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标题: 简单聊聊如何用C语言给VMD的Tcl shell编写函数 [打印本页]

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作者
Author: ene    时间: 2021-5-7 22:19
标题: 简单聊聊如何用C语言给VMD的Tcl shell编写函数


        1. 前言
        VMD提供了强大的动力学模拟结果分析功能，我们常常会利用它内置的Tcl shell编写各种Tcl语言分析脚本，以实现不同的目的。然而当有时我们需要较高的执行速度，或一些使用纯Tcl语言不方便实现的功能时，VMD内置的Tcl解释器的表现就不那样尽如人意了。因此这里我简单介绍一下怎么使用C语言给VMD编写它的Tcl解释器能够识别的函数（所谓Tcl C extensions）。本文的实现参考了这篇文章，如果需要更复杂的功能，可以参考Tcl extensions开发手册以及Tcl C API List，编写所需的代码。本文的结果全部基于Linux平台，Windows和Mac用户需要自行尝试。
        在本文中，我们将尝试编写一个random函数，用来产生指定数量的随机数，并将结果作为一个list返回。VMD的Tcl解释器已经内置了一个rand函数，但这个PRNG的功能较为简陋，最主要的一点是用户没法指定随机数种子，当我们需要固定的随机数序列（用于debug等等），Tcl内置的rand函数就不太合用了。因此我们编写的函数应该能够自行指定随机数种子，并能够返回随机数种子的数值。我们将使用C语言的rand与srand功能实现这一需求，虽然当对于随机数质量有更高要求时，我们也可以使用dSFMT等PRNG作为backend。以下是正文：

        2. 编译适当版本的Tcl库
        首先我们启动VMD，并输入如下命令：

1. vmd > info patchlevel

复制代码

这条命令查询的是VMD内置的Tcl解释器的版本，我们使用的Tcl库版本应当与这个版本严格一致。当查询到结果后，我们可以在这里下载对应版本的Tcl解释器源码，编译安装方法见这里。在编译时我们可以激活 --enable-shared=no选项，用来生成静态的Tcl库。这样我们后续编译得到的插件动态库能够静态的链接到Tcl库，避免配置环境变量带来的麻烦。后文中我们假设编译好的Tcl解释器安装到了/path/to/tcl，也就是在/path/to/tcl下存在bin/，include/，lib/，man/等文件夹。

        3. 编写Tcl C extensions
        使用C语言，我们可以首先得到一个最简单的随机数生成函数：

1. static inline double gen_rand(void)
   
2. {
   
3.         return (double)rand() / (double)RAND_MAX;
   
4. }

复制代码

我们还需要一个用于设定随机数种子的函数，这个函数应当能够使用给定的数值，或随机的数值（例如时间）作为种子：

1. static unsigned int seed;
   
2. 
   
3. static void set_seed(int val)
   
4. {
   
5.         extern unsigned int seed;
   
6.         static struct timeval start;
   
7. 
   
8.         if (val < 0) {
   
9.                 gettimeofday(&start, NULL);
   
10.                 seed = start.tv_usec;
    
11.         } else {
    
12.                 seed = (unsigned int)val;
    
13.         }
    
14.         srand(seed);
    
15. }

复制代码

接下来我们需要将这两个函数封装为Tcl解释器可以调用的格式。这一封装的具体方法在Tcl extensions开发手册中有非常详细的说明。这里我们仅仅简要介绍思路：

1. static int set_seed_cmd(ClientData clientData, Tcl_Interp *interp, \
   
2.         int objc, Tcl_Obj *CONST objv[])
   
3. {
   
4.         int seed = 0;
   
5. 
   
6.         if (objc < 2) {
   
7.                 return TCL_ERROR;
   
8.         }
   
9.         Tcl_GetIntFromObj(interp, objv[1], &seed);
   
10.         if (seed < 0) {
    
11.                 return TCL_ERROR;
    
12.         } else {
    
13.                 set_seed(seed);
    
14.         }
    
15.         return TCL_OK;
    
16. }
    
17. 
    
18. static int gen_rand_cmd(ClientData clientData, Tcl_Interp *interp, \
    
19.         int objc, Tcl_Obj *CONST objv[])
    
20. {
    
21.         double ran1 = 0.0;
    
22.         Tcl_Obj *tcl_result = NULL;
    
23. 
    
24.         tcl_result = Tcl_GetObjResult(interp);
    
25.         ran1 = gen_rand();
    
26.         Tcl_SetDoubleObj(tcl_result, ran1);
    
27.         return TCL_OK;        
    
28. }

复制代码

在函数参数表中，ClientData clientData是由Tcl解释器分配的用于保存全局数据的结构体，在这里对我们用处不大。 Tcl_Interp *interp是一个指向Tcl解释器结构体的指针，其中保存了对我们可见的数据，包括将要返回给解释器的计算结果等等。int objc是我们的函数被调用时，接收到的参数数量，Tcl_Obj *CONST objv[]是我们的函数在被调用时实际接收到的参数。在set_seed_cmd中我们使用Tcl_GetIntFromObj函数，将函数接受到的第一个参数转化为整数，并将其用作PRNG种子的数值。在gen_rand_cmd中我们首先使用Tcl_GetObjResult获取interp中，保存计算结果的结构体的地址，随后我们使用Tcl_SetDoubleObj将一个随机数填入这个结构体中。基于类似的思路，我们还可以得到用于返回当前随机数种子数值的get_seed_cmd函数与用于得到包含指定数量随机数的列表的gen_list_cmd函数。其中gen_list_cmd函数略有不同，我们首先使用Tcl_NewListObj函数得到一个填充了给定数量随机数的list，随后再将这个list作为结果传递给interp。

1. static int get_seed_cmd(ClientData clientData, Tcl_Interp *interp, \
   
2.         int objc, Tcl_Obj *CONST objv[])
   
3. {
   
4.         extern unsigned int seed;
   
5.         Tcl_Obj *tcl_result = NULL;
   
6. 
   
7.         tcl_result = Tcl_GetObjResult(interp);
   
8.         Tcl_SetIntObj(tcl_result, seed);
   
9.         return TCL_OK;
   
10. }
    
11. 
    
12. static int gen_list_cmd(ClientData clientData, Tcl_Interp *interp, \
    
13.         int objc, Tcl_Obj *CONST objv[])
    
14. {
    
15.         int i = 0;
    
16.         int len = 0;
    
17.         Tcl_Obj **ran = NULL;
    
18.         Tcl_Obj *tcl_result = NULL;
    
19. 
    
20.         if (objc < 2) {
    
21.                 return TCL_ERROR;
    
22.         }
    
23.         Tcl_GetIntFromObj(interp, objv[1], &len);
    
24.         if (len <= 0) {
    
25.                 return TCL_ERROR;
    
26.         }
    
27.         ran = calloc(len, sizeof(Tcl_Obj*));
    
28.         for (i = 0; i < len; i++) {
    
29.                 ran[i] = Tcl_NewObj();
    
30.                 Tcl_SetDoubleObj(ran[i], gen_rand());
    
31.         }
    
32.         tcl_result = Tcl_NewListObj(len, NULL);
    
33.         Tcl_SetListObj(tcl_result, len, ran);
    
34.         Tcl_SetObjResult(interp, tcl_result);
    
35.         free(ran);
    
36.         return TCL_OK;
    
37. }

复制代码

最后我们需要向Tcl解释器注册这些函数，并为它们分配它们在Tcl shell中被调用时所使用的函数名。这些操作可以使用Tcl_CreateObjCommand函数完成。需要注意的时，当Tcl解释器加载名为libxxxx.so的动态库时，它会试图查找这一动态库中是否存在名为int Xxxx_Init(Tcl_Interp *interp)的函数。若存在这一函数，则Tcl解释器会首先调用一次该函数，并执行函数中所定义的操作。这里我们将会把编译得到的动态库命名为librandom.so，因此我们会得到如下的可以被Tcl解释器所调用的函数：

1. int Random_Init(Tcl_Interp *interp)
   
2. {
   
3.         Tcl_Namespace *nsPtr = NULL;
   
4. 
   
5.         set_seed(-1);
   
6.         nsPtr = Tcl_CreateNamespace(interp, "Random", NULL, NULL);
   
7.         if (nsPtr == NULL) {
   
8.                 return TCL_ERROR;
   
9.         }
   
10.         Tcl_CreateObjCommand(interp, "Random::sran", set_seed_cmd, NULL, NULL);
    
11.         Tcl_CreateObjCommand(interp, "Random::seed", get_seed_cmd, NULL, NULL);
    
12.         Tcl_CreateObjCommand(interp, "Random::rand", gen_rand_cmd, NULL, NULL);
    
13.         Tcl_CreateObjCommand(interp, "Random::list", gen_list_cmd, NULL, NULL);
    
14.         return TCL_OK;
    
15. }

复制代码

为不影响VMD Tcl shell中其他命令起见，我们这里通过Tcl_CreateNamespace函数将所有所定义的函数放置于名为Random的namespace中。
        最后，我们使用gcc对我们编写的代码（librandom.c）进行编译：

1. gcc -shared -fPIC -o librandom.so -I/path/to/tcl/include librandom.c -L/path/to/tcl/lib/ -ltcl8.5 -Wall

复制代码

若一切正常，当前目录下即可产生librandom.so文件。

        4. 测试
        在编译目录下启动VMD，并在TkConsole中输入：

1. load ./librandom.so

复制代码

随后进行测试（如图）：

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可见我们编写的C库能够实现我们所期望的功能。

        5. 其他
        本文中所讲述的方法不仅仅适用于VMD，同样也适用于NAMD的TclForce模块。但应当注意的是，NAMD的内置Tcl解释器版本与VMD的内置Tcl解释器版本不一定相同，在使用前同样应当做好测试。此外，本文并未提及如何从Tcl解释器中获取列表形式的参数用于后续分析，这对于乐意思考的读者来说应当不成问题。
        最后附上本文中代码的文本文件：
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作者
Author: ene    时间: 2021-5-7 22:58
顺便吐槽一句，论坛的代码编辑器真是难用……

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作者
Author: lyj714    时间: 2021-5-8 01:09


补个Win上编译的测试情况，咱就以Visual Studio 2019的cl编译器为例，配合官网稳定版本vmd1.9.3为例（注意这里是32位的程序哦！）

• 如楼主写的那个程序为例，目前简单修改一下，去掉<sys/time.h>的依赖，，，添加上dll导出函数符号__declspec(dllexport)，废话不多说，直接看修改好的附件
• 编译并导出dll，咱就一步到位的命令，打开vs command prompt终端，注意一定要是32位的，必须与vmd保持一致
  

1. cl -nologo -LD  -O2 -MD  librandom.c /IE:\tcl\include /link E:\tcl\lib\tcl85.lib
   

复制代码

这里的tcl库你可以通过pip安装，也可以源码编译（vs），注意一定要是tcl8.5才可以（与vmd中的保持一致，也必须是32位的）

• 使用，通过vmd的tcl命令直接load就可以啦：
  1. load librandom.dll

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当然用vmd1.9.4a的Win64版本也可以，比如这个版本http://bbs.keinsci.com/thread-19148-1-1.html，配合vs 64位编译器使用即可：

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作者
Author: edcchens    时间: 2022-3-15 14:03
牛的

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