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标题: 求助，cp2K中原子固定 [打印本页]

作者
Author: 风飞 时间: 2021-5-21 14:15
标题: 求助，cp2K中原子固定

老师，您好，

使用Multiwfn生成cp2K的输入文件，可以通过原子编号，或者原子种类，进行固定，

但是对于表面结构，使用MS切出来，保存成cif后他的原子排序并没有按照z轴方向进行排序，手动改很麻烦，

请问有什么方便的方法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-21 14:27
对于目前最新的Multiwfn版本，在CP2K输入文件产生界面里，选-11 Enter the interface for geometry operations，然后13 Reorder atom sequence，然后3 Reorder according to Z coordinate (small to large)，原子序号就按照Z排序了（用选项0 Visualize current geometry可以看到当前的序号）。之后退回之前的CP2K界面继续产生输入文件即可

作者
Author: 风飞 时间: 2021-5-21 14:46
本帖最后由风飞于 2021-5-21 16:02 编辑

sobereva 发表于 2021-5-21 14:27
对于目前最新的Multiwfn版本，在CP2K输入文件产生界面里，选-11 Enter the interface for geometry operati ...

嗯好的谢谢老师

作者
Author: 风飞 时间: 2021-5-21 16:04

sobereva 发表于 2021-5-21 14:27
对于目前最新的Multiwfn版本，在CP2K输入文件产生界面里，选-11 Enter the interface for geometry operati ...

老师，您好，

我cif文件中上下的终端原子都是Mg，使用Multiwfn创建cp2k的输入文件，并且对原子的z方向进行排序时，得到的末端原子是O，请问是怎么回事呢？

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作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-21 19:55

风飞发表于 2021-5-21 16:04
老师，您好，

我cif文件中上下的终端原子都是Mg，使用Multiwfn创建cp2k的输入文件，并且对原子的z方 ...

是个bug，我已更新了官网上最新版Multiwfn修正了这个问题

作者
Author: renj864878110 时间: 2023-11-23 13:07

sobereva 发表于 2021-5-21 14:27
对于目前最新的Multiwfn版本，在CP2K输入文件产生界面里，选-11 Enter the interface for geometry operati ...

sob. 老师，我在用Multiwfn最新版本中没有找到13 Reorder atom sequence，和3 Reorder according to Z coordinate (small to large)！不知道在哪个选项里找到它们？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-24 01:57

renj864878110 发表于 2023-11-23 13:07
sob. 老师，我在用Multiwfn最新版本中没有找到13 Reorder atom sequence，和3 Reorder according to Z co ...

CP2K输入文件产生界面里选-11 Enter the interface for geometry operations，就在里面

作者
Author: xtm123 时间: 2023-12-5 21:44

sobereva 发表于 2021-5-21 14:27
对于目前最新的Multiwfn版本，在CP2K输入文件产生界面里，选-11 Enter the interface for geometry operati ...

老师，请问要按什么才能退回之前的cp2k界面呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-6 07:36

xtm123 发表于 2023-12-5 21:44
老师，请问要按什么才能退回之前的cp2k界面呢

屏幕上的提示写明了

作者
Author: linyushuang 时间: 2023-12-6 11:26

sobereva 发表于 2021-5-21 14:27
对于目前最新的Multiwfn版本，在CP2K输入文件产生界面里，选-11 Enter the interface for geometry operati ...

社长，Multiwfn能不能直接通过结构文件产生inp文件的时候直接对原子进行固定呢？有没有可以是按层固定的功能呢？

作者
Author: xtm123 时间: 2023-12-6 21:59

sobereva 发表于 2023-12-6 07:36
屏幕上的提示写明了

谢谢老师，已找到

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-7 02:31

linyushuang 发表于 2023-12-6 11:26
社长，Multiwfn能不能直接通过结构文件产生inp文件的时候直接对原子进行固定呢？有没有可以是按层固定的 ...

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作者
Author: 这是神马事 时间: 2024-3-26 01:09

sobereva 发表于 2023-12-7 02:31

向社长汇报个小bug，这个选项9提示在我这不显示，版本包括23.11跟24.3.25（其他未测试），但是输入9是有功能的。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-26 14:20

这是神马事发表于 2024-3-26 01:09
向社长汇报个小bug，这个选项9提示在我这不显示，版本包括23.11跟24.3.25（其他未测试），但是输入9是有 ...

不是bug

本来算能量计算任务设冻结就没有任何意义，当然不显示

建议看此文http://bbs.keinsci.com/thread-40272-1-1.html

作者
Author: 这是神马事 时间: 2024-3-26 15:58
本帖最后由这是神马事于 2024-3-26 16:51 编辑

sobereva 发表于 2024-3-26 14:20
不是bug

本来算能量计算任务设冻结就没有任何意义，当然不显示

好的，社长，因为win版本有，以为linux的是bug呢，能力有限并不是挑事

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-26 18:50

这是神马事发表于 2024-3-26 15:58
好的，社长，因为win版本有，以为linux的是bug呢，能力有限并不是挑事

相同的Multiwfn版本、相同的设定下，不可能windows和linux下有这种差别

作者
Author: gyp159 时间: 2024-7-30 09:20

sobereva 发表于 2023-12-6 07:36
屏幕上的提示写明了

老师您好，请问下如何对使用Multiwfn对生成的CP2K的输入文件的原子进行固定

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-30 10:04

gyp159 发表于 2024-7-30 09:20
老师您好，请问下如何对使用Multiwfn对生成的CP2K的输入文件的原子进行固定

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里的例子
(, 下载次数 Times of downloads: 20)

作者
Author: gyp159 时间: 2024-7-30 11:15

sobereva 发表于 2023-12-7 02:31

请问老师，我输入了vasp使用的POSCAR格式的文件，然后在Multiwfn中进入cp2k输入文件生成的目录中没有9（固定原子位置）的选项，请问下可能是什么原因。可以输入9然后下一步也能设置固定原子，但是最后生成的文件并没有锁住原子。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-30 22:01

gyp159 发表于 2024-7-30 11:15
请问老师，我输入了vasp使用的POSCAR格式的文件，然后在Multiwfn中进入cp2k输入文件生成的目录中没有9（ ...

ppt里的例子体现了，要先选择几何优化

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)