计算化学公社

标题: amber可以做膜蛋白模拟吗？ [打印本页]

作者
Author: yl233 时间: 2021-5-10 13:30
标题: amber可以做膜蛋白模拟吗？
请问大家amber能做膜蛋白模拟吗？手册上有关于磷脂双分子层的立场之类的，但是没有找到具体的教程。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-10 13:31
可
蛋白用AMBER力场，磷脂用LIPID力场，这俩都是AMBER程序直接自带的。

作者
Author: yl233 时间: 2021-5-10 15:48

sobereva 发表于 2021-5-10 13:31
可
蛋白用AMBER力场，磷脂用LIPID力场，这俩都是AMBER程序直接自带的。

膜蛋白的模拟和一般用amber进行的模拟是一样的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-11 05:44

yl233 发表于 2021-5-10 15:48
膜蛋白的模拟和一般用amber进行的模拟是一样的吗？

有些需要特别注意的事项，诸如构建膜模型、避免加水加到疏水区或者水在模拟初期钻进去、消除膜整体运动等

我不用amber模拟这个，用GROMACS跑膜、膜蛋白在我的分子动力学与GROMACS培训班里讲得特别详细

作者
Author: yl233 时间: 2021-5-11 11:02

sobereva 发表于 2021-5-11 05:44
有些需要特别注意的事项，诸如构建膜模型、避免加水加到疏水区或者水在模拟初期钻进去、消除膜整体运动等 ...

好的好的，谢谢

作者
Author: rpestana94 时间: 2021-5-12 01:00
本帖最后由 rpestana94 于 2021-5-11 12:02 编辑

Amber can run membrane simulation, are quite similar to simulate a protein,professor Sob make clear some consideration, here is a tutorial using lipid14 force field (I think there are a new version lipid17), https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial16/index.php
For construncting the membrane system I seggest using Charmm-gui with gives you the parameters files in amber or gromacs or 6 different molecular dynamics softwares, even can deal with ligands.

作者
Author: Kamala 时间: 2021-8-7 20:15
楼主建立还膜蛋白体系后，并经过charmmlipid2amber格式转化后，如何跑动力学，可以分享一下脚本么，我总是提示FATAL: Atom .R<CSER 317>.A<OT2 17> does not have a type.和FATAL: Atom .R<WAT 8404>.A<O 1> does not have a type.

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)