计算化学公社

标题: 跑AIMD的时间步长应该设为多少？ [打印本页]

作者
Author: 九月九 时间: 2021-5-25 15:07
标题: 跑AIMD的时间步长应该设为多少？
各位老师大家好，我想跑一段时间的AIMD，查文献发现，有的文章时间步长设为0.5，有的设为1，我看到有人说这个跟键的振动频率有关系，请问具体应该怎么换算呢？

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-5-25 16:42
含氢的共价键断裂必须0.5fs，别的勉强可以1fs。没有断键的话一遍1fs就行。

作者
Author: wuyeyangguang 时间: 2021-5-25 16:55
应该主要是与H原子有关。体系当中如果涉及到H原子较多、或氢键明显、或存在质子转移等，且需要着重考察相关特性时，那时间步长肯定是要设置的较小才行。如果所要研究的体系特性不需要特别关注H原子，可以采用约束限制或者设置重氢等方法，那时间步长就可以设大点了。当然，如果你不在乎时间，步长设定的小一点那肯定是稳妥的（也是初学者，有不对地方请高手指正）

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2021-5-25 18:35
“怎么换算”大概是振动频率最高的 C-H 3000 cm-1 多，大概一个周期 10 fs，要把一个曲线的采样给采平滑了得一二十个直线段

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-25 19:44
看具体情况
温度（高温还是低温，原子运动速度明显不同）
什么体系（平衡结构附近模拟，还是涉及到化学反应等等）
是否对键长做了约束
有没有氢、什么同位素
...

没细节没法判断

一般情况
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换算：
1/cm 波数=2.99792458E10 /s，和氢（氕同位素）有关的键的伸缩频率约3000cm-1，因此频率1E14/s。即周期为1E-14 s =10 fs

作者
Author: 九月九 时间: 2021-5-26 09:30

wuzhiyi 发表于 2021-5-25 16:42
含氢的共价键断裂必须0.5fs，别的勉强可以1fs。没有断键的话一遍1fs就行。

谢谢！

作者
Author: 九月九 时间: 2021-5-26 09:31

wuyeyangguang 发表于 2021-5-25 16:55
应该主要是与H原子有关。体系当中如果涉及到H原子较多、或氢键明显、或存在质子转移等，且需要着重考察相关 ...

谢谢，下面有社长较为详细的回复

作者
Author: 九月九 时间: 2021-5-26 09:32

liyuanhe211 发表于 2021-5-25 18:35
“怎么换算”大概是振动频率最高的 C-H 3000 cm-1 多，大概一个周期 10 fs，要把一个曲线的采样给采平滑了 ...

谢谢李老师！

作者
Author: 九月九 时间: 2021-5-26 09:44
本帖最后由九月九于 2021-5-26 09:45 编辑

sobereva 发表于 2021-5-25 19:44
看具体情况
温度（高温还是低温，原子运动速度明显不同）
什么体系（平衡结构附近模拟，还是涉及到化学反 ...

谢谢社长，很详细！我计算的体系是室温含有OH-和H2O，需要考察氢键以及OH-的成键，总体看最大的振动频率大于3000cm-1，时间步长是不是应该设为0.5fs更合适一些？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-27 00:34

九月九发表于 2021-5-26 09:44
谢谢社长，很详细！我计算的体系是室温含有OH-和H2O，需要考察氢键以及OH-的成键，总体看最大的振动频率 ...

如果不涉及质子转移这样成键断键问题，1 fs也可以接受，如果你算得动的话0.5 fs更稳

作者
Author: 九月九 时间: 2021-5-27 08:33

sobereva 发表于 2021-5-27 00:34
如果不涉及质子转移这样成键断键问题，1 fs也可以接受，如果你算得动的话0.5 fs更稳

明白了，多谢社长！

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