公社群聊Q&A整理：2015.10.21 20 ~ 2015.10.22 21 - 计算化学公社

2015.10.21 20:39:23
Q:
那么你的意思是实验上所有的图谱，模拟都能给出来？
A:
看具体类型
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2015.10.21 20:59:42
Q:
我想问一下，如果我们优化好的结构，计算频率发现有虚频，此时计算TD有意义么？
虚频说明不是最低结构，但是去虚频的过程是漫长且痛苦的，如果想大体知道结果可不可以不考虑这个虚频的影响，虚频大约是-24左右
想看看ECD谱
A:
你看看虚频振动模式吧，如果电子激发牵扯的区域和那部分没什么关系也可以忽略
比如末端一个甲基那里有点虚频，不是什么问题，对电子光谱基本没有贡献
Q:
恩恩，我见到过一个虚频，接近于分子整体转动，或者甲基在那里转。很难消除吗，就放过了
A:
整体转动虚频先尝试用int=ultrafine opt=tight，否则整体转动的频率可能能到达好几十甚至上百，这时候就被误认为虚频而没有作为整体转动给投影掉了。换句话说，会对分子内振动有明显污染
Q:
我calcall，高精度DFT，紧缩的收敛限，的整体转动压缩到个位数虚频了
看动画，还是在那里微弱的振动
A:
如果高斯的话，会自动把最低6个给去掉，不会在最终结果里显示。如果你看最终振动结果里面还有整体转动，那就有问题了
Q:
[图片]
A:
[图片]
应该检查最初的基于full hessian给出的最低6个频率，看看是多少
用的什么方法？
Q:
我用的是
[图片]
优化的
闭壳层体系，
A:
那真少见
Q:
嗯嗯，没有金属，没有很大张力的键。不知道为什么这样。
我calcall好像就把Hessian求出了了，
不是好像，就是，精准的Hessian
A:
对。
你是对这个opt任务直接看的频率么？
Q:
不是，我怕出问题，有算了一遍freq。
又
A:
calcall末尾直接就输出了频率，那个就是可靠的，你直接看看
Q:
****** 3 imaginary frequencies (negative Signs) ******
[图片]
我以前比对gamess跟gaussian频率计算，发现gaussian少能级，是不是就是把6个小的给去掉了？
我当时没有给分子加对称性的意识，有的简并的都没算好
少频率啊
A:
gamess默认是直接对3N*3N笛卡尔坐标力常数矩阵对角化，给出3N个频率。但它也有选项，可以投影掉6个，只不过不是默认的。
高斯默认就是把绝对值最低的6个当成平动转动投影掉，对内坐标力常数矩阵对角化，然后输出3N-6个。
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2015.10.21 21:03:28
Q:
请问，在guassian计算中，只含C,H,O,这样的元素采用什么基组？
A:
任务类型
机子
原子数
...
不清楚这些没法说
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2015.10.21 21:21:44
Q:
老师，我看有的文章上把interaction energy 写成bond energy，二者等同么？还有当两个单体间有多个氢键时，interaction energy = E(complex)-E(1)-E(2),这是几个氢键的总能量，能不能用E(HB)=V(r)/2将其分解开呢
A:
等不等同看具体情况。对于氢键，这两种说法都一样
可以分解开
Q:
还有interaction energy 我以前用的是E（校正后的零点+能单点能）之间做差，老师觉得对于氢键作用合适么？@Sobereva
A:
你就用电子能量作差就够了
一般理论方式研究相互作用能，就用电子能量
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2015.10.21 21:22:29
Q:
老师，请问这样[图片]有没有问题[Emoticon]
A:
可以。DFT计算用G**就够了
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2015.10.21 21:23:59
Q:
今日求助文献一篇：Surface organometallic chemistry: A new approach to heterogeneous Catal.ysis ?连接是：http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0304510293801139，这篇文章可以用SCI-hub.org下载，但是我的一直要输入这个验证码？想请其他老师帮忙下载一下，麻烦了各位了！谢谢[Emoticon]
A:
输入验证码就完了啊
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2015.10.21 21:43:33
Q:
为了改变在振动分析后出现NO的情况，我在优化时加入关键词opt(rcfc)，为何在运算刚开始就出错，请问老师该怎么修改
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
我试了用的opt=tight int=ultrafine 但振动分析还是出现NO
A:
接下来还能怎么解决文章都说了
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2015.10.21 21:59:01
Q:
[图片]图都出来了怎么还是wait
这个是怎么回事sob老师
A:
关了图就完了
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2015.10.21 22:01:29
Q:
老师，这个图可以改坐标名称吗
A:
ps
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2015.10.21 22:05:15
Q:
老师，在论坛连接里面我下载的vmd,然后在官网注册一下下载下来的解压就这几个文件夹，也没找打exe.[图片]
[图片]打开VMD-1.9.2的文件夹是这样的
A:
你下的不对
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2015.10.21 22:06:13
Q:
垂直电离势如下算法：
1、最高占据轨道的能量
1、E（N-1）-E（N）（保持中性状态的结构）
哪种是正确的呢？
A:
[图片]
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2015.10.21 22:10:21
Q:
sob老师的意思是对于DFT，2是正确的。如此算VAE的时候，N+1态 SCF不收敛怎么办呢？
算法2应该不仅限使用STO-3G吧？
A:
当然不限于那个基组
还是老生常谈的解决不收敛的办法
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2015.10.21 22:10:30
Q:
请问sob老师培训的ppt对外卖吗？发在群里的那些都很实用
A:
不外卖，只有参加培训的人才能获得
总共近1400页
Q:
sob能不能直接把ppt出版了算了。然后再慢慢写书。
是啊，纸质版的也可以
A:
不会贩卖ppt纸质版
不打算出版ppt
书和ppt是相互补充的，ppt仅用于培训班
Q:
那书什么时候出呢[Emoticon]
A:
有空的时候
Q:
啥时候才开班啊，我们做东西都急需要看啊
A:
明年下半年
Q:
Gromacs 的班是什么时候
Sob
A:
明年四五月份
Q:
高级班呢
A:
量化高级班没定
Q:
最近能在开一个班就好了，9月份入学的都是新生，急需学习
所以，看你的体系，如果是研究生物体系蛋白等，就Gromacs，，简单的材料，gromacs也可以搞定
A:
毕竟8月份才开过，也不想离得太近
可能以后也会有amber班，等以后再说
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2015.10.21 22:14:19
Q:
请教sob老师比较新的PM6方法高斯和gamess支持吗？高斯能支持+D的PM
请教sob老师比较新的PM6方法高斯和gamess支持吗？高斯能支持+D的PM6吗
A:
高斯支持PM6
目前不支持+D的PM6
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2015.10.21 22:45:49
Q:
请教哪位的服务器上安装的有amber程序看看在$AMBERHOME/src/pmemd.amoeba/build_amoeba/目录下有没有amoeba.prm参数文件能不能给我传一下谢谢啦
A:
没这个文件
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2015.10.21 22:53:36
Q:
请问VMD画RDG等值面图时，如何改原子颜色?
A:
graphics-color-element
然后着色方式也选element
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2015.10.21 22:57:47
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
亲们，活化能计算是不是还要修正之类的，我做了IRC后，能不能以IRC上的生成物和过渡态的点的显示的能量相减直接得到活化能？
A:
反应物当然得再优化
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2015.10.21 23:01:37
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
但是调了原子颜色后RDG等值面就变成灰色
A:
不互相影响啊
RDG等值面你着色别用element
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2015.10.21 23:06:04
Q:
为什么我用6-311+g(2d，2p)算频率没有虚频，同样的结构降低机组6-31+g(d,p)反而出现虚频了呢[表情]
A:
重新优化啊
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2015.10.21 23:10:35
Q:
最近想做溶剂化pcm，一开始想用b3lyp／6-31G*校正自由能，但是发现b3对pi-pi体系描述的不好，请问这种情况下应该使用什么样的方法和基组
A:
能不能算好分子间相互作用能和算溶剂化自由能是否合适是两码事
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2015.10.21 23:16:29
Q:
请问Rh用什么赝式合适？谢谢！[Emoticon]
A:
SDD、lanl2TZ
Q:
谢谢！
试了SDD，但总是报301错误。There are 502 occupied orbitals but only 192 basis functions!
Error termination via Lnk1e in [Emoticon]/apps/Gau09/g09/l301.exe
A:
格式不对
Q:
%chk=Rh.chk
%mem=6gb
%nproc=8
# opt=maxcycle=500 scf=maxcycle=500 bp86/gen pseudo=read iop(5/13=1) symm=loose
Rh
-3 1
Rh 0.0000 18.4192 24.4435
Pb 2.23430000 20.41570000 24.03860000
Pb 2.51200000 17.39640000 23.08800000
Pb 0.38480000 20.46560000 26.59050000
Pb 0.46810000 19.35710000 21.62930000
Pb 2.44930000 18.09930000 26.18170000
Pb -0.83880000 21.23420000 23.78570000
Pb -2.23430000 16.42270000 24.84840000
Pb -2.51200000 19.44200000 25.79900000
Pb -0.38480000 16.37280000 22.29650000
Pb -0.46810000 17.48130000 27.25770000
Pb -2.44930000 18.73910000 22.70530000
Pb 0.83880000 15.60420000 25.10130000
Rh 0
S 3 1.00
7.9177440 -2.4155775
6.8412070 3.0987382
2.9598400 0.2821256
S 1 1.00
1.3343410 1.0000000
S 1 1.00
0.5988100 1.0000000
S 1 1.00
0.1218940 1.0000000
S 1 1.00
0.0494520 1.0000000
S 1 1.00
0.0160000 1.0000000
P 2 1.00
4.1360790 -3.3443545
2.9462810 3.7037440
P 2 1.00
1.1223040 0.7462258
0.6661770 0.2698833
P 1 1.00
0.3657430 1.0000000
P 1 1.00
0.0766860 1.0000000
P 1 1.00
0.0241700 1.0000000
D 4 1.00
7.0328920 -0.0161604
2.3098190 0.2763987
0.9982280 0.4850026
0.4170570 0.3930199
D 1 1.00
0.1644470 1.0000000
D 1 1.00
0.0550000 1.0000000
****
Pb 0
S 3 1.00
1.3051750 1.0104020
1.1352820 -1.4023550
0.2027710 0.7933720
S 1 1.00
0.0817960 1.0000000
P 3 1.00
1.4416840 0.1456260
0.9771430 -0.3198630
0.1945050 0.5536900
P 1 1.00
0.0627100 1.0000000
D 1 1.00
0.1700000 1.0000000
****
Rh 0
RH-ECP 4 28
g-ul potential
1
2 1.000000000 0.000000000
s-ul potential
2
2 11.720000000 225.347754000
2 5.820000000 32.823189000
p-ul potential
2
2 10.420000000 158.709412000
2 5.450000000 26.444100000
d-ul potential
2
2 8.820000000 62.758626000
2 3.870000000 10.978719000
f-ul potential
2
2 12.310000000 -30.093456000
2 6.160000000 -5.218482000
****
Pb 0
PB-ECP 5 78
h-ul potential
1
2 1.000000000 0.000000000
s-ul potential
3
2 0.529161000 -1.873342000
2 1.456727000 20.860797000
2 9.999911000 97.587955000
p-ul potential
2
2 0.678119000 -7.768209000
2 1.249013000 51.719254000
d-ul potential
2
2 0.307446000 1.300760000
2 0.744930000 2.640822000
f-ul potential
1
2 0.848699000 -5.706056000
g-ul potential
1
2 0.999941000 -7.484184000
不好意思，输入文件有些长[表情]
不好意思，输入文件有些长[Emoticon]
A:
# BP86/SDD opt就完了！
Q:
[表情]
A:
看到maxcyc=几百，就像看到蟑螂
看到5/13=1就像看到臭大姐
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2015.10.21 23:27:43
Q:
老师，请问，Gromacs可以模拟某个分子的Henry's law constant(亨利定律常数)吗？@Sobereva
老师，请问，可以通过Gromacs模拟得到某个分子的Henry's law constant(亨利定律常数)吗？@Sobereva
@Sobereva
A:
忘了那个law了
Q:
亨利定律（Henry's law）是物理化学的基本定律之一，是指在等温等压下，某种气体在溶液中的溶解度与液面上该气体的平衡压力成正比。P=Kx,·x，Kx为亨利定律常数@Sobereva
A:
这很难模拟
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2015.10.21 23:28:24
Q:
电子能量已经用高精度方法算完了，希望能够有合适的方法算溶解能
A:
SMD结合M052X/6-31G*算溶解自由能
Q:
那老师，如果用pcm呢，使用什么方法比较合适？
A:
绝对没SMD好
PCM用哪种合适取决于用哪种原子半径构造溶质孔洞，不同的半径是给不同级别拟合的，看半径的原文，用专门给它参数化的级别计算。
Q:
嗯，好，先用smd试试，然后再用pcm下用多种其他泛函试试？
A:
对于中性分子，SMD几乎是最好的。grimme他们觉得COSMO-RS更好，但那个要钱。
离子的话SM8之类的更好，但得用truhlar他们的程序才能算。
就用SMD就够了
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2015.10.21 23:29:26
Q:
用b3lyp计算轨道高自旋，按理说lumo在铁上，算出来在苯环上。是不是结果不可信了。
A:
开壳层没有确切的LUMO的概念
应当看自旋密度
Q:
嗯嗯。最高的SOMO轨道呢，它的位置也不对，
A:
多试几种泛函看情况
Q:
嗯嗯，高自旋态
在高自旋，hf轨道会更好一些么。
A:
并没有道理HF更好。建议你也试试BP86、M06、M062X
如果都一样，说明就是不在金属上
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2015.10.21 23:41:47
Q:
请问sob，按照“CFOUR程序的编译和使用方法简介”编译带--enable-gimic的cfour时，报找不到libmkl_solver_ilp64.a，如何解决？我没找到ifort12.1 在网上找了一个Intel parallel studio xe 2013 update2安的ifc和mkl，不对吗？
A:
这就有下载
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=379
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2015.10.22 00:48:24
Q:
请教sob老师PM6-D3H4优化4000+个原子的体系大概需要多久？
A:
很难说，初始结构里最终结构差多远直接影响步数和耗时
找个这么大的结构测试一下一步的耗时
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2015.10.22 12:24:50
Q:
A[图片]Sob老师，您好，查到您这个贴子了，想请教个问题。我想用OVGF模拟光谱，我用PBE0/6-311+G*优化的一个负离子的结构（-1 1），用OVGF模拟光谱，电荷和多重度还是-1 1吗@Sobereva
A:
是
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2015.10.22 12:30:09
A:
现在本群信息量大，故严厉打击无意义刷图，尤其是小孩跑步那个。以后再发就要记过了。
大白天的不要在主群闲聊
允许闲聊的时段仅限周末和北京时间的深夜
Q:
小孩纸跑步无恶意
A:
大家普遍反感
Q:
[图片]老师要常驻呢
/得意
A:
看不懂的东西老发就会招致反感
Q:
官方解释是“我来啦”
A:
用不着提醒大家这点，对于大家来说这是没意义的
----------------------------------------------------
2015.10.22 12:30:09
Q:
请教：自由能=自由能校正（A）+SCF Done: E(UB3LYP) 对不对啊？气相中的自由能矫正+溶液中的单点能？还需不需要溶剂化能DeltaG (solv) ？
谢谢，那如果在溶液中直接优化，得到的液相自由能矫正相+液相零点能可以么
直接溶液中的自由能=溶液自由能矫正相+溶液零点能，对么？
A:
气相自由能=单点能+气相自由能校正量
溶液下自由能=单点能+气相自由能校正量+溶解自由能
液相优化并非不好。只不过和气相下通常没什么差异，会多费时间。
----------------------------------------------------
2015.10.22 12:30:09
Q:
请问，gaussianview得到的静电势图如何保存呢？只能保存成图片格式吗？每次调位置都要重新计算？@Sobereva
A:
每次都得重新算。除非你用Multiwfn+VMD绘制，表面顶点的静电势是可以存下来的。
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2015.10.22 12:35:21
Q:
老师请教一下scan的问题 [图片]
这是我做的scan图中间能量怎么变化那么大需要加什么关键词
A:
看具体情况，很可能有波函数不稳定性。对跳跃区域左侧的点做波函数稳定性测试。
----------------------------------------------------
2015.10.22 12:45:59
Q:
请问如何将分子固定在XY平面上?是通过Gaussview画图中edit---atom list---里面修改Z的坐标为0吗？
A:
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178
按此文方法2可以令分子某个平面平行于XY平面
----------------------------------------------------
2015.10.22 12:46:41
Q:
老师，我计算TD的时候，出现三个振子强度和跃迁能相同的态，该怎么处理呢
A:
简并而已
----------------------------------------------------
2015.10.22 12:53:25
Q:
[图片]
判定两个分子的稳定性除了用BDE,可否用
“通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面研究芳香性”来进行判定？
A:
看这个帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
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2015.10.22 12:59:56
Q:
咱们这个有微信公众账号没
A:
没有
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2015.10.22 13:03:41
Q:
sob老师，液相优化并非不好。只不过和气相下通常没什么差异，会多费时间。那么在液相优化得到的sum of electronic and thermal Enthalpies和sum of electronic and thermal Free Energies就是溶液中的焓和自由能么
A:
字号用小点
那种算溶液下的自由能比较粗糙，毕竟单点需要高精度级别，溶解自由能应当在溶剂模型参数化的级别下计算。
那个焓不算严格意义的溶液下的焓，溶剂模型产生的是溶解自由能，而不是溶解焓。
----------------------------------------------------
2015.10.22 13:07:30
Q:
[图片] 这是我算的NTO轨道，请问multiwfn可以计算空穴和电子之间的距离吗？如果可以，需要什么文件？
A:
可以，看手册4.18.1节、4.18.3节的例子
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2015.10.22 13:09:53
Q:
sob老师，用CBS-QB3算一个体系的焓值的时候，需不需要先将这个体系进行优化？这个方法本身里面包含哪些过程，还是自身就带有结构优化
A:
不需要先优化
包含哪些步骤原文都写明了
Q:
输出文件里吗？
sob老师，我在用CBS-QB3算一个C6H5自由基的能量，但是算了几分钟就报错，不知道是什么原因。 [图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2015.10.22 13:09:53
Q:
晓得了，那可以这样算么？直接溶液中优化得到自由能矫正量，然后算单点和溶解自由能，继而得到溶液下自由能。因为计算完了，所有结构都是直接溶液中优化的
A:
不需要先优化
包含哪些步骤原文都写明了
可以。但并不会比气相下优化有好处
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2015.10.22 14:02:45
Q:
老师，在看完你的用VMD绘制分子轨道图的时候，我对照文献follow一下，这是文献绘制的LUMO，[图片]，这里GV里面显示的LUMO，[图片]，这是VMD（我是完全照搬帖子里面的方法，isovalue也是设置0.03），但是看起来有点不一样的感觉，GV里面显示看起来更接近文献所给出的
但是看起来有点不一样的感觉，GV里面显示看起来更接近文献所给出的
[图片]
我的VMD（补充）
A:
你先在Multiwfn主功能0看轨道，看是否和gv显示的一样，只要一样，导出cube文件到VMD显示肯定也一样
注意gv默认的等值面数值和Multiwfn不一样
----------------------------------------------------
2015.10.22 14:15:58
Q:
Sob老师，请问如果做稀土Y的优化，用SDD合适么？或有什么推荐
A:
合适
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2015.10.22 14:17:51
Q:
最好还是发QQ自带的小表情，太大容易刷屏，有时候问个问题除了下门回来得往上找半天，有时候ＱＱ还显示不了所以觉得特别麻烦[Emoticon]
A:
没错
----------------------------------------------------
2015.10.22 14:22:50
Q:
请问大家，计算频率出现
ERROR: The Franck-Condon factor corresponding to the overlap integral between both vibrational ground states is too small:
如何解决，谢谢了
Sob老师额帖子中说可以用readFCHT读取ForcedFCCalc关键词强行进行计算，那么如何输入关键词呢
A:
ForcedFCCalc目前还不能用
激发态几何结构和基态几何结构偏差大容易出现此问题
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2015.10.22 14:25:32
Q:
那么如果出现这个错误，怎么进行计算呢
写文章必须进行这个计算啊
A:
可以问高斯客服怎么加ForcedFCCalc
Q:
您不知道怎么加吗？
A:
不知不知道，是不让你加
开发者自己知道怎么回事
用户不知道
高斯都有中文客服邮箱，就是让用户问的
Q:
我是说，现在我只能问高斯客服吗？
您知不知道怎么加，能不能告诉我呢
A:
不知道
知道自然就告诉你了
Q:
哦，好的，那我写信问问他们，谢谢啊，sob老师
你好，请问高斯的中文邮箱是？
A:
去官网啊
Q:
sob老师，我一直都是用英文的邮件与他们联系，他们什么时候退出的中文邮箱呢？太好了，我都不知道的
A:
[图片]
Q:
我想去官网问不就意味着得和美国的技术顾问咨询
美国的技术顾问很厉害的
A:
中文客服邮箱是个中国人回复
Q:
sob老师，中文客服邮箱的背后是不是也是一位国内的牛人啊？
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2015.10.22 14:35:24
Q:
sob 老师，一直以来我都不知道 td 在计算的时候这些是啥意思。
[图片]
求解
A:
TDDFT是davidson迭代求解，这个过程中不同的根的能量会随着迭代进行而发生变化，因此能量顺序也可能变化，这就是提示这个事
Q:
[图片]
那这个的意思就是 44态能量不变咯？
A:
也许是迭代过程中其特征变化较大，新的一轮迭代找不到对应的
这无所谓
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2015.10.22 14:48:13
Q:
弱弱问下很多老资料里的material studio的discovery模块是不是现在的discovery studio的一部分，material studio分子动力学只剩forcite和gulp了？
A:
MS里的是discover，那个和Discovery studio不是一码事。
discover的功能和forcite重复太多，所以现在就保留一个了
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2015.10.22 14:57:13
Q:
请问怎么通过势能图判断限速步骤
是Ts绝对高度最高的还是相对高度最大的
A:
[图片]
仔细看图中JCE的文献
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2015.10.22 15:02:59
Q:
[图片][图片]如何获得N 1s的alpha orbital 和beta orbital 的binding energy?怎么看是N原子的。谢谢大家！
这是在文献上看的。多谢了
A:
做单点计算，从能量最低的MO往上看，找出对应N的MO，就是N的1s的，看它的轨道能即可
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2015.10.22 15:04:38
Q:
请问利用originPro做出来的tif图插到word中变得很模糊该怎么解决？谢谢
A:
origin的图可以从程序直接复制到word里。
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2015.10.22 15:05:27
Q:
上图的话限速步骤是i1到T3？
A:
你用Multiwfn载入fch进主功能0看
不显示分子，只显示轨道
像这个，明显就是氧的1s
[图片]
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2015.10.22 15:07:17
Q:
请问表观活化能Ea跟哪个值对应？
A:
表观的是根据阿伦尼乌斯公式拟合出来的，并不与量化的量对应。
量化算的是TST理论的活化自由能
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2015.10.22 15:15:40
Q:
def2系列基组的“def”是怎么来的？
A:
因为是turbomole用的default基组
[图片]
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2015.10.22 15:28:51
Q:
[图片]这样能算作只有末端在震动么？
A:
基本算
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2015.10.22 15:30:21
Q:
[图片]
各位老师好，我计算Beack surface 分析的时候发现表面最大值最小值点都为0
A:
肯定操作有问题，先把手册里的例子重复一遍
Q:
并不像手册里给出的是具体的数值，不明白哪里出错了
A:
如果手册里的例子能完全重复出来，之后把你的输入步骤和体系输入文件都发给我
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2015.10.22 15:50:49
Q:
安装openmpi时，出现如下error.
[zxt ~]$ sudo rpm -ivh openmpi-1.6.5-1.src.rpm
[sudo] password for zxt:
1:openmpi warning: user jsquyres does not exist - using root
warning: group jsquyres does not exist - using root
warning: user jsquyres does not exist - using root
warning: group jsquyres does not exist - using root
########################################### [100%]
error: unpacking of archive failed on file /root/rpmbuild/SOURCES/openmpi-1.6.5.tar.bz2;56290336: cpio: read
error: openmpi-1.6.5-1.src.rpm cannot be installed
怎么办？
安装openmpi时，出现如下error.
sudo rpm -ivh openmpi-1.6.5-1.src.rpm
error: unpacking of archive failed on file /root/rpmbuild/SOURCES/openmpi-1.6.5.tar.bz2;56290336: cpio: read
A:
自行编译openmpi
或者从网上其它地方找这个包
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2015.10.22 15:54:24
Q:
请问Sob老师或者其他群里的老师们有FCClasses2.1的源包么？求一份，多谢！
A:
我传群共享里
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2015.10.22 15:55:45
Q:
请问如何用gaussian计算配体交换速率？比如EDTA-Mn-H2O这个配合物，如何计算这个配体水分子和溶剂水的交换速率？多谢
A:
算算过渡态，然后用TST
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2015.10.22 15:56:58
Q:
sob老师，我按照您的帖子：解决SCF不收敛问题的方法。加上了int=ultrafine, 结果还是报错不收敛。采用CBS-QB3方法计算C6H5的自由基。%chk=C:\Deoxygenation Calculations\phenol\C6H5_new.chk
# CBS-QB3 int=ultrafine
Title Card Required
0 2
C -3.23568179 -1.83422341 0.02173166
C -1.84052179 -1.83422341 0.02173166
C -1.14298379 -0.62647241 0.02173166
C -1.84063779 0.58203659 0.02053266
C -3.23546279 0.58195859 0.02005366
C -3.93306379 -0.62624741 0.02104966
H -3.78544079 -2.78654041 0.02218166
H -1.29101379 -2.78673641 0.02304666
H -1.29043779 1.53417959 0.02047366
H -3.78558479 1.53423959 0.01910066
H -5.03266779 -0.62606441 0.02086966
我接下来要继续用您后面提供的几种解决SCF不收敛方法再试试么？谢谢老师
-1.29101379 -2.78673641 0.02304666
H -1.29043779 1.53417959 0.02047366
H -3.78558479 1.53423959 0.01910066
H -5.03266779 -0.62606441 0.02086966
我接下来要继续用您后面提供的几种解决SCF不收敛方法再试试么？谢谢老师
A:
光靠int=ultrafine解决问题的几率很低
都试啊
Q:
几个联合起来吗
A:
有的能结合，有的不能结合
或者尝试用其它热力学组合方法
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2015.10.22 15:59:38
Q:
sob，我也是这么想的，但看到几篇文献里给了配合物的结构，但没有说过渡态结构。不晓得还有没有其它方法？
A:
自己找啊
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2015.10.22 16:00:07
Q:
S老师您的编译openmpi教程里有这么一段
./configure CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort; make all install
但我的C编译器不是icc,而是gcc.C++编译器不是icpc,而是g++. Fortran编译器不是ifort，而是gfortran。
需要将上面改成./configure CC=gcc CXX=g++ FC=gfortran F77=gfortran
吗？
A:
你的情况直接configure就行了
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2015.10.22 16:07:36
Q:
老师，请问对于过渡态理论和碰撞理论的比较公正的评论是怎样的？
是不是碰撞理论已经被淘汰了？
A:
碰撞理论得有参数才能计算k，但是参数事先又得不到或很难准确得到
Q:
老师，那么过渡态理论计算出来的速率（只用温度和活化能两个参数）直接就能与实验的一致么？
请问有没有关于讨论碰撞理论与过渡态理论优缺点比较的比较权威的文章呢？
A:
过渡态理论还得考虑隧道效应校正
而且假定达到热力学平衡，对于很低压或者动态效应强等情况也不太适用
实用性是很高的。
看一些化学反应动力学的书就明白了。
Q:
请问能帮忙举一个例子么？关于您说的文章，如果有review就更棒了
请问您比较推崇什么化学反应动力学的入门书？
A:
Chemical kinetics and reaction dynamics(2006,Upadhyay)
Theories of Molecular Reaction Dynamics - The Microscopic Foundation of Chemical Kinetics
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2015.10.22 16:19:02
Q:
[图片]高斯的输出文件中都会让分子轨道能量值标记一个这个绿色的虚线干嘛呢？是有什么特殊的含义吗？求教了
A:
能量为0的分界
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2015.10.22 16:19:52
Q:
谢谢！请问是不是很难懂呢？我感觉国内的量子化学书都是要求读者起点很高，要不就内容不好。对国内的书都有恐惧感了
谢谢您！请问这本书里面有碰撞理论的篇章么？在群邮箱里面有么？
A:
第二本在群邮箱里有，第一本你要是找不到我发给你
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2015.10.22 16:25:12
Q:
电子密度等值面上的数值，比如说0.0001，其单位应该是啥？
A:
a.u.
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2015.10.22 16:43:00
Q:
sob 老师，你前天解答我的问题中，在大于0.001的π电子等值面内，积分可以到底苯环分子的π电子出现的几率为97%，这个积分表达式能写一下吗？
A:
对每个电子密度>0.001的格点，将格点电子密度乘以格点体系然后加和
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2015.10.22 16:55:27
Q:
请问# opt freq mp2/6-31++g(d,p) Direct ，用MP2计算做优化，加入direct关键词，会改变能量的变化吗
A:
不会
Q:
看的，加入direct可以自动分配内存，方便点
可能是加入direct，用mp2计算的比较快吧
A:
默认就是direct，自动判断资源配置来设定用Fulldirect、SemiDirect还是InCore
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2015.10.22 16:59:07
Q:
S老师，我的电脑是带K20C计算卡，安装amber14时，openmpi已经正确编译完毕。接下来我是编译并行版本呢？还是编译GPU版PMEMD? 还是两个都要编译？
A:
看你怎么运行了，纯CPU运行和GPU运行如果都用得上的话就都编译
Q:
-mpi intel
-mpi gnu
intel 和 gnu 分别指的是什么？
A:
intel就是指用ifort/icc，gnu就是用gfortran/gcc
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2015.10.22 17:01:43
Q:
都编译使用的时候会不会冲突呢
A:
不冲突，后缀名是分开的
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2015.10.22 17:04:50
Q:
昨天那个算亨利定律常数的您说很难算是因为某个蒸汽压下的溶解度没有很好的围观对应量吗
A:
模拟那个的话，得建个很大的模拟体系，这样才能把气相的压力，还有溶解度给合理地表现出来，但这样大的体系恐怕很难模拟动。
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2015.10.22 17:20:16
Q:
老师，我在做AdNDP的时候，直接分析3c-2e占据较高的几个轨道不是我想要的，指定分析时理想的轨道形状和直接分析的相比发生了很大的变化。而且，之后的nc-2e分析也不是理想的。。这个时候我该怎么办？？@Sobereva
[图片]
[原创表情]
我是个新手，问问题可能很水，还望见谅。
A:
那就看其它占据数低的3c的，都不是想要的就pass 3c，再看更多中心的
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2015.10.22 18:17:58
Q:
[图片]我的IRC分析做到这里就报错停止了，然后，我看了一下最高点的振动频率，发现两个虚频，且有一个很小，一个很大。我该做如何修改？@Sobereva
A:
你这是scan任务不是IRC任务
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2015.10.22 18:28:38
Q:
我帮一个妹子改一篇中文核心，几乎每一句都要改，我也要抓狂了
帮一个妹子很不容易的
A:
正常。给水平超low的改论文，相当于重写一遍，甚至比自己写一遍还累
Q:
那都崩溃了
讲到改文章我的槽瘾又犯了......喝口水冷静一下憋着
A:
有的人更是英语写得一句都没法看，全是病句，甚至都不知道想表达什么
Q:
所以如果审稿遇到这样的问题，会直接拒稿吗？
还是会费心推测作者意思？
A:
那必须拒
Q:
真的想跟那样的孩纸说憋写英文了写中文好改一些....
A:
不过那样的话，还没审编辑一般就已经拒了
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2015.10.22 18:32:19
Q:
老师，我看您的文中介绍说密度差要加nosymm这个关键词，比如我有A,B两个物质分别优化好了，然后把优化好的在放在一起进行了AB优化，关键词是在AB一起优化的时候加么？
A:
分别优化A、B没意义
优化AB的时候可以不用加，但是你把A、B单体结构从复合物优化好的结构中提取出来再算单点的时候则必须加nosymm
Q:
嗯，谢谢，我已经看过了，可能是还没有理解
请问是不是这样啊，例如我把离子液体的一个整体结构优化好了，然后从优化好的结构中分别拿出阴阳离子的结构坐标，然后分别加nosymm关键词，最后用整体的减去单独离子的算出电子密度差？
拿出来的单独的阴阳离子加nosymm关键词，需要进一步优化么
谢谢老师
A:
当然不优化，否则坐标又不对应了
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2015.10.22 19:18:26
Q:
[图片]请问此ELF图的各个坐标轴分别代表什么？
A:
坐标啊
Q:
请问Sobereva老师左边的纵轴是什么？单位是什么？
A:
和x一样啊
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2015.10.22 19:55:08
Q:
[图片]
老师我这个不是scan 我做的是opt到ts的
A:
去掉modredundant
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2015.10.22 20:33:24
Q:
[图片]
还忘了一点，老师你上次说的新的Ｍｕｌｔｉｗｆｎ里面有讲绘制ＬＤＯＳ，你说新手册上有，但是官网上给出的还是３.３.７版本的，里面的４。１０章节是没有给出ＬＤＯＳ的概念以及它的应用例子的
A:
官网一开头就有3.3.8(dev)手册下载
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2015.10.22 21:00:17
Q:
振动的耦合是不是，振动态激发到倍频跟别的振动态耦合？
哦哦
A:
可参考
浅谈VSCF求解分子振动问题
http://sobereva.com/203
Q:
[表情]非常感谢
Vibronic coupling就是绝热近似不适用的一个情况吧
A:
y
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2015.10.22 21:04:29
Q:
[图片]
老师，end of那一行影响计算结果吗？我看网上说要增大硬盘空间，现在作业计算完成了。
A:
正常情况
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2015.10.22 21:10:35
Q:
sobereva老师您好，对做密度差图我还有个小疑问，您说用优化好的AB然后分别对A和B加nosymm做单点计算，这时候的A和B与优化得到AB前面的两个初始物质结构是不一样的，也就是这时候的A和B其实不是最稳定的结构？
因为A和B放在一起优化后会变形吧
A:
y
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2015.10.22 21:42:18
Q:
谁给个ORCA最新下载地址
A:
计算化学公社上就有
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2015.10.22 21:37:08
Q:
OVGF是什么啊
A:
[图片]
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2015.10.22 21:37:08
Q:
[图片]各位老师，这个是指，32就是HOMO吧？
我应该从32开始看能量？
GV打开，[图片]这吗？
OVGF貌似跟这个不太一样
A:
[图片]
Q:
哪位大师用OVGF模拟过光谱，求赐教。着实不会看输出文件，不知如何读取能量。@Sobereva
[图片]sob老师，这个意思就是OVGF认为的HOMO吧，跟高斯不一样吧？
我是差不到，只看到sob老师回答一个同学的问题，相关资料甚少
A:
默认是冻核的，你把当成内核的MO数目从实际HOMO中减去就是这个
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