8 14:04

k64_cc 发表于 2021-5-8 12:53
我回的是第一个问题……

如果是常温下的NPT，晶体是实验测出来的，还需要调整吗？它自己不是挺合理的。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-9 03:54

王采岑发表于 2021-5-8 14:04
如果是常温下的NPT，晶体是实验测出来的，还需要调整吗？它自己不是挺合理的。。。

各种力场都有误差。没有哪个力场在晶胞弛豫后体积恰好和实验完全一致。如果力场本身误差大一些，弛豫后的晶胞尺寸和实验有明显差异，那么用实验的晶胞做NVT就相当于有明显的应力，这在理论计算角度反倒有问题

作者
Author: 王采岑 时间: 2021-5-12 09:33

sobereva 发表于 2021-5-9 03:54
各种力场都有误差。没有哪个力场在晶胞弛豫后体积恰好和实验完全一致。如果力场本身误差大一些，弛豫后的 ...

好的社长大人，就是可以先做一个常温的NPT，检查一下力场误差，可以接受，那么做NVT从0到298.15K的单次退火作为预平衡，然后做周期性的从298.15K到400K再到298.15K的退火找构型？周期性退火过程中加上parrinello-rahman压浴，这样做可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-12 11:48

王采岑发表于 2021-5-12 09:33
好的社长大人，就是可以先做一个常温的NPT，检查一下力场误差，可以接受，那么做NVT从0到298.15K的单次退 ...

退火过程是非平衡过程，应当用berendsen压浴

根本没理由用NVT。而且本来物质都有热膨胀系数，不同温度下盒子平均体积本来就应该是不同的，做了控压才能自然而然地体现这点。

作者
Author: 王采岑 时间: 2021-5-12 15:05

sobereva 发表于 2021-5-12 11:48
退火过程是非平衡过程，应当用berendsen压浴

根本没理由用NVT。而且本来物质都有热膨胀系数，不同温度 ...

好的社长，那么这个体系可以先做一个常温NPT，看一下误差，如果可以，NPT过程作为预平衡，然后做一个周期性退火找构型，用Berendsen压浴，这样可以吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-13 07:32

王采岑发表于 2021-5-12 15:05
好的社长，那么这个体系可以先做一个常温NPT，看一下误差，如果可以，NPT过程作为预平衡，然后做一个周期 ...

可以

作者
Author: 王采岑 时间: 2021-5-14 09:02

sobereva 发表于 2021-5-13 07:32
可以

好的好的，谢谢社长大人

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