计算化学公社

标题: 求助：模拟高浓度电解质推荐用什么力场 [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-5-10 10:11
标题: 求助：模拟高浓度电解质推荐用什么力场
我想用gromacs模拟一个含有高浓度电解液盐溶液的体系，阴离子在包括硫酸根，高氯酸根，请问用什么力场比较合适呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2021-5-10 10:24
OPLS是optimized potentials for liquid simulations,从其全称可知其适用范围主要是液体体系。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-10 10:55
知名的力场里面没有专门给多原子阴离子做特别考虑的。先搜文献，最好用文献已有的，到时候应对审稿人质疑比较方便。搜不到的话就只能自己创建拓扑文件自己弄参数。

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-5-10 11:18
从道理上可极化力场要好一点。AMOEBA，请。

作者
Author: bobosiji 时间: 2021-5-10 16:04

sobereva 发表于 2021-5-10 10:55
知名的力场里面没有专门给多原子阴离子做特别考虑的。先搜文献，最好用文献已有的，到时候应对审稿人质疑比 ...

楼主要“高浓度电解液”，这个更麻烦。一般的离子力场模拟1或2M以上的浓度都够呛吧

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-11 05:42

bobosiji 发表于 2021-5-10 16:04
楼主要“高浓度电解液”，这个更麻烦。一般的离子力场模拟1或2M以上的浓度都够呛吧

搞得比较好的还可以，诸如KBFF、Merz力场。如果是诸如AMBER力场自带的那种完全不行，一点几M的时候模拟出的NaCl都结晶成块了

作者
Author: smooth85 时间: 2021-5-11 14:46
http://www.wasatchmolecular.com/applep.html
可以参考一下这里的文章，APPLE&P 力场。
除此之外，AIMD能做的话还是不错的。

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-5-11 15:26

smooth85 发表于 2021-5-11 14:46
http://www.wasatchmolecular.com/applep.html
可以参考一下这里的文章，APPLE&P 力场。
除此之外，AIMD ...

请问这个力场能用于gromacs吗

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-5-11 20:29

sobereva 发表于 2021-5-11 05:42
搞得比较好的还可以，诸如KBFF、Merz力场。如果是诸如AMBER力场自带的那种完全不行，一点几M的时候模拟出 ...

卢老师，我这个高浓度电解液体系能不能金属阳离子用Merz力场参数，多原子阴离子用GAFF力场搭配凑合着用啊？这个多原子阴离子的力场好难找啊

作者
Author: smooth85 时间: 2021-5-11 21:24

邱美佳发表于 2021-5-11 15:26
请问这个力场能用于gromacs吗

网上有对应的介绍哈，貌似是不可以与GMX联用的，他有自己的一套代码。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-12 11:51

邱美佳发表于 2021-5-11 20:29
卢老师，我这个高浓度电解液体系能不能金属阳离子用Merz力场参数，多原子阴离子用GAFF力场搭配凑合着用啊 ...

可以

作者
Author: nianbin 时间: 2021-6-1 22:09
要用专门的力场，https://github.com/orlandoacevedo/IL/tree/master/0.8*2009IL/ITP,最好看看文献中有没有之前别人拟合过的，否则做出来的结果大概率不能用

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-6-2 21:26

nianbin 发表于 2021-6-1 22:09
要用专门的力场，https://github.com/orlandoacevedo/IL/tree/master/0.8*2009IL/ITP,最好看看文献中有没有 ...

是不是这个网站上面有提供的离子都可以直接拿来模拟高浓度的盐溶液呀？结果应该可靠吧？

作者
Author: nianbin 时间: 2021-6-18 20:46

邱美佳发表于 2021-6-2 21:26
是不是这个网站上面有提供的离子都可以直接拿来模拟高浓度的盐溶液呀？结果应该可靠吧？

你搜下原文，模拟结果我记得还是可以的

作者
Author: 牧生 时间: 2021-7-4 19:59

sobereva 发表于 2021-5-11 05:42
搞得比较好的还可以，诸如KBFF、Merz力场。如果是诸如AMBER力场自带的那种完全不行，一点几M的时候模拟出 ...

请教一下社长，如果模拟高浓度的有机分子溶液，比如2 M或更高，那么是不是比较推荐用KBFF力场，而不是推荐amber，gromos，或者opls？

如果用KBFF力场，那么，有机分子的itp，有没有对应的方法去得到啊？就类似ATB对应gromos力场，ligpargen对应opls力场的服务器。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-5 04:06

牧生发表于 2021-7-4 19:59
请教一下社长，如果模拟高浓度的有机分子溶液，比如2 M或更高，那么是不是比较推荐用KBFF力场，而不是推 ...

高浓度电解质溶液和高浓度有机分子溶液是两码事，后者就用GAFF、CGenFF等常用有机小分子力场即可

作者
Author: 牧生 时间: 2021-7-5 07:23

sobereva 发表于 2021-7-5 04:06
高浓度电解质溶液和高浓度有机分子溶液是两码事，后者就用GAFF、CGenFF等常用有机小分子力场即可

是我表达不清楚。
我本是想说，做高浓度有机分子的水溶液，那么，该使用什么力场比较合适，应该使用什么方法得到有机分子的itp呢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-6 07:56

牧生发表于 2021-7-5 07:23
是我表达不清楚。
我本是想说，做高浓度有机分子的水溶液，那么，该使用什么力场比较合适，应该使用什么 ...

各种常用的有机小分子力场都能用
本来纯凝聚相都能用，显然高浓度毫无问题
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

作者
Author: Lemon97z 时间: 2022-11-26 18:29

nianbin 发表于 2021-6-1 22:09
要用专门的力场，https://github.com/orlandoacevedo/IL/tree/master/0.8*2009IL/ITP,最好看看文献中有没有 ...

您好我看了您分享的IL网站我想请问一下他这里阴离子都是0.8电荷，如果我想加正离子比如Li+，使用OPLSAA力场的离子参数电荷为1，这个时候体系整体电荷不为0 ，请问我该如何更改呢，把Li+的电荷也改为0.8吗？

作者
Author: nianbin 时间: 2022-11-26 19:32

Lemon97z 发表于 2022-11-26 18:29
您好我看了您分享的IL网站我想请问一下他这里阴离子都是0.8电荷，如果我想加正离子比如Li+，使用OPLS ...

直接手动修改ions.itp

作者
Author: Lemon97z 时间: 2022-11-26 19:48

nianbin 发表于 2022-11-26 19:32
直接手动修改ions.itp

把里面Li的电荷改为0.8吗？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)