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标题: 输出rmsd文件出现问题 [打印本页]

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-5-17 16:45
标题: 输出rmsd文件出现问题
在我使用gmx rms命令输出rmsd文件的时候，显示：
Program:    gmx rms, version 2020.5-dev-UNCHECKED
Source file: src/gromacs/fileio/trxio.cpp (line 944)
Function: read_first_frame(const gmx_output_env_t*, t_trxstatus**, const char*, t_trxframe*, int)::<lambda()>

Assertion failed:
Condition: !bOK
Inconsistent results - OK status from read_first_xtc, but 0 atom coords read

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
——————————————————————————————————————————————————
我google了一下，发现一个文件里有这样一行代码：
case efXTC:
      if (read_first_xtc(fio, &fr->natoms, &fr->step, &fr->time, fr->box, &fr->x, &fr->prec, &bOK) == 0)
         {
               GMX_RELEASE_ASSERT(!bOK,
                                 "Inconsistent results - OK status from read_first_xtc, but 0 "
                                 "atom coords read");
               fr->not_ok = DATA_NOT_OK;
            }
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我看不太懂c语言，请问各位大佬这是什么原因造成的？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-17 16:48
不好判断。用trjconv转换一下轨迹再试试
实在不行用VMD的RMSD Trajectory tool插件得到RMSD

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-5-17 17:02

sobereva 发表于 2021-5-17 16:48
不好判断。用trjconv转换一下轨迹再试试
实在不行用VMD的RMSD Trajectory tool插件得到RMSD

好的，谢谢大佬

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