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标题: 求解答，xtb电荷设置问题 [打印本页]

作者
Author: nemolee 时间: 2021-5-8 02:55
标题: 求解答，xtb电荷设置问题
使用xtb时用命令强制电荷为+2（Zn离子），一开始（图1）显示是正常的，但很快显示图2的charge是0，这样结果是不是有问题了？
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作者
Author: RAL 时间: 2021-5-8 17:22
本帖最后由 RAL 于 2021-5-8 17:25 编辑

xtb的GFN-FF没办法在命令行指定体系的电子结构信息，但不会报错，而是把--chrg --uhf自动忽略掉，有点坑其实。
可以改用GFN0-xTB进行MD模拟，或者自己给一个.chrg文件

作者
Author: nemolee 时间: 2021-5-8 22:27
本帖最后由 nemolee 于 2021-5-8 22:28 编辑

RAL 发表于 2021-5-8 17:22
xtb的GFN-FF没办法在命令行指定体系的电子结构信息，但不会报错，而是把--chrg --uhf自动忽略掉，有点坑其 ...

您是说，即使开始那个calculation setup显示有电荷，后面也会直接忽略吗？这个MD做的是不带电荷的吗？可是我刚用vmd看配位数Zn周围是六配位，应该是离子态啊。

我试过.CHRG指定了，结果一样，如下：

         -------------------------------------------------
      |             Calculation Setup             |
         -------------------------------------------------

      program call             : xtb xtb.pdb --input input --md --gfnff
      hostname                : bigdaddy
      coordinate file          : xtb.pdb
      omp threads             :                   12
      number of atoms          :                2643
      number of electrons       :                7076
      charge                   :                   1
      spin                      :                0.0
      first test random number :    0.89721877419557

# atoms in fragment 1/2: 42  2601
fragment masses (1/2) :    412.58 15619.25
CMA distance (Bohr) : 3.219
constraining FC (au) :  0.0500
      charge from pdb residues: 0
1.00000000000000
      GFN-FF topology read from file successfully!

      :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
      ::                   SUMMARY                   ::
      :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
      :: total energy          -298.199598363851 Eh ::
      :: gradient norm             1.294976545394 Eh/a0 ::
      ::.................................................::
      :: bond energy          -234.209123477160 Eh ::
      :: angle energy             1.483936395525 Eh ::
      :: torsion energy          0.038294808185 Eh ::
      :: repulsion energy       23.498914683553 Eh ::
      :: electrostat energy    -82.356264655409 Eh ::
      :: dispersion energy       -1.707742887240 Eh ::
      :: HB energy                -4.920851696642 Eh ::
      :: XB energy                0.000000000000 Eh ::
      :: bonded atm energy       -0.026761534735 Eh ::
      :: external energy          0.000000000000 Eh ::
      :: add. restraining          0.000000000073 Eh ::
      :: total charge             -0.000000000000 e    ::
      :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

作者
Author: lyj714 时间: 2021-5-8 22:40
本帖最后由 lyj714 于 2021-5-8 22:59 编辑

好像是pdb格式的毛病，xyz没问题。

charge from pdb residues:

复制代码

xtb使用gfnff时读pdb格式会直接用pdb中给的电荷，一般pdb的电荷列会没有值，所以xtb计算就始终为0

作者
Author: nemolee 时间: 2021-5-12 00:55

lyj714 发表于 2021-5-8 22:40
好像是pdb格式的毛病，xyz没问题。
xtb使用gfnff时读pdb格式会直接用pdb中给的电荷，一般pdb的电荷列会没 ...

我用pdb文件跑xtb已成功指定了电荷，.CHRG文件和命令行都用了，貌似是CHRG文件起作用了。
# atoms in fragment 1/2: 42  2601
fragment masses (1/2) :    412.58 15619.25
CMA distance (Bohr) : 3.219
constraining FC (au) :  0.0500
########################################################################
[WARNING] Please study the warnings concerning your input carefully
-1- prog_main: Charge in sdf/mol input was overwritten
########################################################################
      charge from pdb residues: 1
1.00000000000000

      :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
      ::                   SUMMARY                   ::
      :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
      :: total energy          -296.887407611223 Eh ::
      :: gradient norm             1.294692733173 Eh/a0 ::
      ::.................................................::
      :: bond energy          -234.209123477160 Eh ::
      :: angle energy             1.483834320024 Eh ::
      :: torsion energy          0.037740919550 Eh ::
      :: repulsion energy       23.490197963653 Eh ::
      :: electrostat energy    -81.036875717923 Eh ::
      :: dispersion energy       -1.706553290740 Eh ::
      :: HB energy                -4.921238885122 Eh ::
      :: XB energy                0.000000000000 Eh ::
      :: bonded atm energy       -0.025389443577 Eh ::
      :: external energy          0.000000000000 Eh ::
      :: add. restraining          0.000000000073 Eh ::
      :: total charge             1.000000000000 e    ::
      :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

作者
Author: nemolee 时间: 2021-5-12 00:56

RAL 发表于 2021-5-8 17:22
xtb的GFN-FF没办法在命令行指定体系的电子结构信息，但不会报错，而是把--chrg --uhf自动忽略掉，有点坑其 ...

谢谢，已成功指定电荷。之前尝试没成功，现在想来应该是要删除那个gfnff_topo文件才行.

作者
Author: lyj714 时间: 2021-5-12 01:00

nemolee 发表于 2021-5-12 00:56
谢谢，已成功指定电荷。之前尝试没成功，现在想来应该是要删除那个gfnff_topo文件才行.

还不如用xyz做输入文件，命令行直接指定来的直接。

作者
Author: nemolee 时间: 2021-5-12 12:52

lyj714 发表于 2021-5-12 01:00
还不如用xyz做输入文件，命令行直接指定来的直接。

之前试过各种输入文件都失败了，等有空我核实一下是不是也是因为没删掉gfnff_topo文件。

作者
Author: Somnus荣小荣 时间: 2023-5-31 15:42

nemolee 发表于 2021-5-12 00:55
我用pdb文件跑xtb已成功指定了电荷，.CHRG文件和命令行都用了，貌似是CHRG文件起作用了。
# atoms in fr ...

您好，最近遇到了跟您一样的问题，需要同时指定CHRG和UHF，使用命令行--chrg -1 --uhf 1 也会出现开始显示是正常，很快就变成了charge为0的情况，请问您如何实现的呀（CHGR文件和UHF文件以及命令行如何同时使用呀），恳请您指点

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