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标题: 使用pdb2gmx构建聚合物top的问题 [打印本页]

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-5-21 11:47
标题: 使用pdb2gmx构建聚合物top的问题
各位老师好，我在学习使用pdb2gmx构建聚合物的top文件，先尝试构建交联度为3的pva的top文件，我把链分别分为中部，头部，尾部，在rtp中分三个部分构建，下面是我的rtp,pdb,和hdb文件。在构建过程中出现了这个报错， (, 下载次数 Times of downloads: 44)
这个意思是没有识别成功我的头部和尾部的部分吗？如何解决这个问题呀？
然后还有我自己命名的残基名在相关的.dat文件找不到，要自己去定义吗？
谢谢各位老师解答

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-21 17:27
我没时间仔细看。最近新出了一个叫pyPolyBuilder的gromacs跑聚合物类型体系的拓扑文件构建工具你可以看看J. Chem. Inf. Model. 2021, 61, 1539−1544

作者
Author: ggdh 时间: 2021-5-21 17:58
1.把rtp文件拷贝到对应的力场文件夹下
2.修改residuetypes.dat 在其中加入你自己命名的残基名称
3. res名用三个字母的
4. rtp文件中还有其他各种错误。。。

作者
Author: ggdh 时间: 2021-5-21 18:14

sobereva 发表于 2021-5-21 17:27
我没时间仔细看。最近新出了一个叫pyPolyBuilder的gromacs跑聚合物类型体系的拓扑文件构建工具你可以看看J. ...

我也做了个搞聚合物的top的工具，比这个好用，但是我看到他写的paper和完善的tutorial就头大，弄这些周边的东西好费功夫。但是不弄又不行。。。

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-5-21 20:16

sobereva 发表于 2021-5-21 17:27
我没时间仔细看。最近新出了一个叫pyPolyBuilder的gromacs跑聚合物类型体系的拓扑文件构建工具你可以看看J. ...

好的谢谢社长我去看看

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-5-21 20:16

ggdh 发表于 2021-5-21 18:14
我也做了个搞聚合物的top的工具，比这个好用，但是我看到他写的paper和完善的tutorial就头大，弄这些周边 ...

谢谢老师我再去仔细检查检查，第一次做rtp文件

作者
Author: naoki 时间: 2021-5-21 20:51

ggdh 发表于 2021-5-21 18:14
我也做了个搞聚合物的top的工具，比这个好用，但是我看到他写的paper和完善的tutorial就头大，弄这些周边 ...

大神求分享

作者
Author: lyj714 时间: 2021-5-21 21:25
本帖最后由 lyj714 于 2021-5-21 21:27 编辑

ggdh 发表于 2021-5-21 18:14
我也做了个搞聚合物的top的工具，比这个好用，但是我看到他写的paper和完善的tutorial就头大，弄这些周边 ...

其实做top这些都还是次要的，我想要的是能够构建初始较为合理的超大型聚合物，比如单链总原子数为30W左右的这种，就拿较为简单的聚乙烯来说，如果不考虑初始卷曲，单一的线性初始结构会导致巨长，此时涉及的gmx问题就很多了，比如gro格式文件坐标格式就要用变精度格式，并且从长直链->卷曲的这个过程如果单单靠力场来跑nvt也是非常的费时间的。

不知道大佬可否有个好的解决方案或者建模工具，charmm-gui那些工具都是不靠谱的，对于这种超聚合物根本建模不出来，还卡死。

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-5-21 22:54
各位老师，这是我修正过一些的rtp文件，我再residuetypes.dat中，加入了ETH ETB ETE，这三个残基名，放在了当前目录下但是还是出现这个报错
(, 下载次数 Times of downloads: 43) (, 下载次数 Times of downloads: 50)
下面是pdb2gmx 中用到的gro文件

作者
Author: ggdh 时间: 2021-5-21 23:08

lyj714 发表于 2021-5-21 21:25
其实做top这些都还是次要的，我想要的是能够构建初始较为合理的超大型聚合物，比如单链总原子数为30W左右 ...

因为聚合物的建立都是用片段构建起来的
如果你想要建立卷曲的超长聚乙烯
我能想到的方案，就是先弄一个弯曲的寡聚体。
然后把这个寡聚体作为重复单元继续扩大。
不知道你觉得如何？

作者
Author: ggdh 时间: 2021-5-21 23:21

哪有这么脆弱发表于 2021-5-21 22:54
各位老师，这是我修正过一些的rtp文件，我再residuetypes.dat中，加入了ETH ETB ETE，这三个残基名，放在 ...

你先要确保gromacs读取的就是你改的这个residuetypes.dat
然后把poly 改成Protein
然后把你要加的部分放到文件开头

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-5-22 21:55

lyj714 发表于 2021-5-21 21:25
其实做top这些都还是次要的，我想要的是能够构建初始较为合理的超大型聚合物，比如单链总原子数为30W左右 ...

对于初始结构的产生，除了反应的MD，目前看到的文献有通过随机算法生成的，也有通过启发式（就是边模拟边根据设定的反应规则，比如距离甚至引入反应概率来更新top）不过没有公开代码的。自己也尝试过在李老师分段思路下，用gromacs边模拟边更新top，但总是报错，就放弃了。用lammps的话可以用polymatic，最近有学习，不过用起来感觉不是很方便的，还在学习。尤其对于加聚反应，如果用残基代替单体，生成初始超分子后还得考虑封端问题。
就手动建好的较小尺寸的聚合物top文件生成，日本人好像搞了个在线的工具http://polypargen.com/。不知道好不好用。

作者
Author: lyj714 时间: 2021-5-22 22:26

tjuptz 发表于 2021-5-22 21:55
对于初始结构的产生，除了反应的MD，目前看到的文献有通过随机算法生成的，也有通过启发式（就是边模拟边 ...

多谢，我也找过一些文献，看上去聚合反应的方式貌似不错，对于超聚合物能够产生不错的初始结构，我打算试一下看能否在gmx中实现。

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-5-22 22:43

lyj714 发表于 2021-5-22 22:26
多谢，我也找过一些文献，看上去聚合反应的方式貌似不错，对于超聚合物能够产生不错的初始结构，我打算试 ...

大佬出手，期待大作普惠我等。
简单分享下我的失败的思路。就是把所有的残基在一开始用pdb2gmx -merge all生成到一个molecule中去，然后根据距离判断可以成键的原子对，再把对应的bond pair angle dihedral improper更新到对应的section最后面。但是更新后经常报错。而且由于我写脚本功夫差劲，在判断成键并且下次判断时排除已经成键的这部分写的好像有问题。

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-5-22 23:00

ggdh 发表于 2021-5-21 18:14
我也做了个搞聚合物的top的工具，比这个好用，但是我看到他写的paper和完善的tutorial就头大，弄这些周边 ...

同求发布，不知道对于交联聚合物或是分支聚合物适用性如何

作者
Author: ggdh 时间: 2021-5-23 23:52
本帖最后由 ggdh 于 2021-5-23 23:54 编辑

tjuptz 发表于 2021-5-22 23:00
同求发布，不知道对于交联聚合物或是分支聚合物适用性如何

目前不能自动智能产生带有随机性聚合物，只能按照人工指定（几聚体，在哪里分支，在哪里交联）的方式产生。并且得到的构象是固定的。
但是分支和交联没有问题，不过既然可以产生聚合物，那加载一个蒙特卡洛的链增长或者超支化的算法好像也能行。
。。。。不知道你有没有具体的例子，贴上来我先拿去试试看？

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-5-27 23:30

ggdh 发表于 2021-5-23 23:52
目前不能自动智能产生带有随机性聚合物，只能按照人工指定（几聚体，在哪里分支，在哪里交联）的方式产生 ...

不好意思老师，这两天东西不在手头，过两天贴在回复里。

作者
Author: HZW 时间: 2021-5-28 10:00

sobereva 发表于 2021-5-21 17:27
我没时间仔细看。最近新出了一个叫pyPolyBuilder的gromacs跑聚合物类型体系的拓扑文件构建工具你可以看看J. ...

卢老师，我想问的是您说的这个只能单独跑聚合物体系，还是说能够和DNA加在一起来跑啊，因为我想单纯用聚合物来模拟大分子拥挤

作者
Author: corei70715 时间: 2021-5-28 10:19

tjuptz 发表于 2021-5-22 21:55
对于初始结构的产生，除了反应的MD，目前看到的文献有通过随机算法生成的，也有通过启发式（就是边模拟边 ...

试了一下这个网站，还挺好用的，500原子的6聚体，40秒

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-29 00:21

HZW 发表于 2021-5-28 10:00
卢老师，我想问的是您说的这个只能单独跑聚合物体系，还是说能够和DNA加在一起来跑啊，因为我想单纯用聚 ...

有了聚合物的拓扑文件，自然就能和其它分子的拓扑文件结合起来跑复合物体系

作者
Author: HZW 时间: 2021-5-29 16:00

sobereva 发表于 2021-5-29 00:21
有了聚合物的拓扑文件，自然就能和其它分子的拓扑文件结合起来跑复合物体系

I got it, thank you very much

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-5-30 16:22

ggdh 发表于 2021-5-23 23:52
目前不能自动智能产生带有随机性聚合物，只能按照人工指定（几聚体，在哪里分支，在哪里交联）的方式产生 ...

这个是一篇文献里的交联聚酰胺模型，里面有几个亚单元，您可以选择性试试。
(, 下载次数 Times of downloads: 40)

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-5-31 10:21

ggdh 发表于 2021-5-23 23:52
目前不能自动智能产生带有随机性聚合物，只能按照人工指定（几聚体，在哪里分支，在哪里交联）的方式产生 ...

老师我没有用-ignh命令得时候 top文件正常产生，但是用-ignh自己做了H数据库有如下报错 (, 下载次数 Times of downloads: 23)
但我将文件中得H1改成H11时，H2改成H22，H3改成H33，又报错 (, 下载次数 Times of downloads: 18)

下面是我得hdb,rtp,pdb文件，老师可以在帮我看看那里有错吗？谢谢老师

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-6-21 12:38

corei70715 发表于 2021-5-28 10:19
试了一下这个网站，还挺好用的，500原子的6聚体，40秒

我试了两个稍复杂的15聚体，一个很快报错，一个超时停止了。看来这工具对于复杂的还是不行。

作者
Author: nianbin 时间: 2021-11-4 23:53

ggdh 发表于 2021-5-21 18:14
我也做了个搞聚合物的top的工具，比这个好用，但是我看到他写的paper和完善的tutorial就头大，弄这些周边 ...

求分享

作者
Author: ggdh 时间: 2021-11-5 13:44

nianbin 发表于 2021-11-4 23:53
求分享

已经在论坛里面发布了，搜索ztop

作者
Author: 刘铮12 时间: 2021-12-26 23:06

tjuptz 发表于 2021-5-22 21:55
对于初始结构的产生，除了反应的MD，目前看到的文献有通过随机算法生成的，也有通过启发式（就是边模拟边 ...

大佬，您现在会用pdb2gmx 生成聚合物top文件了吗，我自己定义了单体的rtp，可是pdb2gmx命令一直出警告 Residue 2 named MID of a molecule in the input file was mapped to entry in the topology database,but the atom C11 used in an interaction of type dihedrals in that entry is not found in the input files。但我的MID中都没有C11。只有键角项有

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-12-27 14:53

刘铮12 发表于 2021-12-26 23:06
大佬，您现在会用pdb2gmx 生成聚合物top文件了吗，我自己定义了单体的rtp，可是pdb2gmx命令一直出警告 Re ...

实在搞不定就用楼上大佬的ztop工具或者社长提到的工具吧

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