标题: 关于GMX中最小二乘法拟合组的选择问题（Select group for least squares fit） [打印本页] 作者Author: 黄舒伟 时间: 2021-5-12 14:39 标题: 关于GMX中最小二乘法拟合组的选择问题（Select group for least squares fit） 想请问一下在用GMX分析RMSD的时候，例如我是DNA和小分子配体的体系，想分析DNA的RMSD，那么我的最小二乘法拟合组应该怎么选择呢？或者更基本的一个问题：请问最小二乘法拟合组这个对我的结果影响的原理在哪呢？（没有在GMX手册或者公社查询到相关叙述）我试过两个都选DNA和拟合组选系统计算组选DNA，发现两者是不一样的，但是不知道这两者不一样的来源原理是什么？
恳请相关大佬指教。以下是相关的命令行。
Reading file md_0_10.tpr, VERSION 2019.6 (single precision)
Reading file md_0_10.tpr, VERSION 2019.6 (single precision)
Select group for least squares fit
Group 0 ( System) has 58999 elements
Group 1 ( DNA) has 758 elements
Group 2 ( MOL) has 70 elements
Group 3 ( NA) has 22 elements
Group 4 ( Other) has 70 elements
Group 5 ( MOL) has 70 elements
Group 6 ( NA) has 22 elements
Group 7 ( Water) has 58149 elements
Group 8 ( SOL) has 58149 elements
Group 9 ( non-Water) has 850 elements
Group 10 ( Ion) has 22 elements
Group 11 ( MOL) has 70 elements
Group 12 ( NA) has 22 elements
Group 13 ( Water_and_ions) has 58171 elements
Select a group: 1
Selected 1: 'DNA'
Select group for RMSD calculation
Group 0 ( System) has 58999 elements
Group 1 ( DNA) has 758 elements
Group 2 ( MOL) has 70 elements
Group 3 ( NA) has 22 elements
Group 4 ( Other) has 70 elements
Group 5 ( MOL) has 70 elements
Group 6 ( NA) has 22 elements
Group 7 ( Water) has 58149 elements
Group 8 ( SOL) has 58149 elements
Group 9 ( non-Water) has 850 elements
Group 10 ( Ion) has 22 elements
Group 11 ( MOL) has 70 elements
Group 12 ( NA) has 22 elements
Group 13 ( Water_and_ions) has 58171 elements
Select a group: 1
Selected 1: 'DNA'
Last frame 700 time 7.000
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作者Author: sobereva 时间: 2021-5-13 07:16
“Select group for least squares fit”控制相对于哪个组对整个体系进行平移、旋转，从而消除这个组相对于其在参考结构中的整体运动。你若要考察DNA部分的RMSD，显然得消除DNA部分的平动转动，这一步自然应该选DNA。
跑水当中的生物分子体系，Select group for least squares fit选system对任何时候都没有任何意义 作者Author: Eva_Winter 时间: 2021-5-13 14:48
两次都选DNA，得到的是DNA结构在整个过程中相对于初始时刻（由md_0_10.tpr决定）DNA结构的变化，就是一般意义上的RMSD。用来评估DNA构象变化的。