计算化学公社

标题: 求助：伞形采样计算气体穿过膜的PMF的时候出现这种多峰能量图 [打印本页]

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作者
Author: 王珑霏    时间: 2021-5-11 10:36
标题: 求助：伞形采样计算气体穿过膜的PMF的时候出现这种多峰能量图


附上图片和使用的md.mdp文件 为什么我的histo.xvg是这种样子，感觉靠近膜（0纳米）的几个取样点的位置都偏了

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作者
Author: wuzhiyi    时间: 2021-5-11 17:14
你不同窗口之间的间距太大，至少保证相邻窗口有60%重合。

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作者
Author: 王珑霏    时间: 2021-5-11 20:52

wuzhiyi 发表于 2021-5-11 17:14
你不同窗口之间的间距太大，至少保证相邻窗口有60%重合。

好的 ，我去减小采样间距试一下，麻烦您了，谢谢

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作者
Author: 王二葛    时间: 2021-5-11 21:29

wuzhiyi 发表于 2021-5-11 17:14
你不同窗口之间的间距太大，至少保证相邻窗口有60%重合。

请教，伞形采样中窗口重叠 60% 是否有参考文献？

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作者
Author: wuzhiyi    时间: 2021-5-12 03:50

王二葛 发表于 2021-5-11 21:29
请教，伞形采样中窗口重叠 60% 是否有参考文献？

可能20年前的文献有探讨这种问题吧，你可以去找找。

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作者
Author: 王珑霏    时间: 2021-5-12 17:39

wuzhiyi 发表于 2021-5-11 17:14
你不同窗口之间的间距太大，至少保证相邻窗口有60%重合。

为什么我减小以后成了这个样子，我对这个很不了解，不好意思，麻烦您帮忙给我解答了

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作者
Author: k64_cc    时间: 2021-5-12 18:03

王二葛 发表于 2021-5-11 21:29
请教，伞形采样中窗口重叠 60% 是否有参考文献？

打开谷歌学术，搜Umbrella Sampling，找review paper，都会讲的。
60%算经验标准，没有具体要求，但是大于50%算是共识。

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作者
Author: k64_cc    时间: 2021-5-12 18:05

王珑霏 发表于 2021-5-12 17:39
为什么我减小以后成了这个样子，我对这个很不了解，不好意思，麻烦您帮忙给我解答了

你算个统计误差就知道了。统计误差一大，什么样都可能。

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作者
Author: 王珑霏    时间: 2021-5-12 18:26

k64_cc 发表于 2021-5-12 18:05
你算个统计误差就知道了。统计误差一大，什么样都可能。

请问怎么算统计误差啊

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作者
Author: 王珑霏    时间: 2021-5-12 21:46

wuzhiyi 发表于 2021-5-11 17:14
你不同窗口之间的间距太大，至少保证相邻窗口有60%重合。

为什么我的histo.xvg是这种样子，感觉靠近膜（0纳米）的几个取样点的位置都偏了

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作者
Author: Eva_Winter    时间: 2021-5-13 14:58

王珑霏 发表于 2021-5-12 21:46
为什么我的histo.xvg是这种样子，感觉靠近膜（0纳米）的几个取样点的位置都偏了

因为取样点不愿意待在0nm附近，所以最初在那里取的点经过一段时间模拟后会平衡在偏离0的位置，估计就是histo.xvg 里0.1nm附近那些曲线。解决办法就是增大pull_coord1_k值

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