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标题: 晶体扩胞后如何设定盒子的尺寸以进行周期性模拟 [打印本页]

作者
Author: 侧耳倾听 时间: 2021-5-13 15:09
标题: 晶体扩胞后如何设定盒子的尺寸以进行周期性模拟
老师好，我对一个晶体结构进行扩胞处理，并将x y z轴的盒子尺寸进行了相应的延长，但是由于晶体不是立方堆积，得到的盒子的xy平面与z轴并不垂直，仍有一部分原子在盒子外，请教老师我应该如何设置盒子的尺寸才能对其使用周期性的模拟？谢谢老师！

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作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-13 18:53
在VMD里选择显示周期镜像，只要平移复制后能得到完美的晶体，就说明当前的盒子信息无问题，直接模拟就行了
不过你当前盒子z方向偏小，应该再扩至少一倍

作者
Author: 侧耳倾听 时间: 2021-5-13 23:20

sobereva 发表于 2021-5-13 18:53
在VMD里选择显示周期镜像，只要平移复制后能得到完美的晶体，就说明当前的盒子信息无问题，直接模拟就行了
...

明白了，谢谢老师指导！

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