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标题: ASMD中py2脚本在py3中不适用，求助 [打印本页]

作者
Author: 知黑守白 时间: 2021-5-12 10:00
标题: ASMD中py2脚本在py3中不适用，求助
在amber中做ASMD，stage1结束之后需要判断轨迹中最符合 Jarzynski Average 的那条轨迹

官方教程提供了 ASMD.py脚本用于判断

但是目测这个官方的脚本是基于python2版本做的，系统内置python3.6，运行这个脚本会报错，如图

求助，脚本如何修改能使之适配python3？

万分感谢！！！

作者
Author: snljty 时间: 2021-5-12 14:14
本帖最后由 snljty 于 2021-5-12 14:16 编辑

108行

print >> sys.stdout, "The file closest to the Jarzynski Average is: %s" % asmdfile

复制代码

改成

print("The file closest to the Jarzynski Average is: %s" % asmdfile)

复制代码

然后70-72行

#open standard output/error files
sys.stdout = os.fdopen(sys.stdout.fileno(),'w',0)
sys.stderr = os.fdopen(sys.stderr.fileno(),'w',0)

复制代码

删去。这两个变量除了上面改的地方，压根没用到。而且python3不需要自己打开这两个文件。
顺便，python3自带的库里应该有个叫2to3（.py/.exe/没有后缀）的程序，直接用这个就能完成很多转换。没有测试文件只能改到这里，还有什么问题的话可以把测试文件贴上来。

作者
Author: 知黑守白 时间: 2021-5-12 18:34

snljty 发表于 2021-5-12 14:14
108行

改成

哇！！已经好用了！！！！感谢您！！！！！

作者
Author: amber菜鸟 时间: 2022-8-26 16:41
楼主您好，我在执行ASMD.py这个脚本的时候，出现这个问题，请问如何解决呢？

python ASMD.py -i asmd*.work.dat.1 -o jar.stage1.dat
Traceback (most recent call last):
File "ASMD.py", line 11, in <module>
raise ImportError("Unable to load the necessary modules")
ImportError: Unable to load the necessary modules

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