计算化学公社

标题: Multiwfn计算大文件的RESP电荷时出现闪退的问题 [打印本页]

作者
Author: qianbao 时间: 2021-5-18 09:26
标题: Multiwfn计算大文件的RESP电荷时出现闪退的问题
本帖最后由 qianbao 于 2021-5-18 09:44 编辑

请问老师及各位大神：
我在计算PTB7（n=4、带侧链）的聚合物分子的RESP电荷时，大概1min，就会闪退，请问这样情况该如何尝试解决呢？
目前，已经试过的操作有，1. 将gaupath、cubegenpath和formchkpath已更改为自己电脑的路径；2.按multiwfn提示更改settings.ini文件中的iESPcode；3. 扩大nthreads和ompstacksize
具体问题如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 23)
7  //Population analysis and atomic charges
18  //Restrained ElectroStatic Potential (RESP) atomic charge
1 //Start standard two-stage RESP fitting calculation
出现以下界面后，大概1min，就会闪退
(, 下载次数 Times of downloads: 32)
生成的nouseout文件如下：
Out-of-memory error in routine P2Cart (IEnd=       8580 MxCore=    -3265638)
Use %mem=36MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e at Tue May 18 09:35:52 2021.

不知该如何扩大临时内存

作者
Author: snljty 时间: 2021-5-18 09:43
两个方法，要么看卢老师博文《巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法》http://bbs.keinsci.com/thread-13140-1-1.html，在里面搜GAUSS_MEMDEF；
要么直接删掉cubegenpath，下载当前网站上最新更新的Multiwfn，直接用Multiwfn内部调用LIBRETA的代码算。看卢老师博文《Multiwfn的计算静电势的内部代码速度得到了巨幅提升！》http://bbs.keinsci.com/thread-18414-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-18 12:19
G09的cubegen只支持单核，用Multiwfn自己带的静电势代码并行计算比用cubegen快多了

作者
Author: qianbao 时间: 2021-5-18 15:02

snljty 发表于 2021-5-18 09:43
两个方法，要么看卢老师博文《巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法》http://bbs.keinsci.com/threa ...

好的，谢谢，您刚说完，我就根据http://bbs.keinsci.com/thread-13140-1-1.html这个帖子解决完毕了，非常感谢
只是运算非常慢，才结束。

作者
Author: qianbao 时间: 2021-5-18 15:02

sobereva 发表于 2021-5-18 12:19
G09的cubegen只支持单核，用Multiwfn自己带的静电势代码并行计算比用cubegen快多了

好的，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-18 15:17

qianbao 发表于 2021-5-18 15:02
好的，谢谢，您刚说完，我就根据http://bbs.keinsci.com/thread-13140-1-1.html这个帖子解决完毕了，非常 ...

最新版Multiwfn的静电势代码绝对不会多慢
仔细看此文
Multiwfn的计算静电势的内部代码速度得到了巨幅提升！
http://sobereva.com/563（http://bbs.keinsci.com/thread-18414-1-1.html）
用内部代码慢的话用cubegen也快不到哪去，更何况十几核的时候就已经比cubegen更快了

作者
Author: qianbao 时间: 2021-7-30 19:32

sobereva 发表于 2021-5-18 15:17
最新版Multiwfn的静电势代码绝对不会多慢
仔细看此文
Multiwfn的计算静电势的内部代码速度得到了巨幅提 ...

老师，用这个方法解决了一个分子，但当分子更换一个更大的时候。又出现相同问题了。
我是64位的win，环境变量设置成1400MB，窗口突然关闭；扩大到4GB，运行7min左右，窗口突然关闭。
我的fchk比较大（1.25GB），命令行#p B3LYP/def2TZVP empiricaldispersion=gd3bj，统一的泛函和基组，但现在差这个分子出不来RESP了（7 -18 -1）
请问老师，是否还有其他方法实现正常运算呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-1 05:54

qianbao 发表于 2021-7-30 19:32
老师，用这个方法解决了一个分子，但当分子更换一个更大的时候。又出现相同问题了。
我是64位的win，环 ...

“变量设置成1400MB”完全莫名其妙，64bit Multiwfn又没这个限制

不要说突然关闭。在命令行窗口下运行Multiwfn，把自动报错退出时屏幕上的截图发出来。或者最好把输入文件压缩后放网盘里在这里提供链接，否则完全没法判断是什么情况。另外，fch文件这么大估计体系不小，若有可能找个核多的linux机子算。

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