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标题: 使用xtb跑一个二价钯中间体的动力学，结果氯离子逐渐从钯上解离，这是什么原因？ [打印本页]

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2021-5-11 17:43
标题: 使用xtb跑一个二价钯中间体的动力学，结果氯离子逐渐从钯上解离，这是什么原因？
本帖最后由星斗如盘于 2021-5-13 08:46 编辑

使用xtb跑一个二价钯中间体的动力学，结果氯离子逐渐从钯上解离，是因为温度设置的太高了，还是这个络合物本身不稳定? 温度设为380K

命令行：
xtb CP1.xyz --input md.inp --omd --gfn 0

md.inp
$md
temp= 300  //温度(K)
time= 100.0  //模拟的总时间(ps)
dump= 50.0  //每多少fs往轨迹文件里写入一次
step=  1.0  //步长(fs)
hmass=1  //氢原子的质量是实际的多少倍
shake=1  //将与氢有关的化学键距离都用SHAKE算法约束住
$end

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-12 13:44
把log上传啊，否则模拟的关键细节，甚至用的什么理论方法跑的别人都不知道

如果怀疑是温度所致，显然拿更低的温度跑跑试试

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2021-5-12 19:44
本帖最后由星斗如盘于 2021-5-12 20:24 编辑

sobereva 发表于 2021-5-12 13:44
把log上传啊，否则模拟的关键细节，甚至用的什么理论方法跑的别人都不知道

如果怀疑是温度所致，显然拿 ...

我已经更新了上产的文件了
新增：我新在300K下重新跑，还是会跑开

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-13 07:44
我说的是上传含有输出信息的文件，从你这些文件里别人还是不知道模拟设置细节，诸如用的GFN-xTB什么版本、有没有溶剂模型等等。或者起码把敲进去的命令行贴出来

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2021-5-13 08:46

sobereva 发表于 2021-5-13 07:44
我说的是上传含有输出信息的文件，从你这些文件里别人还是不知道模拟设置细节，诸如用的GFN-xTB什么版本、 ...

xtb CP1.xyz --input md.inp --omd --gfn 0

md.inp
$md
temp= 300  //温度(K)
time= 100.0  //模拟的总时间(ps)
dump= 50.0  //每多少fs往轨迹文件里写入一次
step=  1.0  //步长(fs)
hmass=1  //氢原子的质量是实际的多少倍
shake=1  //将与氢有关的化学键距离都用SHAKE算法约束住
$end

作者
Author: fineren 时间: 2021-5-13 09:14
xTB太烂了，MD的时候必须先omd，但是omd后分子乱七八糟，芳香环都扭曲了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-13 19:04

星斗如盘发表于 2021-5-13 08:46
xtb CP1.xyz --input md.inp --omd --gfn 0

md.inp

别用GFN0-xTB啊
体系又没多大，显然至少用GFN1-xTB
如果还跑飞，把温度进一步降低，还散架就用ORCA跑B97-3c级别的AIMD

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2021-5-13 20:04

sobereva 发表于 2021-5-13 19:04
别用GFN0-xTB啊
体系又没多大，显然至少用GFN1-xTB
如果还跑飞，把温度进一步降低，还散架就用ORCA跑B9 ...

我使用GFN2-xTB果然没问题了

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