计算化学公社

标题: Multiwfn+VMD 绘制ESP问题求助 [打印本页]

作者
Author: yiping_rw 时间: 2021-5-18 16:57
标题: Multiwfn+VMD 绘制ESP问题求助

按照sober老师 @sobereva 的教程（巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法，http://sobereva.com/481）（使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图，http://sobereva.com/443）

调用了gaussian09的cubegen来计算表面静电势，手动操作和bat脚本均可重复出example中的例子。 (, 下载次数 Times of downloads: 31)

最近设计合成了某分子，gaussian结构优化之后（基组6-311+g(d,p)），用Gaussian转为fch文件，导入Multiwfn计算ESP，按照完全一致的流程，高质量图像33个原子29mins算完，但最后VMD显示出来的都是一片蓝色，无明显红/蓝色相间：
(, 下载次数 Times of downloads: 26)

不知哪一步出现了问题，排除了VMD的显示设置问题。求助论坛各位老师。

准备不用cubegen再计算一下，排除是不是ESP计算出了问题。

第一步计算density的显示图：
(, 下载次数 Times of downloads: 24)

第二步计算ESP的显示图：
(, 下载次数 Times of downloads: 33)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-18 18:17
体系是阴离子？

PS：发图时别把Multiwfn保存出的图片直接上传。默认设置下直接保存的图像像素高，文件尺寸大，浪费服务器空间，加载也慢。应当把尺寸调整合适再发

作者
Author: yiping_rw 时间: 2021-5-18 18:53

sobereva 发表于 2021-5-18 18:17
体系是阴离子？

PS：发图时别把Multiwfn保存出的图片直接上传。默认设置下直接保存的图像像素高，文件尺 ...

对的老师，是阴离子，所以优化的时候加了弥散函数6-311+g(d,p)。

PS：好的老师，第一次发帖，为清楚直观说明问题才附了图片，以后会注意调整尺寸的。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-19 02:51

yiping_rw 发表于 2021-5-18 18:53
对的老师，是阴离子，所以优化的时候加了弥散函数6-311+g(d,p)。

PS：好的老师，第一次发帖，为清楚直 ...

阴离子本来就这样

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Author: SchrodingersCat 时间: 2021-10-30 08:32
本帖最后由 SchrodingersCat 于 2021-10-30 08:42 编辑

在VMD里面可以调autoscale，因为按教程默认data range是-50~50，一个纯阴离子肯定小于0，自然都是蓝色的，所以得调。我刚做完一个内盐阳离子，可以看看。（我昨天也是遇到一样的问题，才摸索出来的，不知道对不对，欢迎讨论

）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-30 10:19

SchrodingersCat 发表于 2021-10-30 08:32
在VMD里面可以调autoscale，因为按教程默认data range是-50~50，一个纯阴离子肯定小于0，自然都是蓝色的， ...

默认情况VMD按照volume方式着色用的正是autoscale方式，也就是将数值下限和上限分别作为色彩刻度的下限和上限。由于对于中性体系，这没法让静电势为0的情况正好对应于最白色，所以我的脚本里用了对于中性体系普遍比较合适的上下限。
对于离子体系是可以用autoscale按钮直接自动设置，不过此时上、下限的数值不够整，所以建议再手动调得整一些。

作者
Author: SchrodingersCat 时间: 2021-10-30 11:25

sobereva 发表于 2021-10-30 10:19
默认情况VMD按照volume方式着色用的正是autoscale方式，也就是将数值下限和上限分别作为色彩刻度的下限和 ...

好的，谢谢sob老师

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