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标题: 伞行采样牵引力问题 [打印本页]

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Author: sun666 时间: 2021-5-15 01:18
标题: 伞行采样牵引力问题
GROMACS的伞行采样教程中，mdp中
pull_ncoords = 1 ; only one reaction coordinatepull_ngroups = 2 ; two groups defining one reaction coordinatepull_group1_name = Chain_Apull_group2_name = Chain_Bpull_coord1_type = umbrella ; harmonic potentialpull_coord1_geometry = distance ; simple distance increasepull_coord1_dim = N N Y ; pull along zpull_coord1_groups = 1 2 ; groups 1 (Chain A) and 2 (Chain B) define the reaction coordinate
问题：
1.教程中定义的是A链与B链的距离进行谐振力对A链进行牵引。但是我如果只想让一个离子在Z方向定向移动该如何设置这一部分的mdp。
2.如果不想用谐振力，而用电场进行牵引该如何设置。
3.伞行采样计算的平均力势（PMF）与自由能是什么关系，是一个意思吗。如果是的话伞行采样是通过热力学微扰的方法计算的自由能吗。
请社长不吝指点。

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