计算化学公社

标题: 吐槽，又见顶刊瞎算乱算 [打印本页]

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Author: fwz3888 时间: 2021-5-21 20:07
标题: 吐槽，又见顶刊瞎算乱算
本帖最后由 fwz3888 于 2021-5-21 20:43 编辑

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虽说JACS、ANGEW等化学顶刊上缺乏计算化学常识的行为屡见不鲜，但SCIENCE上这么离谱的计算还是头一次看到。
本文计算部分研究了一系列氯自由基与不同σ-donor间的相互作用，且不说SCF=QC、CPCM等，研究此等弱相互作用不用BSSE也罢，连D3都没有？

作者
Author: fwz3888 时间: 2021-5-21 20:16
上传正文供大家阅读讨论，计算细节在SI中。
于我个人而言，文章前面的动力学及对比实验部分确实令我信服，但关于前人可以捕获到RO·的解释，尤其是SI中的复合物优化及相互作用能研究部分实在勉强。

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作者
Author: granvia 时间: 2021-5-21 21:32
Chloride atoms是什么鬼

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Author: wzkchem5 时间: 2021-5-21 21:34
这么小的体系就应该直接上MRCISD+Q，TZ/QZ外推至基组极限。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-21 22:02
不错，这回又多了个教育初学者不要迷信顶刊的极好的反面教材

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-5-21 22:03

wzkchem5 发表于 2021-5-21 21:34
这么小的体系就应该直接上MRCISD+Q，TZ/QZ外推至基组极限。。。

一下避免了BSSE问题，妙啊

作者
Author: fwz3888 时间: 2021-5-21 22:09

wzkchem5 发表于 2021-5-21 21:34
这么小的体系就应该直接上MRCISD+Q，TZ/QZ外推至基组极限。。。

我正尝试用DLPNO-CCSD(T)/CBS验证文中的结论。

我的一些实验工作与这里的结论有一些关系，试图用比较少的时间来验证一下文中的结论是否定性正确。

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-5-21 22:14

fwz3888 发表于 2021-5-21 22:09
我正尝试用DLPNO-CCSD(T)/CBS验证文中的结论。
我的一些实验工作与这里的结论有一些关系，试图用比 ...

233333埋伏一波comment

作者
Author: fwz3888 时间: 2021-5-21 22:19

sobereva 发表于 2021-5-21 22:02
不错，这回又多了个教育初学者不要迷信顶刊的极好的反面教材

话说根据身边人的投稿经历，N/S这种期刊只要正文里有计算化学部分，必定有专业的从事量化计算的审稿人。这回这个情况多半是因为计算全在SI里导致的疏忽。当然迷信顶刊绝对不可取，尤其JACS/ANGEW上的计算有时简直群魔乱舞。
不过话说回来，本来感觉这是蛮不错的机理研究，看到这个计算好感全无，甚至对其结论是否正确产生疑问。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-21 22:30

fwz3888 发表于 2021-5-21 22:19
话说根据身边人的投稿经历，N/S这种期刊只要正文里有计算化学部分，必定有专业的从事量化计算的审稿人。 ...

既然有搞计算的审稿人，就理应盯紧了计算部分，哪怕是在SI里。不能不令人质疑一次Science选审稿人的水平

作者
Author: fwz3888 时间: 2021-5-21 22:37

sobereva 发表于 2021-5-21 22:30
既然有搞计算的审稿人，就理应盯紧了计算部分，哪怕是在SI里。不能不令人质疑一次Science选审稿人的水平

确实，无论如何这种业余的错误都是不应该在Science这种期刊上出现的。
或者说不应该在任何一个专业的学术期刊上出现。

作者
Author: fwz3888 时间: 2021-5-21 22:56

hdhxx123 发表于 2021-5-21 22:14
233333埋伏一波comment

哈哈哈我等也只敢在论坛里吐槽一下
不过我倒是很期待文中直接被diss的那位的comment，看热闹是其次，希望能够增进对这个体系的认识。毕竟这篇中还有一些没有解释清楚的问题

作者
Author: yygong 时间: 2021-5-21 23:05

fwz3888 发表于 2021-5-21 22:19
话说根据身边人的投稿经历，N/S这种期刊只要正文里有计算化学部分，必定有专业的从事量化计算的审稿人。 ...

“群魔乱舞” 评论到位！

作者
Author: 量化小菜鸡 时间: 2021-5-22 10:23
用SCF=QC这个有什么问题吗？假如他波函数不收敛，虽然QC可能收敛到不是稳定的波函数。

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2021-5-22 10:44
体系这么小用B3LYP/6-311++G(d,p）不太准确吧，确实没色散校正，也没说加了BSSE，估计审稿人都是做实验的罢了

作者
Author: fwz3888 时间: 2021-5-22 10:58

量化小菜鸡发表于 2021-5-22 10:23
用SCF=QC这个有什么问题吗？假如他波函数不收敛，虽然QC可能收敛到不是稳定的波函数。

这里给我的感觉更像是他把这个当成了一个默认的选项。
确实QC容易收敛到不稳定波函数，一般不是万不得已不用QC/XQC，而且用的话必check stability

作者
Author: smooth85 时间: 2021-5-22 16:18
实验团队“起义”搞计算的不少

作者
Author: 朽木可自雕 时间: 2021-5-22 21:04
不知道一些人是从哪里学来的坏毛病，在Gaussian里老是想用CPCM、贴出来的关键词里带着CPCM，笔者每当看见这种情况就很不爽。CPCM本身是PCM的近似，而IEFPCM又是PCM的最佳实现形式。显然放着Gaussian里是默认的而且是更好的IEFPCM不用，而刻意去用CPCM，完全就是自取其辱！！！另外，CPCM在Gaussian里对于中性体系用的参数是错的，这点在J. Chem. Theory Comput., 11, 4220 (2015)里专门提到了，结果一定程度上不可靠。所以绝对不要在Gaussian里用CPCM！！！

摘自：http://sobereva.com/331 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

作者
Author: 朽木可自雕 时间: 2021-5-22 21:08
QC有啥毛病？？求解
这个是官网上的scf=qc的解释：
Calls for the use of a quadratically convergent SCF procedure [Bacskay81]. By default this involves linear searches when far from convergence and Newton-Raphson steps when close (unless the energy goes up). This method is slower than regular SCF with DIIS extrapolation but is more reliable. SCF=QC is not available for restricted open shell (RO) calculations.
可以得到更值得信任的结果啊。所以为啥scf=qc被吐槽？

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-5-22 21:15

朽木可自雕发表于 2021-5-22 21:08
QC有啥毛病？？求解
这个是官网上的scf=qc的解释：
Calls for the use of a quadratically convergent SC ...

论坛里搜搜就知道了,scf=qc易收敛到波函数不稳定的解

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-5-22 21:22

朽木可自雕发表于 2021-5-22 21:08
QC有啥毛病？？求解
这个是官网上的scf=qc的解释：
Calls for the use of a quadratically convergent SC ...

scf=qc是在用牛顿法收敛到极小值但是并不一定是全局极小值

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-5-22 23:04

朽木可自雕发表于 2021-5-22 14:08
QC有啥毛病？？求解
这个是官网上的scf=qc的解释：
Calls for the use of a quadratically convergent SC ...

这里的reliable指的是收敛概率高，不是收敛到最低能量解的概率高

作者
Author: 文艺青年别装笔 时间: 2021-5-24 14:47
请问，这篇文章的问题是不是可以理解成，由于体系比较小，所以应该用更精细更合适的基组进行计算，使用b3lyp太粗糙了。

作者
Author: wang7344412 时间: 2021-5-24 16:11

朽木可自雕发表于 2021-5-22 21:04
不知道一些人是从哪里学来的坏毛病，在Gaussian里老是想用CPCM、贴出来的关键词里带着CPCM，笔者每当看见这 ...

http://sobereva.com/327 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/331 常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词

作者
Author: fwz3888 时间: 2021-5-24 16:47

文艺青年别装笔发表于 2021-5-24 14:47
请问，这篇文章的问题是不是可以理解成，由于体系比较小，所以应该用更精细更合适的基组进行计算，使用b3ly ...

B3LYP描述弱相互作用，尤其是色散为主的，非常失败。
详见Sob老师关于DFT-D的博文

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-5-24 17:17

hdhxx123 发表于 2021-5-22 14:22
scf=qc是在用牛顿法收敛到极小值但是并不一定是全局极小值

牛顿法其实连极小值点都不能保证，可能收敛到鞍点乃至高阶鞍点

作者
Author: 化学ren 时间: 2021-6-1 10:58
强烈关注Zuo下篇文章如何写机理

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-1 15:10

朽木可自雕发表于 2021-5-22 21:08
QC有啥毛病？？求解
这个是官网上的scf=qc的解释：
Calls for the use of a quadratically convergent SC ...

仔细看相关部分
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-6-2 04:28

fwz3888 发表于 2021-5-21 22:09
我正尝试用DLPNO-CCSD(T)/CBS验证文中的结论。
我的一些实验工作与这里的结论有一些关系，试图用比 ...

这么小的体系没必要DLPNO吧。。。。这才几个原子。再就是开壳层体系可能有一定静态相关的情况下CCSD(T)未必好使，感觉还是应该上多参考。

作者
Author: fwz3888 时间: 2021-6-2 16:42

喵星大佬发表于 2021-6-2 04:28
这么小的体系没必要DLPNO吧。。。。这才几个原子。再就是开壳层体系可能有一定静态相关的情况下CCSD(T)未 ...

单纯图个快，我就图一乐算着玩玩。亲核试剂对自由基有稳定化作用并不奇怪，但是文中一些结论还是有疑点。
话说真要研究这个，准就直接上MDCISD+Q了

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