计算化学公社

标题: 联合原子力场的电荷RESP拟合？ [打印本页]

作者
Author: huidaoguoquo 时间: 2015-12-7 14:08
标题: 联合原子力场的电荷RESP拟合？
我是新手，请问联合原子力场的电荷如何RESP拟合？优化构型-计算静电势-拟合，最后一步应该怎么操作？谢谢！

作者
Author: xxj9618 时间: 2015-12-7 15:49
本帖最后由 xxj9618 于 2015-12-7 15:54 编辑

优化构型和静电势可以用gaussian计算，最后的拟合要看你用什么力场，我做amber力场直接使用ambertools做的拟合。具体教程网上有个http://blog.sina.com.cn/s/blog_4926ea900100j4zb.html

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-7 17:28
用全原子模型获得RESP电荷，然后再把作为united atom的几个原子的原子电荷加在一起即可。
当然，还是鼓励按照所用的力场原本获得原子电荷的方式来弄，否则会有一定不匹配。

2019-May-15补充：目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度快速、灵活和方便，详见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

作者
Author: 牧生 时间: 2021-4-22 22:10

sobereva 发表于 2015-12-7 17:28
用全原子模型获得RESP电荷，然后再把作为united atom的几个原子的原子电荷加在一起即可。
当然，还是鼓励 ...

请教一下，在培训班的教程里，有一个辛醇与水的分离的例子，使用的是gromos53a6力场，里面对于辛醇的很多CH2的电荷都是0。
但是目前，在ATB里面的辛醇文件（ID 397359），很多联合原子的电荷不为0，信息如下

[ atoms ]
;  nr  type  resnr  resid  atom  cgnr  charge mass
1  HS14 1 QR81 H18 1 0.440 1.0080
2  OAlc 1 QR81    O1 2 -0.693  15.9994
3 CH2 1 QR81    C8 3 0.186  14.0270
4 CH2 1 QR81    C7 4 0.098  14.0270
5 CH2 1 QR81    C6 5 -0.031  14.0270
6 CH2 1 QR81    C5 6 -0.019  14.0270
7 CH2 1 QR81    C4 7 0.015  14.0270
8 CH2 1 QR81    C3 8 0.013  14.0270
9 CH2 1 QR81    C2 9 0.004  14.0270
10 CH3 1 QR81    C1 10 -0.013  15.0350

我有需要请教的地方在于：
①力场升级以后，现在的力场gromos54a7_atb.ff对应的电荷能否适应旧的gromos53a6？

②如果我做十六烷基三甲基溴化铵的联合原子力场，而且想使用RESP2电荷，那么，我就应该计算全原子的RESP2。但是在下一步，但我如何确定各个联合原子和全原子的对应关系啊？示意图如下 (, 下载次数 Times of downloads: 26)
左图是ATB给出的CTAB+联合原子itp文件，右图是使用ATB给出的全原子pdb计算得到的RESP2电荷。特征原子如N原子的电荷很好区分。但是区分度不大的，如CH2，我如何才能确定是右边哪个C和H联合在一起，才能对应左边联合原子的某个CH2呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-3 03:31

牧生发表于 2021-4-22 22:10
请教一下，在培训班的教程里，有一个辛醇与水的分离的例子，使用的是gromos53a6力场，里面对于辛醇的很多 ...

重原子的顺序应当是相同的，结合三维分子结构图观看就知道对应关系了。
或者直接给ATB的联合原子模型的pdb用gview之类加氢也可以

作者
Author: 牧生 时间: 2021-5-3 15:39
本帖最后由牧生于 2021-5-3 15:41 编辑

sobereva 发表于 2021-5-3 03:31
重原子的顺序应当是相同的，结合三维分子结构图观看就知道对应关系了。
或者直接给ATB的联合原子模型的p ...

已经解决了，有一个套娃操作，要用符合ATB自己的规则的pdb文件才行。

①使用M$画CTAB阳离子的部分，存为pdb，

②上传这个pdb到ATB得到CTAB全原子的pdb，

③用ATB得的全原子CTAB的pdb，再上传到ATB，得到新的联合原子pdb，联合原子itp，全原子pdb。（此时顺序就对的上了，而且用这个最后一次得到的全原子pdb计算RESP电荷就可以了）

作者
Author: xxzj 时间: 2021-9-7 19:55

sobereva 发表于 2021-5-3 03:31
重原子的顺序应当是相同的，结合三维分子结构图观看就知道对应关系了。
或者直接给ATB的联合原子模型的p ...

老师，关于ATB使用有两个问题想请教您，第一，可以使用ATB自动生成的电荷而不用RESP进行动力学模拟可行吗？第二，对于ATB生成的pdb文件，可以使用全原子力场的吗，因为发现联合原子力场的少了很多氢原子？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-7 20:07

xxzj 发表于 2021-9-7 19:55
老师，关于ATB使用有两个问题想请教您，第一，可以使用ATB自动生成的电荷而不用RESP进行动力学模拟可行吗 ...

1 能凑合用，但不是最理想的

2 ATB搞出来的拓扑文件本来就是基于GROMOS力场的。对于有的分子，既给你全原子的拓扑文件也给你联合原子的拓扑文件，有的只给后者

搞懂什么叫联合原子力场
(, 下载次数 Times of downloads: 37)

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)