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标题: 如何利用GROMACS计算体系的吉布斯自由能和亥姆霍兹自由能 [打印本页]

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Author: sungl123456 时间: 2021-5-17 15:37
标题: 如何利用GROMACS计算体系的吉布斯自由能和亥姆霍兹自由能
本人想利用GROMACS计算液体分子混合体系的吉布斯自由能，看了本站的部分帖子，需要利用如下图所示公式计算，利用gmx energy可提取体系的焓和内能，但是怎么计算出亥姆霍兹自由能以及吉布斯自由能呢

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出处：北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）

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Author: sobereva 时间: 2021-5-17 16:40
gmx energy把能量数据导出来，自行照着公式算就完了，求平均这种事origin、excel等都可以

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Author: sungl123456 时间: 2021-5-17 18:13
本帖最后由 sungl123456 于 2021-5-17 18:14 编辑

sobereva 发表于 2021-5-17 16:40
gmx energy把能量数据导出来，自行照着公式算就完了，求平均这种事origin、excel等都可以

老师可否把需要提取的哪一项说的明白些，我还是没懂这个公式内部含义C:\Users\long\Desktop\gmx_energy提取项.JPG

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Author: k64_cc 时间: 2021-5-17 18:14
想算自由能自有其方法，你先把想描述的物理化学过程想好，这么算没法互相比较，也没太大意义。

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Author: sungl123456 时间: 2021-5-17 18:19

k64_cc 发表于 2021-5-17 18:14
想算自由能自有其方法，你先把想描述的物理化学过程想好，这么算没法互相比较，也没太大意义。

好吧，感谢

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Author: Lacrimosa 时间: 2021-5-17 21:18
请教一下老师，通过1楼图中公式求得的自由能和通过重要性采样得到的自由能分别指什么呢，可以理解为前者采样不足，后者采样更充分么？

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Author: sobereva 时间: 2021-5-17 23:12

sungl123456 发表于 2021-5-17 18:13
老师可否把需要提取的哪一项说的明白些，我还是没懂这个公式内部含义

E=内能=动能+势能

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Author: sungl123456 时间: 2021-5-18 09:00

sobereva 发表于 2021-5-17 23:12
E=内能=动能+势能

好的，明白了，感谢老师

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Author: yangjunfang 时间: 2025-1-8 20:55

sobereva 发表于 2021-5-17 16:40
gmx energy把能量数据导出来，自行照着公式算就完了，求平均这种事origin、excel等都可以

sob老师，用上面第一个公式计算得到A就等于E吧？

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Author: sobereva 时间: 2025-1-9 03:07

yangjunfang 发表于 2025-1-8 20:55
sob老师，用上面第一个公式计算得到A就等于E吧？

显然不是

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