计算化学公社

标题: 求助：编写脚本调用Multiwfn把高斯输出文件转为xyz文件出了bug? [打印本页]
作者
Author: 星斗如盘    时间: 2021-5-7 17:02
标题: 求助：编写脚本调用Multiwfn把高斯输出文件转为xyz文件出了bug?
本帖最后由 星斗如盘 于 2021-5-7 23:29 编辑


更新：用户lyj714的方法亲测有效

更新：
问题已解决：把setting文件同时和脚本放在一个文件夹里面就可以了，但是原因未知


log2xyz.bat脚本内容：
for /f %%i in ('dir *.log /b') do (
Multiwfn %%i < log2xyz.txt
)

log2xyz.xyz内容：
100
2
2
该脚本仅仅在Multiwfn目录下才能正常用行，在其他目录则失败（PS:使用类似的脚本把高斯输入文件*.gjf转为*.xyz则不存在这个问题）





作者
Author: kkwang    时间: 2021-5-7 20:46
试试加上Multiwfn的绝对路径
作者
Author: doublezhang    时间: 2021-5-7 20:56
2 一键把所有Gaussian输出文件转成gjf文件
脚本下载：http://sobereva.com/attach/530/out2gjf.sh

这是把当前目录下所有Gaussian输出文件（out）转成gjf文件的脚本，直接运行即可。运行之前必须将Multiwfn的settings.ini文件里的iloadGaugeom设为1（否则Multiwfn在载入out文件时不会从中读取数据）。得到的gjf文件里是默认关键词，应当根据实际情况进行修改。电荷和自旋多重度和out文件里一致（用了赝势的情况除外，需要自行手动修改gjf）。坐标是输出文件里最后一次输出的（如果有输入朝向的坐标则新生成的gjf里也是输入朝向的，没有的话就是标准朝向的。不了解朝向问题的话参看《谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用》http://sobereva.com/297）。

2020-Apr-10补充：对于2020-Apr-10及以后更新的Multiwfn，如果把iloadGaugeom设为2，则总是载入标准朝向下的坐标。

如果你的Gaussian输出文件是log后缀，把脚本里的out替换为log即可。也可以批量把诸如xyz、mol、mol2、pdb、fch、molden等各种Multiwfn支持的输入文件转成gjf，也是同样地把这个.sh脚本里的out替换成相应后缀即可。

显然，你需要在setting里改个参数
作者
Author: 星斗如盘    时间: 2021-5-7 22:07
本帖最后由 星斗如盘 于 2021-5-7 22:17 编辑
doublezhang 发表于 2021-5-7 20:56
显然，你需要在setting里改个参数

我想自己编辑一个windows下的脚本用，而且想和xyzQC.exe连用，这样可以根据模板生成输入文件。但是没有找到脚本调用xyzQC软件的方法
作者
Author: lyj714    时间: 2021-5-7 22:23
(, 下载次数 Times of downloads: 34)
作者
Author: sobereva    时间: 2021-5-8 01:56
仔细看此文Q18了解Multiwfn是怎么找settings.ini的
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452



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