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标题: [BURAI]关于计算吸附能时的优化顺序的求助 [打印本页]

作者
Author: 一束光 时间: 2021-5-18 15:32
标题: [BURAI]关于计算吸附能时的优化顺序的求助
本人计算化学菜鸟，有一些基础问题跪求大佬解答。1：我将原胞优化以后，再进行超胞和切面的操作之后，是不是就不需要再进行优化操作了，可以直接进行SCF计算？
2：如何不需要再进行优化，那么添加吸附上的小分子以后是不是也不需要再进行优化？
3：我自己尝试了一下，超胞以后再优化，发现原胞收敛的情况的下，超胞优化是SCF的值可以从负值波动到几倍大的正值，这种情况正常吗？

4：burai里面的optimize和geometry的区别是什么？

非常希望能有大佬帮忙解惑，非常感谢。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-5-18 16:20
1.一般来说切面之后表面还要优化一下，不过区别是优化块体的时候是vc-relax，切完表面加真空层之后就不再优化晶胞本身了只优化原子位置，就是relax不是vc-relax，同时固定底部原子。

2.吸附了小分子之后当然要优化，不然怎么知道吸附的构型，而且要注意放的位置和方向，可能出现不同的吸附模式。

3.SCF没收敛而已，正常，如果反复振荡注意检查模型合理性，比如原子比例啊，偶极校正啊，磁态等等

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-5-18 17:38
1、切面之后，暴露在外部的原子还会发生驰豫，因此切面后的结构优化依然是必要的，而晶胞的矢量不再需要优化。
2、吸附小分子后小分子和表面通常都会发生结构变化，所以也要进行优化，当然摆放的越是合理所需要的优化步数也就越短。
3、超胞的SCF会比原胞或单胞难收敛，如果只是单纯扩胞就导致SCF难收敛，在保证磁矩设置和结构可靠的基础上，可以看看适当减小mixing beta或者mixing mode，另外有些体系空带数目也有很大影响。

作者
Author: 一束光 时间: 2021-5-18 21:56

喵星大佬发表于 2021-5-18 16:20
1.一般来说切面之后表面还要优化一下，不过区别是优化块体的时候是vc-relax，切完表面加真空层之后就不再优 ...

非常感谢您

作者
Author: 一束光 时间: 2021-5-18 21:59

卡开发发发表于 2021-5-18 17:38
1、切面之后，暴露在外部的原子还会发生驰豫，因此切面后的结构优化依然是必要的，而晶胞的矢量不再需要优 ...

非常感谢。还有一个问题，就是结构优化和晶胞矢量优化的区别。因为我用的是qe的gui（burai），这个区别是不是opimize和geometry的区别啊？

作者
Author: 风飞 时间: 2021-5-18 23:21

一束光发表于 2021-5-18 21:59
非常感谢。还有一个问题，就是结构优化和晶胞矢量优化的区别。因为我用的是qe的gui（burai），这个区别是 ...

建议你建模的时候可以使用这个QE在线工具：http://www.densityflow.com/

这个很方便，并且能实现多种文件的转换，还能切面，扩胞等多种功能

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-5-19 00:38

风飞发表于 2021-5-18 23:21
建议你建模的时候可以使用这个QE在线工具：http://www.densityflow.com/

这个很方便，并且能实现多种 ...

结构方面的处理ase就能做到。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-5-19 00:47

一束光发表于 2021-5-18 21:59
非常感谢。还有一个问题，就是结构优化和晶胞矢量优化的区别。因为我用的是qe的gui（burai），这个区别是 ...

抱歉，因为BURAI这玩意太难用所以后来我们这边是用了ASE和自己写的脚本混合使用来自动生成的QE输入，所以没什么印象了。不过我印象当中Geometry的选项卡可能是用来设置结构中的原子相关的参数，而Optimize可能是控制构型优化相关的参数，而进行何种计算应该是在左下角的菜单中的Run里面有Job Type的设置，这些你可以再确认下。

作者
Author: 风飞 时间: 2021-5-19 08:22

卡开发发发表于 2021-5-19 00:38
结构方面的处理ase就能做到。

嗯，是的，我使用这个很大的一个原因是，他能在线将QE的输入文件，转换成cif文件，然后在MS中进行下一步建模，

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-5-19 09:53

风飞发表于 2021-5-19 08:22
嗯，是的，我使用这个很大的一个原因是，他能在线将QE的输入文件，转换成cif文件，然后在MS中进行下一步 ...

QE输出的是QE的out文件，稳妥的方式是用pwoxsf转换成xsf，然后ase convert OUT.xsf OUT.cif
编辑完成存成cif再反过来处理成QE的in，ase convert -o "espresso-in" IN.cif IN.relax.in。
我们这边使用的时候因为有程序能产生参数，所以实际操作是通过ase的Atoms的类和参数直接组合进行写入的。

作者
Author: 风飞 时间: 2021-5-19 10:21

卡开发发发表于 2021-5-19 09:53
QE输出的是QE的out文件，稳妥的方式是用pwoxsf转换成xsf，然后ase convert OUT.xsf OUT.cif
编辑完成存 ...

嗯，我之前试过使用pwoxsf，不知为什么好像失败了，由于畏难情绪，就参照命令：awk '/Begin final coordinates/,/End final coordinates/{print $0}' AAA.out 用于提取优化好的结构，这个命令的缺点是只能提取优化成功文件的结构，如果出现不收敛或者其他问题的out文件就提取不出来。

ASE之前了解过，但是没有认真接触过，得好好接触和学习一下

谢谢老师

唉，学海无涯，苦作舟，是真的苦

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-5-19 10:47

风飞发表于 2021-5-19 10:21
嗯，我之前试过使用pwoxsf，不知为什么好像失败了，由于畏难情绪，就参照命令：awk '/Begin final coord ...

pwoxsf后面的参数挂lc（最后一帧），不要用oc（优化得到的结构）试试。

作者
Author: 一束光 时间: 2021-5-19 22:43

风飞发表于 2021-5-18 23:21
建议你建模的时候可以使用这个QE在线工具：http://www.densityflow.com/

这个很方便，并且能实现多种 ...

好嘞，非常感谢

作者
Author: 一束光 时间: 2021-5-19 22:45

卡开发发发表于 2021-5-19 00:47
抱歉，因为BURAI这玩意太难用所以后来我们这边是用了ASE和自己写的脚本混合使用来自动生成的QE输入，所以 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: 一条君 时间: 2021-8-5 12:21

卡开发发发表于 2021-5-18 17:38
1、切面之后，暴露在外部的原子还会发生驰豫，因此切面后的结构优化依然是必要的，而晶胞的矢量不再需要优 ...

您好，请问晶胞优化和结构优化有什么区别呢，晶胞优化同时不也改变结构了吗？
（初学者看到都是先进行晶胞，然后进行结构优化）谢谢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-8-5 13:03

一条君发表于 2021-8-5 12:21
您好，请问晶胞优化和结构优化有什么区别呢，晶胞优化同时不也改变结构了吗？
（初学者看到都是先进行晶 ...

晶胞优化（或者说变胞驰豫vc-relax）包含晶格参数的优化和原子坐标的优化（当然你也可以指定原子坐标不优化）；结构优化（应该说驰豫relax）则只包含原子坐标的优化。

对于晶胞，通常建议做变胞优化。

作者
Author: 晨晨晨嘛 时间: 2023-3-23 09:16

一条君发表于 2021-8-5 12:21
您好，请问晶胞优化和结构优化有什么区别呢，晶胞优化同时不也改变结构了吗？
（初学者看到都是先进行晶 ...

您好，请问您现在明白这两者的区别了么，我还是不太明白，请赐教

作者
Author: 一条君 时间: 2023-3-24 17:49

晨晨晨嘛发表于 2023-3-23 09:16
您好，请问您现在明白这两者的区别了么，我还是不太明白，请赐教

我平时不做这方向，回想一下，我的理解是每一个晶胞参数会对应一个最优结构；当你改变晶胞参数，会对应另一个最优结构，此时就是变胞优化了。（比如大尺寸晶胞和小尺寸的结构或者堆积方式应该会不同）

作者
Author: 晨晨晨嘛 时间: 2023-3-30 09:10

一条君发表于 2023-3-24 17:49
我平时不做这方向，回想一下，我的理解是每一个晶胞参数会对应一个最优结构；当你改变晶胞参数，会对应另 ...

好的谢谢您~

作者
Author: HAC 时间: 2024-9-28 10:27

一条君发表于 2021-8-5 12:21
您好，请问晶胞优化和结构优化有什么区别呢，晶胞优化同时不也改变结构了吗？
（初学者看到都是先进行晶 ...

晶胞优化是优化晶格常数，结构优化只优化原子位置

作者
Author: FDGDF 时间: 2024-9-28 15:32

一束光发表于 2021-5-18 21:56
非常感谢您

感谢您的回复

作者
Author: Snowkunkun 时间: 2024-10-23 17:13

喵星大佬发表于 2021-5-18 16:20
1.一般来说切面之后表面还要优化一下，不过区别是优化块体的时候是vc-relax，切完表面加真空层之后就不再优 ...

您好！请问切面后和吸附分子后，两种情况进行优化的时候，k-point和截断能的设置跟原胞优化时候一样设置吗？还是需要重新测试选择k-point和截断能？谢谢大佬

作者
Author: Snowkunkun 时间: 2024-10-23 17:14

喵星大佬发表于 2021-5-18 16:20
1.一般来说切面之后表面还要优化一下，不过区别是优化块体的时候是vc-relax，切完表面加真空层之后就不再优 ...

作者
Author: Snowkunkun 时间: 2024-10-23 17:24

卡开发发发表于 2021-5-18 17:38
1、切面之后，暴露在外部的原子还会发生驰豫，因此切面后的结构优化依然是必要的，而晶胞的矢量不再需要优 ...

老师您好！我正在用castep进行吸附能计算。有两个问题想请教一下您。
1、请问切面后和吸附分子后，两种情况进行优化的时候，k-point和截断能的设置跟原胞优化时候一样设置吗？还是需要重新测试选择k-point和截断能？
2、建立吸附构型，气体分子摆放的方向和位置会有很多情况，就在几种摆放情况进行优化后，选择能量最低的模型进行分析就可以吗？
非常感谢老师

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-23 18:14

Snowkunkun 发表于 2024-10-23 17:24
老师您好！我正在用castep进行吸附能计算。有两个问题想请教一下您。
1、请问切面后和吸附分子后，两种 ...

1、严格说要重新测试，但你可以一开始晶胞计算时测试完留一些余量，之后可以在此基础上稍做检查（这样不需要测试太多点）。
2、不一定，看具体研究问题。简单分子吸附构型比较少可以都算下；当可能的吸附构型特别多，（特定温度下）不同构型之间转化比较容易，这种情况计算优化少数结构不太靠得住。

作者
Author: Snowkunkun 时间: 2024-10-24 13:39

卡开发发发表于 2024-10-23 18:14
1、严格说要重新测试，但你可以一开始晶胞计算时测试完留一些余量，之后可以在此基础上稍做检查（这样不 ...

非常感谢老师的答疑解惑。
1、请问 “晶胞计算时留一些余量” 是什么意思？晶胞结构优化计算时，我的k-points和截断能已经测试了很多。（k-points选取了大概10种不同的abc组合测试，截断能300eV-850eV，50eV为增量都计算了。）
2、我计算的是金属氧化物SnO2、In2O3吸附乙醇气体分子，应该怎么选择吸附构型更合理呢？
3、计算二维材料k-points的选取是否需要设置为a x b x 1（c都取1）？我查阅文献，有的计算 a b c 选取相近的数值，有的设置 c=1计算。
谢谢卡开发发老师！！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-24 13:55

Snowkunkun 发表于 2024-10-24 13:39
非常感谢老师的答疑解惑。
1、请问 “晶胞计算时留一些余量” 是什么意思？晶胞结构优化计算时，我的k-p ...

1、余量指的是比如测试下来动能截断450eV收敛，你实际用的时候可以用到500甚至是550eV。最后算的时候你从450、500、550稍微检验一下就可以，而不需要完全重新测试。
2、这个具体我没办法说，但大致上可以通过一些结构化学和对称性方面的知识对构型初步做些判断。
3、两者不冲突，当c轴足够长kc其实只要1就行了，最核心的问题就是c轴足够长，kc严格说是不是1无所谓，因为当c轴足够长的时候kc怎样取和1都差不多。

作者
Author: Snowkunkun 时间: 2024-10-24 16:18

卡开发发发表于 2024-10-24 13:55
1、余量指的是比如测试下来动能截断450eV收敛，你实际用的时候可以用到500甚至是550eV。最后算的时候你从 ...

非常感谢老师。
我计算吸附能的大概流程还想麻烦您帮我看一下：
1、晶胞结构优化，找出收敛的k-points和截断能。
2、晶胞切面，加真空层，扩胞，收敛性测试。（真空层10-15埃，切面厚度3-5层）
3、构建乙醇+氧化物吸附模型，固定底部原子层，进行收敛性测试。
4、计算各部分能量代入公式得到吸附能。
谢谢老师。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-24 17:26

Snowkunkun 发表于 2024-10-24 16:18
非常感谢老师。
我计算吸附能的大概流程还想麻烦您帮我看一下：
1、晶胞结构优化，找出收敛的k-points ...

第2步切面后可以不扩胞先测试。

作者
Author: Snowkunkun 时间: 2024-10-24 22:42

卡开发发发表于 2024-10-24 17:26
第2步切面后可以不扩胞先测试。

老师，我在对In2O3切面+真空度进行收敛性性测试，计算失败，提醒我:
1、无法导入文档：“Error on Job Complete. Failed to import document from D:\， Binary file with CASTEP results not present.”
2、“Files not removed from server due to previous errors.”
3、“As instructed, files have been left on remote server, these may need to be manually archived.”
请问这个应该怎么解决呢？谢谢老师

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-25 00:27

Snowkunkun 发表于 2024-10-24 22:42
老师，我在对In2O3切面+真空度进行收敛性性测试，计算失败，提醒我:
1、无法导入文档：“Error on Job C ...

看看计算失败后返回的.castep文件输出什么，现在判断不了。

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