计算化学公社

标题: 求助：氧化石墨烯与蛋白体系在em时进行grompp出现error [打印本页]

作者
Author: 行行真的行 时间: 2021-5-12 15:54
标题: 求助：氧化石墨烯与蛋白体系在em时进行grompp出现error
请问老师们，我在对氧化石墨烯与蛋白的模拟中做能量最小化时出现了错误：Energy group exclusions are not (yet) implemented for the Verlet scheme，请问是什么原因造成的，是mdp文件设置出问题了吗

作者
Author: 王采岑 时间: 2021-5-12 16:27
本帖最后由王采岑于 2021-5-12 16:28 编辑

不知道有没有影响，但你verlet拼错了

作者
Author: 行行真的行 时间: 2021-5-12 16:50
本帖最后由行行真的行于 2021-5-12 19:09 编辑

王采岑发表于 2021-5-12 16:27
不知道有没有影响，但你verlet拼错了

不好意思，这是当时不小心搞错的，但错误与这个无关

作者
Author: 王采岑 时间: 2021-5-12 17:27

行行真的行发表于 2021-5-12 16:50
不好意思，这是当时不小心搞错的，错误与这个无关

人建议用group，网址给你，看看https://gromacs.org-gmx-users.ma ... de-lipid-simulation

作者
Author: 行行真的行 时间: 2021-5-12 19:31
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-13 07:11
本来就没必要写energygrp-excl

PS：这模板槽点太多

作者
Author: 行行真的行 时间: 2021-5-13 10:40

sobereva 发表于 2021-5-13 07:11
本来就没必要写energygrp-excl

PS：这模板槽点太多

确实感觉加了很多不必要的，但是是跟着文献做的，我之前按照您培训班的模板做的还挺顺利的，就是怕缺失一些条件，但现在看来可能多了一些不必要的选项

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)