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标题: 求助VASP计算吸附能中关于带电体系的问题 [打印本页]

作者
Author: yuzj41d 时间: 2021-5-23 19:17
标题: 求助VASP计算吸附能中关于带电体系的问题
各位老师好，新手求助。
体系是CoN4-graphene and graphitic N doped graphene吸附PMS

第一遍算的时候没考虑忘记了PMS带电的问题，不同吸附结构算出来吸附能是-2.6~-2.3eV ，反而与文献-2.43eV的结果相近。
然后我用NELECT=38写入PMS的INCAR里，平面没用NELECT时优化出来吸附能竟然是个正值，
随后我又分别用NELECT=516（考虑Co2+）与NELECT=554分别加入面和最终吸附结构的INCAR中。
计算后的吸附能在-0.7~-0.3eV之间。

最后优化的INCAR是这样。
想问一下老师们几个问题：
1：VASP是如何分配带电体系的电荷的，我看之前帖子中又说VASP计算带电体系不甚可靠，但是做出的差分电荷密度不是基于本身电荷分布的吗？
2：我这样算出的结果可靠吗？为什么与文献值相去甚远，还不到-1eV
3: 我还做了对臭氧的吸附，考虑了面的电荷，算出来的也是正值，表示不解。
麻烦各位大佬解惑~先谢过各位老师~

作者
Author: granvia 时间: 2021-5-23 19:45
周期性带电体系计算出的能量不可靠，VASP手册里说了。因此无法计算带电模型的吸附能。没办法，除非你使用中性体系近似替代的方法（但可靠度又不得而知）

作者
Author: din5g 时间: 2021-5-23 19:47
vasp对二维结构算带电体系的能量不是算不准吗，手册里有写到，与C轴真空层长度有关

作者
Author: yuzj41d 时间: 2021-5-23 21:07

granvia 发表于 2021-5-23 19:45
周期性带电体系计算出的能量不可靠，VASP手册里说了。因此无法计算带电模型的吸附能。没办法，除非你使用中 ...

好吧，感谢

作者
Author: alwens 时间: 2021-5-24 14:29
有一种可能，人家根本也是按照不带电算的。

作者
Author: yuzj41d 时间: 2021-5-25 20:49

alwens 发表于 2021-5-24 14:29
有一种可能，人家根本也是按照不带电算的。

我也觉得文献作者是按不带电算的，毕竟我不带电情况下的差分电荷密度图和文献中几乎一模一样。但是不带电是不妥的吧。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-5-26 01:52

yuzj41d 发表于 2021-5-25 13:49
我也觉得文献作者是按不带电算的，毕竟我不带电情况下的差分电荷密度图和文献中几乎一模一样。但是不带电 ...

你研究的是溶液里的吸附吗？如果是的话，加惰性的抗衡离子把电荷配平就行了

作者
Author: 超音速emooo 时间: 2022-8-9 21:02
楼主你好，我最近也遇到了跟你挺相似的问题，也是石墨烯片表面修饰带电残基想用VASP计算电荷分布，请问你这个问题后来解决了没有呀？用什么方法解决的呀？

作者
Author: Zhangpc 时间: 2022-9-27 11:42

din5g 发表于 2021-5-23 19:47
vasp对二维结构算带电体系的能量不是算不准吗，手册里有写到，与C轴真空层长度有关

请问这是在手册的哪一部分呀？

作者
Author: ZPLLL 时间: 2022-11-24 18:31

超音速emooo 发表于 2022-8-9 21:02
楼主你好，我最近也遇到了跟你挺相似的问题，也是石墨烯片表面修饰带电残基想用VASP计算电荷分布，请问你这 ...

我也是，同病相怜

作者
Author: AFAD 时间: 2023-5-17 22:59

超音速emooo 发表于 2022-8-9 21:02
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

请问你解决这个问题了吗？求指教

作者
Author: qingtaiii_ 时间: 2024-4-24 15:58

wzkchem5 发表于 2021-5-26 01:52
你研究的是溶液里的吸附吗？如果是的话，加惰性的抗衡离子把电荷配平就行了

老师您好想问下这句话中，加惰性的抗衡离子是如何加的，如果是有机小分子，抗衡离子是加在有机小分子上让他变成分子形式，还是单独加个离子比如氢离子这种

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-4-24 16:54

qingtaiii_ 发表于 2024-4-24 08:58
老师您好想问下这句话中，加惰性的抗衡离子是如何加的，如果是有机小分子，抗衡离子是加在有机小分子上让 ...

单独加离子，离子和有机小分子之间的距离不能太近，不要让有机小分子和离子成键（否则就不叫惰性了）。
氢离子几乎不可能是惰性的，一般加Na+、Cl-等

作者
Author: 莫菲特 时间: 2025-3-24 09:37

wzkchem5 发表于 2024-4-24 16:54
单独加离子，离子和有机小分子之间的距离不能太近，不要让有机小分子和离子成键（否则就不叫惰性了）。
...

请问如果不是有机小分子，而是含氧酸根这类的，能否按您说的添加惰性抗衡离子

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-24 12:40

莫菲特发表于 2025-3-24 09:37
请问如果不是有机小分子，而是含氧酸根这类的，能否按您说的添加惰性抗衡离子

如果要用周期性边界条件程序，中和体系电荷、让体系总电荷为0的优先级是非常高的，即使不管加什么抗衡离子都会和体系已有的离子配位，也不能不加抗衡离子

作者
Author: 莫菲特 时间: 2025-3-26 15:53

wzkchem5 发表于 2025-3-24 12:40
如果要用周期性边界条件程序，中和体系电荷、让体系总电荷为0的优先级是非常高的，即使不管加什么抗衡离 ...

谢谢您，另外我想请教一下，如果添加抗衡离子，是否需要将其固定，因为体系中slab距吸附物质2埃，而抗衡离子距吸附物4埃，但是通过CONTCAR发现添加的抗衡离子与吸附物还有不断靠近趋势，应该加大距离或者说将其固定？

作者
Author: streamlet 时间: 2025-5-7 19:03

莫菲特发表于 2025-3-26 15:53
谢谢您，另外我想请教一下，如果添加抗衡离子，是否需要将其固定，因为体系中slab距吸附物质2埃，而抗衡 ...

同问，楼主解决了吗？

作者
Author: vasp冲冲 时间: 2025-5-7 20:38

wzkchem5 发表于 2025-3-24 12:40
如果要用周期性边界条件程序，中和体系电荷、让体系总电荷为0的优先级是非常高的，即使不管加什么抗衡离 ...

大佬有没有相关文献发个一两篇

作者
Author: 汪杰 时间: 2025-5-28 22:34

wzkchem5 发表于 2025-3-24 12:40
如果要用周期性边界条件程序，中和体系电荷、让体系总电荷为0的优先级是非常高的，即使不管加什么抗衡离 ...

请问一下老师，抗衡离子的加入原则是什么呢？
我的理解是，直接将原子放入远离slab的真空层里面去，但是这样的话，这个原子似乎没法体现离子性质。
或者是放在slab的背面，与slab有作用。
请老师解惑，感谢！

作者
Author: streamlet 时间: 2025-5-29 06:48

wzkchem5 发表于 2021-5-26 01:52
你研究的是溶液里的吸附吗？如果是的话，加惰性的抗衡离子把电荷配平就行了

老师，想问一下，用vasp算吸附加抗衡离子的情况，是需要使用vaspsol吗？

作者
Author: 不吃香菜 时间: 2025-6-3 20:34

汪杰发表于 2025-5-28 22:34
请问一下老师，抗衡离子的加入原则是什么呢？
我的理解是，直接将原子放入远离slab的真空层里面去，但是 ...

请问有解决吗？遇到了类似的问题。

作者
Author: 汪杰 时间: 2025-6-4 21:04

不吃香菜发表于 2025-6-3 20:34
请问有解决吗？遇到了类似的问题。

后面有老师回答了我这个问题，你可以参考一下

作者
Author: 不吃香菜 时间: 2025-6-5 16:41

汪杰发表于 2025-6-4 21:04
后面有老师回答了我这个问题，你可以参考一下

谢谢

作者
Author: 零晨心雨 时间: 2025-6-19 10:44

wzkchem5 发表于 2024-4-24 16:54
单独加离子，离子和有机小分子之间的距离不能太近，不要让有机小分子和离子成键（否则就不叫惰性了）。
...

老师您好，我的体系吸附的是Cl离子，请问可以添加Na离子进行处理吗？如何放置钠离子与氯离子的位置？

作者
Author: 零晨心雨 时间: 2025-6-19 10:50
博主您好，请问您最后是如何处理吸附带点离子的问题？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-6-19 10:54

零晨心雨发表于 2025-6-19 10:44
老师您好，我的体系吸附的是Cl离子，请问可以添加Na离子进行处理吗？如何放置钠离子与氯离子的位置？

可以
理想情况下需要靠构型搜索确定离子的位置。但如果由文献或化学常识可以确定氯离子的吸附位点，那么也可以不对氯离子做构型搜索，否则需要搜索；钠离子同理

作者
Author: 零晨心雨 时间: 2025-6-19 19:02

wzkchem5 发表于 2025-6-19 10:54
可以
理想情况下需要靠构型搜索确定离子的位置。但如果由文献或化学常识可以确定氯离子的吸附位点，那么 ...

感谢您的回复！如果加入抗衡离子来计算吸附能，在后续计算时，Eads = EAB-EA-EB 这个公式该怎么用呢？是否为：A是带点离子（Cl离子）+抗衡离子（Na离子），B是吸附剂？

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