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标题: 求助GAMESS-US在超算上安装问题 [打印本页]

作者
Author: hhwang 时间: 2021-5-8 12:10
标题: 求助GAMESS-US在超算上安装问题
在使用上交的超算安装gamess，按照上交老师的提示申请下载的下面版本的gamess,GAMESS version September 30, 2020 R2 for 64 bit x86_64 under Linux using GNU compilers
按照sob老师的帖子http://sobereva.com/193和软件安装提示，在超算上没有找到mkl数据库，就用了gfortran 编译器和atlas数据库，
进行到./lked gamess 00 时，出现了下面错误：
> /usr/bin/ld: cannot find -lf77blas > /usr/bin/ld: cannot find -latlas > /usr/bin/ld: cannot find -lf77blas > /usr/bin/ld: cannot find -latlas > collect2: error: ld returned 1 exit status > set rc=1 > unset echo > > Unfortunately, there was an error while linking GAMESS. > 0.379u 0.553s 0:01.19 77.3% 0+0k 0+40io 0pf+0w这是提醒在atlas数据库中缺少-lf77blas和-latlas吗？请问各位老师，遇到这种情况该怎么解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-8 12:27
那叫数学库不叫数据库

诸如提示cannot find -latlas，意味着在搜索库的目录下缺少libatlas.a，你得自己编译atlas数学库的静态库文件(.a)

最好用MKL，没有就自己装一个就完了，免费的

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-5-8 13:18
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-5-8 13:21 编辑

现今大多数超算都有现成的Intel 全家桶（含MKL），一般module load相应的编译器版本即可。使用module avai可以查看有哪些包可供加载。很少有自己需要安装的。如果你实在不懂可以问机器/超算管理员，可能他们一行命令就搞定了，不需要你操作啥。

如果实在想自己装，可以参考我写的《Linux下安装Intel oneAPI》。

作者
Author: hhwang 时间: 2021-5-8 19:13

sobereva 发表于 2021-5-8 12:27
那叫数学库不叫数据库

诸如提示cannot find -latlas，意味着在搜索库的目录下缺少libatlas.a，你得自己 ...

谢谢sob老师，已经改成了mkl方式安装

作者
Author: hhwang 时间: 2021-5-8 19:21

zjxitcc 发表于 2021-5-8 13:18
现今大多数超算都有现成的Intel 全家桶（含MKL），一般module load相应的编译器版本即可。使用module avai ...

谢谢您，确实如您所说，我通过module avai找到了上交的超算上有Intel 全家桶，用module load语句加载了之后就可以使用，我找到了mkl数学库的位置，改成gfortran结合mkl的方式，结合sob老师的帖子安装并测试成功了，非常感谢您！

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