计算化学公社

标题: VMD如何计算蛋白RNA复合物轨迹中的水介导的氢键？ [打印本页]

作者
Author: violet 时间: 2021-5-8 14:52
标题: VMD如何计算蛋白RNA复合物轨迹中的水介导的氢键？
我现在有轨迹文件，是NAMD跑得关于蛋白质和RNA复合物的，我想计算蛋白RNA之间的氢键，已知能用VMD进行HBond分析，但是实验中表明还会有水介导的二者之间的氢键相互作用，请问有人能帮忙解答如何实现水介导的氢键分析

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-8 15:32
“水介导”不是众所周知的词
如果解释清楚是什么含义，或许有其他不了解这个词但是知道怎么解决这个问题的人能帮你

作者
Author: violet 时间: 2021-5-8 20:21
首先很感谢sobereva老师的回复！
Water-mediated hydrogen bonds
英文是这样的，我刚发现18年有人提过这个问题，但是并没有得到相应的结解决措施，我是否需要自编脚本？
VMD能否实现？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-9 04:03

violet 发表于 2021-5-8 20:21
首先很感谢sobereva老师的回复！
Water-mediated hydrogen bonds
英文是这样的，我刚发现18年有人提过这 ...

用VMD结合自己写的tcl脚本100%能分析，怎么写怎么分析取决于这个词在当前语境下具体指什么

作者
Author: violet 时间: 2021-5-9 16:16

sobereva 发表于 2021-5-9 04:03
用VMD结合自己写的tcl脚本100%能分析，怎么写怎么分析取决于这个词在当前语境下具体指什么

好的，非常谢谢sobereva老师，我会好好看一下TCL教程，好好分析一下

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