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标题: 求助orca计算单点能报错：ORCA finished by error termination in MDCI [打印本页]

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Author: hhwang 时间: 2021-5-8 11:46
标题: 求助orca计算单点能报错：ORCA finished by error termination in MDCI
本帖最后由 hhwang 于 2021-5-8 11:46 编辑

各位老师，我尝试通过http://sobereva.com/490中的高精度方法12 Approximated CCSD(T)/CBS with help of MP2 (cc-pVTZ->QZ extrapolation)
13 CCSD(T)/CBS (cc-pVTZ->QZ extrapolation)
和DLPNO-CCSD(T)/CBS with tightPNO and RIJK (def2-TZVPP->QZVPP extrapolation)
这三种方法作为orca输入方法计算当前的体系，在计算H2O、CH4等小分子的时候可以正常结束，但是在处理反应物、过渡态和产物时均出现ORCA finished by error termination in MDCI 错误，之前的提醒是内存不足，尝试通过 %maxcore 102400 将内存增加到100GB，还是不能正常结束，下面是采用DLPNO-CCSD(T)/CBS方法的输入文件4TS5-TS5.inp，作业提交脚本4TS5-TS5.slurm，和输出文件4TS5-TS5.out，希望能得到各位老师们的指导，找到解决方法。
谢谢老师们！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-5-8 13:23
%maxcore不是总内存，是每核内存。这样的话你的%maxcore乘核数不得超过机器可用内存。

作者
Author: hhwang 时间: 2021-5-8 19:37

zjxitcc 发表于 2021-5-8 13:23
%maxcore不是总内存，是每核内存。这样的话你的%maxcore乘核数不得超过机器可用内存。

老师，我计算了一下，每核内存设置成100GB确实有点过大了，因为之前计算高斯作业的时候都是核数40，内存50GB，我之前用 %maxcore 51200测试过也出错了，按照您的建议，改成了61440仍然出现了同样的错误，是不是因为方法的精度太高，加上体系有6个重原子，所以才不能正常结束？请问老师上面提到的这三种orca的高精度外推方法做单点能计算时可以计算多大的体系呢？

作者
Author: RAL 时间: 2021-5-8 20:03
ORCA内存管理不太好，所以给的%maxcore乘核数的总数要略低于机器总内存，比如80%。如果还是炸内存，就要降低核数或者干脆换个大内存机器。
你这个体系挺小的，当前方法应该算得动。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-5-8 20:04

hhwang 发表于 2021-5-8 19:37
老师，我计算了一下，每核内存设置成100GB确实有点过大了，因为之前计算高斯作业的时候都是核数40，内存5 ...

你可以选择不用外推，你在1L的文件里有DLPNO-CCSD(T)/def2-TZVPP结果，可以直接使用。任务是在算def2-QZVPP时挂掉的，不妨碍前面def2-TZVPP算完了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-5-8 20:15

hhwang 发表于 2021-5-8 12:37
老师，我计算了一下，每核内存设置成100GB确实有点过大了，因为之前计算高斯作业的时候都是核数40，内存5 ...

补充一下，如果不做外推，可以考虑用F12代替

作者
Author: hhwang 时间: 2021-5-8 21:25

RAL 发表于 2021-5-8 20:03
ORCA内存管理不太好，所以给的%maxcore乘核数的总数要略低于机器总内存，比如80%。如果还是炸内存，就要降 ...

因为作业是在超算上提交的，cup单个节点最小核数是40，总内存应该是在3T，内存设置到60G差不多算是内存空间的80%，所以不知道出错的原因

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-5-8 21:29

hhwang 发表于 2021-5-8 21:25
因为作业是在超算上提交的，cup单个节点最小核数是40，总内存应该是在3T，内存设置到60G差不多算是内存空 ...

我看你输入文件里压根没写核数啊，那就是单核在跑哇

作者
Author: hhwang 时间: 2021-5-8 21:48

zjxitcc 发表于 2021-5-8 20:04
你可以选择不用外推，你在1L的文件里有DLPNO-CCSD(T)/def2-TZVPP结果，可以直接使用。任务是在算def2-QZV ...

老师，输出文件的Extrapolated Energy 2 Basis=  def2-QZVPP上面有一个
E(CCSD(T))                               ... -272.317384009
文件的最后还有一个
E(CCSD(T))                               ... -272.396172096
我在提取DLPNO-CCSD(T)/def2-TZVPP结果的时候应该用哪个E(CCSD(T)) 能量呀？

作者
Author: hhwang 时间: 2021-5-8 21:58

wzkchem5 发表于 2021-5-8 20:15
补充一下，如果不做外推，可以考虑用F12代替

嗯嗯，老师，我还用了DLPNO-CCSD(T) normalPNO RIJK cc-pVTZ cc-pVTZ/JK cc-pVTZ/C tightSCF noautostart miniprint nopop这种方法，可以正常结束，尝试orca外推的方法，主要是想把上面的外推计算和高斯的CCSD(T)/CBS tz-qz外推对比一下结果，但是orca外推的单点计算一直出现错误

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-5-8 22:04

hhwang 发表于 2021-5-8 14:58
嗯嗯，老师，我还用了DLPNO-CCSD(T) normalPNO RIJK cc-pVTZ cc-pVTZ/JK cc-pVTZ/C tightSCF noautostart ...

我现在才打开你的输出文件看，在这里报错应该不是内存/硬盘不足。
stderr有输出任何信息吗？

作者
Author: hhwang 时间: 2021-5-8 22:09

zjxitcc 发表于 2021-5-8 21:29
我看你输入文件里压根没写核数啊，那就是单核在跑哇

因为之前的DLPNO-CCSD(T) normalPNO RIJK cc-pVTZ cc-pVTZ/JK cc-pVTZ/C tightSCF noautostart miniprint nopop方法输入文件里没有写核数和内存，在提交命令的脚本.slurm里写了#SBATCH -n 40 #SBATCH --ntasks-per-node=40，我以为这样就可以了，后来计算外推方法出错了，就在里面加上了内存，没有加核数信息，老师，你的意思是orca输入文件里也必须指定核数吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-5-8 22:12

hhwang 发表于 2021-5-8 22:09
因为之前的DLPNO-CCSD(T) normalPNO RIJK cc-pVTZ cc-pVTZ/JK cc-pVTZ/C tightSCF noautostart miniprint ...

是的。

作者
Author: hhwang 时间: 2021-5-8 22:12

wzkchem5 发表于 2021-5-8 22:04
我现在才打开你的输出文件看，在这里报错应该不是内存/硬盘不足。
stderr有输出任何信息吗？

老师，你说的stderr是什么呀？下面这个是伴随着作业提交的6006331.err文件，里面错误信息是这样的：
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
.... aborting the run

/tmp/slurmd/job6006331/slurm_script: line 11: 99300 Segmentation fault /lustre/home/acct-mezzy/mezzy/SOFTWARE/Orca/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca 4TS5-TS5.inp > 4TS5-TS5.out

作者
Author: hhwang 时间: 2021-5-8 22:38

zjxitcc 发表于 2021-5-8 22:12
是的。

嗯嗯，好的，我已经把核数加进去重新提交了

作者
Author: hhwang 时间: 2021-5-8 23:10

zjxitcc 发表于 2021-5-8 22:12
是的。

刚开始学习orca，出现了算是很低级的错误，谢谢您和其他各位老师，输入文件中加上核数命令之后可以正常结束了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-5-9 00:03

hhwang 发表于 2021-5-8 15:12
老师，你说的stderr是什么呀？下面这个是伴随着作业提交的6006331.err文件，里面错误信息是这样的：
[fi ...

就是你贴的这个。
感觉可能是orca的一个bug，建议在orca论坛上发个帖，报一下bug

作者
Author: hhwang 时间: 2021-5-9 18:50

wzkchem5 发表于 2021-5-9 00:03
就是你贴的这个。
感觉可能是orca的一个bug，建议在orca论坛上发个帖，报一下bug

谢谢老师的建议，主要是orca刚接触没多久，没办法识别是自己的问题还是软件的问题

作者
Author: 余墨清秋 时间: 2022-6-11 00:56

hhwang 发表于 2021-5-8 23:10
刚开始学习orca，出现了算是很低级的错误，谢谢您和其他各位老师，输入文件中加上核数命令之后可以正常结 ...

请问你当时核数的语句是怎么加的？我遇到了和你同样的问题，但一加核数和end就报并行命令的错误

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-11 01:40

余墨清秋发表于 2022-6-10 17:56
请问你当时核数的语句是怎么加的？我遇到了和你同样的问题，但一加核数和end就报并行命令的错误

这个一般是openmpi没装对，或者环境变量（PATH、LD_LIBRARY_PATH）没设对，不是输入文件没写对。

作者
Author: 余墨清秋 时间: 2022-6-11 09:40

wzkchem5 发表于 2022-6-11 01:40
这个一般是openmpi没装对，或者环境变量（PATH、LD_LIBRARY_PATH）没设对，不是输入文件没写对。

好的，谢谢

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