计算化学公社

标题: 怎样在高斯中把一个分子片段作为刚性片段参与优化 [打印本页]

作者
Author: superlogj 时间: 2015-12-7 11:39
标题: 怎样在高斯中把一个分子片段作为刚性片段参与优化
大家好，

我想计算晶体中主体分子片段和客体分子的相互作用。现在问题是片段的固定上。
我纠结的是主体分子片段有2个部分，怎么样分别固定这2个部分（把这两个片段视为刚性的），但是这2个部分的相对位置是可以在优化中发生改变的。
我之前都是设-1冻结原子做的，但是这次要改变相对位置，没法用-1吧？
然后我有看到手册上说oniom分层做可以实现。我试了下把2个片段分在不同层，然后在输入文件中别人输入-2,-3来定义刚性片段。
但是一直报错，说 only 1 rigid fragment with regular optimizer。
请教各位大大，刚性片段定义该怎么弄？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-12-7 16:51
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-12-7 21:25 编辑

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写 -2, -3 之类的就行了用不着上ONIOM

作者
Author: tobeant 时间: 2019-4-2 17:29
请问这个问最后题解决了么？光写上-2、-3也会遇到only 1 rigid fragment with regular optimizer的报错。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-2 17:49

tobeant 发表于 2019-4-2 17:29
请问这个问最后题解决了么？光写上-2、-3也会遇到only 1 rigid fragment with regular optimizer的报错。

Gaussian没法实现（用ONIOM时除外）。保持片段刚性得用ORCA

作者
Author: tobeant 时间: 2019-4-2 17:55

sobereva 发表于 2019-4-2 17:49
Gaussian没法实现（用ONIOM时除外）。保持片段刚性得用ORCA

非常感谢！比如主客体体系，在ONIOM中主客体分别是两个层。如果把主客体都做刚性结构处理，那用ONIOM方法优化主客体之间的相互作用时，具体用的是哪个层的计算方法呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-2 18:00

tobeant 发表于 2019-4-2 17:55
非常感谢！比如主客体体系，在ONIOM中主客体分别是两个层。如果把主客体都做刚性结构处理，那用ONIOM方法 ...

此时相互作用是底层级别的方法描述的

作者
Author: tobeant 时间: 2019-4-2 19:04

sobereva 发表于 2019-4-2 18:00
此时相互作用是底层级别的方法描述的

谢谢！还有一个问题想请教，晶体结构中存在-NH2...O氢键作用，想研究这个氢键作用，不知该如何处理模型？
1. 直接从晶体中抠出氢键作用的二聚体，然后用G09进行结构优化，但此时-NH2基团的三个原子不在同一个平面内，与晶体结构中的单体结构差异较大。所以，想把单体结构做刚性处理，只优化二者的相互作用，但尝试G09没有成功。
2. 用Castep对晶胞结构先进行优化，然后抠出二聚体结构，直接用G09+Multiwfn进行计算分析，不再做结构优化处理。但Castep与G09采用的是两种计算方法，这样处理是否合适？

请问该怎么处理模型比较合理？有什么好的办法？感谢回复！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-3 04:57

tobeant 发表于 2019-4-2 19:04
谢谢！还有一个问题想请教，晶体结构中存在-NH2...O氢键作用，想研究这个氢键作用，不知该如何处理模型？ ...

直接把CASTEP优化完的晶胞里的二聚体抠出来，用Gaussian、ORCA之类量化程序算个单点，得到波函数文件，给Multiwfn分析即可，原理上没有任何问题

作者
Author: tobeant 时间: 2019-4-3 08:30

sobereva 发表于 2019-4-3 04:57
直接把CASTEP优化完的晶胞里的二聚体抠出来，用Gaussian、ORCA之类量化程序算个单点，得到波函数文件，给 ...

好的。谢谢老师!

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