计算化学公社

标题: 叠瓦盘可以用作高斯计算盘吗 [打印本页]

作者
Author: 第十九路猪猴 时间: 2021-5-15 15:41
标题: 叠瓦盘可以用作高斯计算盘吗
请问，叠瓦盘可以用作高斯计算盘吗？
我的电脑是联想拯救者R7000,4800H+GTX1650，500G三星固态+1T垂直机械盘，高斯是装在笔记本固态盘的虚拟机中的，结构优化什么的还正常，但一旦用双杂化泛函计算单点时，擦写缓存就是一两T，但我的固态才500G，导致计算中止，所以我想用下面几个方案解决：
1) 用稍微便宜的泛函，如M062X计算单点；或者用win版gaussian计算单点，减少缓存的大小
2) 将高斯装在大容量机械盘中，但笔记本的机械盘垂直盘都不超过1T，购买大容量叠瓦盘不知道能否适用于理论计算任务呢？
3) 外接大的机械盘用于大缓存的任务
另外，用笔记本做计算，会大幅度降低固态寿命吗？大家是否有更好的方案呢？不胜感激

作者
Author: exity 时间: 2021-5-15 16:30
是指外置硬盘盒这种外接硬盘做计算吗？
可靠性很低，慎重考虑。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-15 16:38
最理想的解决方法使用ORCA开RI做双杂化泛函，速度远快于Gaussian，硬盘消耗量远小于Gaussian。Multiwfn直接就能创建输入文件，使用毫无难度
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

Windows版Gaussian怎么可能减小硬盘的开销，明显跟系统毫无直接关系

Gaussian程序装在哪和scratch目录设哪完全是两码事

硬盘速度对Gaussian跑双杂化、MP2影响不大，仔细看
硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397（http://bbs.keinsci.com/thread-7478-1-1.html）

如果经常做需要大量读写硬盘的任务，不建议scratch目录和操作系统共享同一个硬盘，有条件的话尽量把scratch目录弄到不重要的硬盘的分区里

作者
Author: 第十九路猪猴 时间: 2021-5-15 21:21

sobereva 发表于 2021-5-15 16:38
最理想的解决方法使用ORCA开RI做双杂化泛函，速度远快于Gaussian，硬盘消耗量远小于Gaussian。Multiwfn直接 ...

非常感谢Sob老师！
那我把scratch目录设置到机械盘中，但适合笔记本的垂直机械盘都不超过1T，叠瓦盘虽然容量大还便宜，但网传对于小任务的频繁读取降速极快，故是否做计算完全不用考虑叠瓦盘呢？
Orca还完全不会，以后可能会用Orca做单点计算；另外，由于计算任务很多，我用Orca计算某个结构的单点，那能否跟Gaussian计算的单点进行对比呢？还是统一用一个软件计算呢？

作者
Author: 第十九路猪猴 时间: 2021-5-15 21:24

exity 发表于 2021-5-15 16:30
是指外置硬盘盒这种外接硬盘做计算吗？
可靠性很低，慎重考虑。

指的是外接机械盘；
不外置机械盘的话，用大容量固态太贵，适合笔记本的机械盘垂直盘也不超过1T，虽然叠瓦盘容量大，但网传对于小任务的频繁读取降速极快，故不知道是否能用叠瓦盘安装gaussian或者设置scratch路径

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-15 22:31

第十九路猪猴发表于 2021-5-15 21:21
非常感谢Sob老师！
那我把scratch目录设置到机械盘中，但适合笔记本的垂直机械盘都不超过1T，叠瓦盘虽然 ...

量化计算又不涉及读写大量小文件

谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573（http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html）

作者
Author: ahxb 时间: 2021-5-16 02:18
不建议外接叠瓦盘作为Gaussian计算的缓存盘。
在做计算量大的任务时，Gaussian产生的大文件主要就是指rwf文件，次要的是chk文件，并且在计算过程中会频繁读写，那很容易想到这两个文件必然不是顺序写入，而是写完之后会频繁回到写进盘的部分到处修改，虽然表面上只是一个文件，但在读写行为和读写多个较小的文件类似，这肯定不适合叠瓦盘，尤其是有一些占用的叠瓦盘。我自己也心疼笔记本的固态，外接过西数的2t叠瓦移动硬盘做过测试，在空间剩余不多时读写速度数以百k计，对普通DFT计算都不能用，更不用说双杂化计算。
但至少有一些新叠瓦盘在刚开始读写的一段空间内，由于不需要考虑覆写数据，和垂直盘的差别不大。这个比例应该因盘而异，不过至少有百分之小几十。现在大容量2.5寸移动硬盘也几乎都是叠瓦盘了，如果急用，并且愿意花时间隔一段时间全盘写零，让硬盘回到新盘状态，其实也是可以用的。但叠瓦盘全盘写零也会受到叠瓦结构的影响，速度非常慢，作为参考，上面的2t叠瓦盘我花了一周的晚上才擦写完。
总之，先考虑计算方案是否合理，比如既然是用自己的笔记本做计算，要考虑好要不要算，真要算的话是不是要用这么高的计算级别；然后考虑软件上的解决方案，例如社长说的用ORCA开RI算（其实虚拟机里跑Linux版ORCA不如直接用windows版ORCA，内存和硬盘不受虚拟机限制）；最后才该考虑硬件上的解决方案，比如外接硬盘或者直接一步到位，配个台式机。

作者
Author: exity 时间: 2021-5-16 08:46
整个2.5G的NAS或许可堪一用

作者
Author: 第十九路猪猴 时间: 2021-5-16 18:17

ahxb 发表于 2021-5-16 02:18
不建议外接叠瓦盘作为Gaussian计算的缓存盘。
在做计算量大的任务时，Gaussian产生的大文件主要就是指rwf ...

非常感谢这么详细的回复！！！

目前暂时降低级别计算单点，等以后有时间了再尝试Orca。现在基本不考虑叠瓦盘了，目前暂时计算量不大，没时间去学习用超算，主要是太忙，自己电脑能解决的不愿花时间去搞，等以后毕业了再尝试各种软件

作者
Author: li447fan 时间: 2021-5-17 11:53

第十九路猪猴发表于 2021-5-16 18:17
非常感谢这么详细的回复！！！
目前暂时降低级别计算单点，等以后有时间了再尝试Orca。 ...

超算花上个一天就学会了，不比自己电脑好用多了吗，计算快，不用担心容量问题

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