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标题: 求助：练习cp2k8.1例子过程中出现了非正常的报错 [打印本页]

作者
Author: Akaiconan 时间: 2021-5-23 12:26
标题: 求助：练习cp2k8.1例子过程中出现了非正常的报错
本帖最后由 Akaiconan 于 2021-5-23 12:26 编辑

各位老师好：

在根据社长分享的centos8中安装编译cp2k8.1教程完成安装以后，学生找到两个他人已经正确计算完的例子进行练习。一个是官网中计算一个甲醇分子wannier中心，另外一个是计算水的。

两个例子的输入文件仅仅是盒子大小以及内部原子的数量和坐标的不同。结果甲醇例子在练习过程中可以顺利计算完成，而水分子例子却总是出现“cholesky decomposition failed. matrix will conditioned”的报错信息。

我尝试在MS的建模中将水分子中氢氧原子的数目减少（源案例中是48个原子，也就是16个H2O）。当减至3个水分子及以下数目时，可以正常运行了，而只要是4个水分子，也就是12个原子以上，就会出现上述的报错。
由于基础知识还有欠缺，且这是他人计算成功的例子，未敢胡乱猜测自己工作站报错的原因，请各位老师指点。

下方为两个例子的输入文件：
甲醇：
&GLOBAL
  PROJECT Methanol
  RUN_TYPE MD
  PRINT_LEVEL LOW
&END GLOBAL

&FORCE_EVAL
  &DFT
BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT
POTENTIAL_FILE_NAME POTENTIAL
&MGRID
   CUTOFF 280
   REL_CUTOFF 40
   NGRIDS 5
&END MGRID
&SCF
   SCF_GUESS ATOMIC
   MAX_SCF 200
   &OT
      MINIMIZER DIIS
      PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE
   &END OT
   &PRINT
      &RESTART
      &EACH
         MD 0
      &END EACH
      &END RESTART
   &END PRINT
&END SCF
&LOCALIZE
   METHOD CRAZY
   MAX_ITER 2000
   &PRINT
      &WANNIER_CENTERS
      IONS+CENTERS
      FILENAME =methanol_wannier.xyz
      &EACH
         MD 5
      &END EACH
      &END WANNIER_CENTERS
   &END PRINT
&END LOCALIZE
&XC
   &XC_FUNCTIONAL BLYP
   &END
   &XC_GRID
      XC_DERIV NN10_SMOOTH
      XC_SMOOTH_RHO NN10
   &END XC_GRID
   &VDW_POTENTIAL
      DISPERSION_FUNCTIONAL PAIR_POTENTIAL
      &PAIR_POTENTIAL
      TYPE DFTD3
      PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat
      REFERENCE_FUNCTIONAL BLYP
      &END PAIR_POTENTIAL
   &END VDW_POTENTIAL
&END XC
  &END DFT

  &SUBSYS
&CELL
   ABC 10.0 10.0 10.0
&END
&COORD
   H    0.84754       0.03474       1.03453
   C    0.35048       0.00675       0.06084
   H    0.63507       0.89276    -0.52006
   H    0.66249    -0.89338    -0.48283
   O    -1.01083    -0.00823       0.36439
   H    -1.48520    -0.03263    -0.45685
&END
&KIND H
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-BLYP-q1
&END
&KIND O
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-BLYP-q6
&END
&KIND C
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-BLYP-q4
&END
  &END SUBSYS
&END FORCE_EVAL

&MOTION
  &MD
ENSEMBLE NVT
STEPS 40000
TIMESTEP 0.5
&THERMOSTAT
   TYPE NOSE
   &NOSE
      TIMECON 100
   &END NOSE
&END THERMOSTAT
TEMPERATURE 400
  &END MD
  &PRINT
&RESTART
   BACKUP_COPIES 0
   &EACH
      MD 1
   &END EACH
&END RESTART
&END PRINT
&END MOTION

水：
&GLOBAL
PROJECT cp2k
RUN_TYPE MD
PRINT_LEVEL LOW
&END GLOBAL

&FORCE_EVAL
&DFT
  BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT
  POTENTIAL_FILE_NAME POTENTIAL
  &MGRID
CUTOFF 280
REL_CUTOFF 40
NGRIDS 5
  &END
  &SCF
SCF_GUESS ATOMIC
MAX_SCF 200
&OT
MINIMIZER DIIS
PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE
&END
&PRINT
&RESTART
   &EACH
   MD 0
   &END
&END RESTART
&END PRINT
  &END SCF

  &LOCALIZE
METHOD CRAZY
!MAX_ITER 2000
&PRINT
&WANNIER_CENTERS
   IONS+CENTERS
   FILENAME =water_wannier.xyz
   &EACH
   MD 5
   &END
&END
&END
  &END LOCALIZE

  &XC
&XC_FUNCTIONAL BLYP
&END
&XC_GRID
XC_DERIV NN10_SMOOTH
XC_SMOOTH_RHO NN10
&END
&VDW_POTENTIAL
DISPERSION_FUNCTIONAL PAIR_POTENTIAL
&PAIR_POTENTIAL
   TYPE DFTD3
   PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat
   REFERENCE_FUNCTIONAL BLYP
&END PAIR_POTENTIAL
&END VDW_POTENTIAL
  &END XC
&END DFT

&SUBSYS
  &CELL
ABC 7.82 7.82 7.82
  &END
  &TOPOLOGY
COORD_FILE_NAME water.cif
COORD_FILE_FORMAT CIF
  &END TOPOLOGY
  &KIND H
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
POTENTIAL GTH-BLYP-q1
  &END
  &KIND O
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
POTENTIAL GTH-BLYP-q6
  &END
  &KIND C
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
POTENTIAL GTH-BLYP-q4
  &END
&END
&END

&MOTION
&MD
ENSEMBLE NVT
STEPS 40000
TIMESTEP 0.5
  &THERMOSTAT
TYPE NOSE
&NOSE
   TIMECON 100
&END NOSE
  &END THERMOSTAT
  TEMPERATURE 400
&END MD
&PRINT
&RESTART
&EACH
   MD 1
&END EACH
&END RESTART
&END PRINT
&END MOTION

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-24 21:16
直接用Multiwfn产生CP2K输入文件的功能（http://sobereva.com/587），界面里敲0直接产生输入文件，计算起来什么问题都没有

(, 下载次数 Times of downloads: 24)
(, 下载次数 Times of downloads: 9)

官网上有些例子有槽点，别盲目效仿

作者
Author: wuyeyangguang 时间: 2021-5-24 21:29
想问一下用cp2k跑动力学，采样之前的能量极小化及平衡过程是单独做的吗？用社长程序Multiwfn产生的输入文件中有无包含这两个过程？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-25 00:35

wuyeyangguang 发表于 2021-5-24 21:29
想问一下用cp2k跑动力学，采样之前的能量极小化及平衡过程是单独做的吗？用社长程序Multiwfn产生的输入文件 ...

是
仔细看博文，里面都写了，优化、MD任务的输入文件都能直接产生

作者
Author: Akaiconan 时间: 2021-5-27 08:08

sobereva 发表于 2021-5-24 21:16
直接用Multiwfn产生CP2K输入文件的功能（http://sobereva.com/587），界面里敲0直接产生输入文件，计算起来 ...

好的感谢社长，您587这篇帖子我时常就翻出来看看，以后优先就用Multiwfn生成。

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