计算化学公社

标题: 求助：CP2K使用PBE泛函进行几何优化出现极其怪异的崩溃结构 [打印本页]

作者
Author: xexlalalan 时间: 2021-5-21 13:20
标题: 求助：CP2K使用PBE泛函进行几何优化出现极其怪异的崩溃结构
近日使用我们学校超算中心编译的CP2K 7.1的PBE泛函对一个吸附有过硫酸根、水的矿物表面进行几何优化时（用钠离子做电荷平衡），发现优化所得的结果十分离谱，仿佛彻底散架一般，没有任何化学意义。更换赝势、基组，取消色散校正、偶极校正后均无效。我先前咨询过超算工程师，后者表示make test全部通过，不存在编译问题。现已束手无策，只得来此求助。

我也用超算的cp2k算了一下真空中过硫酸（中性的，不是过硫酸根）的结构：同样是PBE，Gaussian优化出了正常结构，CP2K的结果直接就裂开成了两个自由基，而且硫的位置还挺有问题……

现把输入文件、输出文件、优化过程放在附件的zip中。下图是高斯和CP2K过硫酸的优化结果对比

作者
Author: jiangning198511 时间: 2021-5-21 15:38
&POISSON
PERIODIC NONE #Direction(s) of PBC for calculating electrostatics
PSOLVER ANALYTIC #The way to solve Poisson equation
&END POISSON
这里为啥选择NONE,表面的话应该是XY

作者
Author: jiangning198511 时间: 2021-5-21 15:44
你的INP文件中的结构构建也有问题

作者
Author: xexlalalan 时间: 2021-5-21 17:07

jiangning198511 发表于 2021-5-21 15:44
你的INP文件中的结构构建也有问题

谢谢！我改一下poisson。请问结构具体哪里有问题呢？

作者
Author: jiangning198511 时间: 2021-5-22 09:17

xexlalalan 发表于 2021-5-21 17:07
谢谢！我改一下poisson。请问结构具体哪里有问题呢？

我看了一下INPUT的结构，你这个结构是两边吸附吗？部分水貌似在真空层里面

作者
Author: xexlalalan 时间: 2021-5-22 12:47

jiangning198511 发表于 2021-5-22 09:17
我看了一下INPUT的结构，你这个结构是两边吸附吗？部分水貌似在真空层里面

是只有一边吸附的，另一边是拿钠进行电荷平衡。一开始的时候想加溶剂模型，因为单独一个钠离子极性太大，怕溶剂模型不好收敛，所以就给他用了显式溶剂。结果还是不好收敛，就又把隐式模型去掉了……但是模型懒得改了，索性这么算了

作者
Author: xexlalalan 时间: 2021-5-23 13:09

jiangning198511 发表于 2021-5-21 15:38
&POISSON
PERIODIC NONE #Direction(s) of PBC for calculating electrostatics
PSOLVER ...

非常感谢！确实是POISSION没有设置。设置成XYZ之后就完全正常了！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)