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标题: 一个过渡态虚频只有-30，但是IRC可以得到产物，这样的过渡态可以接受吗？ [打印本页]

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Author: 星斗如盘 时间: 2021-5-13 14:50
标题: 一个过渡态虚频只有-30，但是IRC可以得到产物，这样的过渡态可以接受吗？
因为同类的过渡态虚频至少都大于100，所以有些怀疑，不知道虚频的大小和什么有关系？

作者
Author: RAL 时间: 2021-5-13 14:57
本帖最后由 RAL 于 2021-5-13 15:00 编辑

只要当前理论方法合适，IRC两端连接了反应物和产物，就可以接受，和虚频大小没有直接关系。
但是，你这个IRC质量很差，不够平滑，步长也太大了，看不出另一端是什么东西。结合你所说的同类过渡态虚频在-100 cm^-1左右，可能这个过渡态不能接受。

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2021-5-13 15:00
本帖最后由星斗如盘于 2021-5-13 15:04 编辑

RAL 发表于 2021-5-13 14:57
只要当前理论方法合适，IRC两端连接了反应物和产物，就可以接受，和虚频大小没有直接关系。
但是，你这个I ...

这一步的能垒很低，另一端就是那样烯烃和金属氢物种配位的状态，所以不得不加大步长，不然irc只有两个点就结束了。
PS:而且按照经验，一般虚频越小，整个分子震动的越厉害，而虚频越大，越是过渡态涉及到的核心骨架在振动。所以有些担心这是分子的振动，而不是想要的过渡态

作者
Author: RAL 时间: 2021-5-13 15:03

星斗如盘发表于 2021-5-13 15:00
这一步的能垒很低，另一端就是那样烯烃和金属氢物种配位的状态，所以不得不加大步长，不然irc只有两个点 ...

根据我之前的经验，30多的虚频步长加大到25到30足矣，另外也要配合着加大步数，不然难以判断当前势能面下IRC反应物端到底是什么

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2021-5-13 15:06

RAL 发表于 2021-5-13 15:03
根据我之前的经验，30多的虚频步长加大到25到30足矣，另外也要配合着加大步数，不然难以判断当前势能面下 ...

在你之前的研究中，30多的虚频常见吗？（这个过渡态我很熟悉，所以知道另一端结构是什么，就没有太关心它）

作者
Author: RAL 时间: 2021-5-13 15:10

星斗如盘发表于 2021-5-13 15:06
在你之前的研究中，30多的虚频常见吗？（这个过渡态我很熟悉，所以知道另一端结构是什么，就没有太关心它 ...

不算常见，不过也见过一些。低虚频意味着势能面很平缓，所以才加大IRC的步长和步数。一般大于25的都能用IRC跑通两端，15-25的比较难抢救，10以下的基本就没戏了。

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2021-5-13 15:17

RAL 发表于 2021-5-13 15:10
不算常见，不过也见过一些。低虚频意味着势能面很平缓，所以才加大IRC的步长和步数。一般大于25的都能用I ...

是的，这一步势能面非常平缓，甚至有时候自由能的势能面中过渡态反而比中间体还低0-1kcal

作者
Author: ms860309 时间: 2021-5-13 17:36
通常imaginary frequency越大(指的是負的越少)就代表PES是很平緩的
但是對於一些自動化探索反應機制的文獻會將大於50 cm^-1的imaginary frequency去除，因為可能只是一些很小的soft motion而已或者轉動
不過既然你已經用IRC確定過沒問題那大概就可以接受這個TS
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至於你提到的intermediate的free energy比ts能量低一些這東西確實有時候會出現
部分原因是ts相對於intermediate或者reactant, product有一個imaginary frequency不計入貢獻
或許你可以check是否electronic energy也是ts比intermediate低又或者用VTST處理這種問題
不過還能接受就是了

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