计算化学公社

标题: 求助：在跑伞状采样时经常会报错 [打印本页]

作者
Author: 惊魂十四日 时间: 2021-5-17 09:44
标题: 求助：在跑伞状采样时经常会报错
Program gmx mdrun, VERSION 5.1.4
Source code file: /home/denglei/denglei/gromacs-5.1.4/src/gromacs/pulling/pull.cpp, line: 520

Fatal error:
Distance between pull groups 1 and 2 (7.358814 nm) is larger than 0.49 times the box size (7.411983).
You might want to consider using "pull-geometry = direction-periodic" instead.

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

其中那个0.49倍非常让人迷惑，我询问他人说是增大盒子的体积就行，我目前用的是任意原子距离盒子边界最短距离1.8nm。其他文件于附件中上传。
据gromacs论坛的讨论来看，使用pull-geometry = direction-periodic会造成更多问题。
烦请各位了解的大佬不吝指教，拜谢！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-17 16:37
以后ndx这种文本型文件尺寸较大的话压缩后再上传，否则会严重浪费服务器空间，别人下载也慢

作者
Author: 惊魂十四日 时间: 2021-5-17 18:47
好的，抱歉

作者
Author: cyx8 时间: 2024-12-2 15:45
你好请问这个问题解决了吗您

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