计算化学公社

标题: Lammps在intel编译器下编译安装 [打印本页]

作者
Author: lindlar 时间: 2021-5-8 23:44
标题: Lammps在intel编译器下编译安装
本帖最后由 lindlar 于 2022-6-15 17:21 编辑

直接采用intel编译器编译lammps的简便方法，无需额外安装fftw和mpi
1、Lammps版本：lammps-29Oct20，也适用于lammps-17Feb2022
2、intel编译器，含mpi版本：parallel_studio_xe_2020_update4_cluster_edition，设置好环境变量
3、~/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mkl/interfaces/fftw3xf  中编译：make libintel64 ，即可得到： libfftw3xf_intel.a
4、解压缩lammps，tar -xvf lammps-*****，进入lammps-29Oct20/src，输入：
   make yes-all
   make no-lib
   make  -j n intel_cpu_intelmpi (n 为cpu核心数)
   完成后得到：lmp_intel_cpu_intelmpi
5、测试：mkdir lammps_test
            cp -r ~/lammps-29Oct20/examples/shear .
            mpirun -np 16 ~/lammps-29Oct20/src/lmp_intel_cpu_intelmpi < in.shear

作者
Author: ggdh 时间: 2021-5-9 13:36
我记得lammps有一堆外挂包可以选装的。。目前这个是装默认的包？

作者
Author: lindlar 时间: 2021-5-15 21:50
是的，去掉了一些包，no lib的包

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2021-5-18 21:41
make no-lib以前版本有么，为啥一直都没用过，感觉挺方便

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2021-5-19 00:07
有没有配置过加python的lammps安装

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-10-31 16:23
实测对29Sep2021还是可用的。注意断网使用上述命令

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-10-31 21:30

tjuptz 发表于 2021-10-31 16:23
实测对29Sep2021还是可用的。注意断网使用上述命令

为啥要断网

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-11-1 08:50

喵星大佬发表于 2021-10-31 21:30
为啥要断网

不断网我这它会自动下载一些更新包

作者
Author: 静哥哥 时间: 2022-5-13 20:44
楼主好，我按照您的方法进行安装，在进行make -j n intel_cpu_intelmpi 这一步报错。我的电脑装vasp前已经装了intel 编译器2019版本，里面自带mpi和fftw3。
我看另外一个网页（https://blog.csdn.net/l03594321/article/details/123994662）安装时需要制定fftw路径
请问楼主，这里如何指定fftw，只指定fftw3xf的路径，还是指定fftw路径？

作者
Author: lindlar 时间: 2022-5-26 21:14
本帖最后由 lindlar 于 2022-5-26 21:22 编辑

静哥哥发表于 2022-5-13 20:44
楼主好，我按照您的方法进行安装，在进行make -j n intel_cpu_intelmpi 这一步报错。我的电脑装vasp前已经 ...

（1）注意是这个文件： libfftw3xf_intel.a，在~/intel/compilers_and_libraries_*****/linux/mkl/interfaces/fftw3xf 下看看这个文件是否存在？若没有按照上面写的编译一下，即可得到。与你另外网页看到的不一样，这个是直接使用intel 自带的fftw3；（2）make -j n intel_cpu_intelmpi 中n要给一个具体的数，比如4，依据自己cpu核心数给

作者
Author: gog 时间: 2022-8-6 06:34
好多外挂包都不能编译。伞形采样计算都没办法编译进去。

作者
Author: 蛾眉皓齿 时间: 2022-9-22 10:32
楼主，您好，在用make -j 18 intel_cpu_intelmpi时候出错，make[1]: Entering directory `/home/zxl/lammps/lammps-23Jun2022/src/Obj_intel_cpu_intelmpi'
Makefile.package.settings:4: ../../lib/electrode/Makefile.lammps: No such file or directory
make[1]: *** No rule to make target `../../lib/electrode/Makefile.lammps'. Stop.编译器中libfftw3xf_intel.a也是有的，成功编译过VASP，lammps在最后一步出错了。是不是要修改makefile文件？

作者
Author: lindlar 时间: 2022-9-22 20:30

蛾眉皓齿发表于 2022-9-22 10:32
楼主，您好，在用make -j 18 intel_cpu_intelmpi时候出错，make[1]: Entering directory `/home/zxl/lammps ...

感觉是Makefile有问题，../../lib/electrode/Makefile.lammps，这里有问题。是不是把lammps-23Jun2022版本降低到lammps-17Feb2022试一试

作者
Author: 蛾眉皓齿 时间: 2022-9-26 16:28

lindlar 发表于 2022-9-22 20:30
感觉是Makefile有问题，../../lib/electrode/Makefile.lammps，这里有问题。是不是把lammps-23Jun2022版 ...

版本降低以后，问题已解决，谢谢，谢谢~

作者
Author: Theodora 时间: 2022-12-18 12:05

蛾眉皓齿发表于 2022-9-26 16:28
版本降低以后，问题已解决，谢谢，谢谢~

求lammps-17Feb2022安装包

作者
Author: 牧生 时间: 2022-12-18 12:10

Theodora 发表于 2022-12-18 12:05
求lammps-17Feb2022安装包

https://download.lammps.org/tars/
(, 下载次数 Times of downloads: 47)

作者
Author: Theodora 时间: 2022-12-21 18:08

牧生发表于 2022-12-18 12:10
https://download.lammps.org/tars/

谢谢

作者
Author: sun35mr 时间: 2023-1-11 14:08
lammps-23Jun2022里面的ELECTRODE好像总出错

作者
Author: xinxinup 时间: 2023-4-13 16:06
请问各位老师，AMD的服务器怎么在linux下安装lammps，有类似的教程吗？

作者
Author: Kmetsch 时间: 2023-4-13 16:16

xinxinup 发表于 2023-4-13 16:06
请问各位老师，AMD的服务器怎么在linux下安装lammps，有类似的教程吗？

我记得AMD参与研发的是GNU，可能会比用intelmpi好一点，但intel的也能在amd的cpu上使用。并且oneAPI一键安装比绝大多数东拼西凑的都要简单，不过对非kokkos的gpu编译支持好像不是很好

作者
Author: xinxinup 时间: 2023-4-13 22:35
请问各位老师，这样编译安装的是双精度的吗，对于CPU单双精度的编译怎么选取操作的？

作者
Author: xinxinup 时间: 2023-4-21 20:29
本帖最后由 xinxinup 于 2023-4-21 20:35 编辑

安装lammps小白，请问各位老师，获得libfftw3xf_intel.a的用处是什么，我没做这步也能安装运行起来。版本lammps-29Sep2021。

作者
Author: lindlar 时间: 2023-4-24 17:33

xinxinup 发表于 2023-4-21 20:29
安装lammps小白，请问各位老师，获得libfftw3xf_intel.a的用处是什么，我没做这步也能安装运行起来。版本la ...

这是需要的fftw3数据库

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)