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标题: 求助小分子限制势MD模拟无法正常运行 [打印本页]

作者
Author: TDHFjiang 时间: 2021-5-25 20:15
标题: 求助小分子限制势MD模拟无法正常运行
本帖最后由 TDHFjiang 于 2021-5-25 22:06 编辑

各位好，初次使用GMX，希望各位帮忙~~~也麻烦Sob老师帮忙看一下，感谢~~~请教一下，小分子是从ATB官网下载的， itp以及力场参数是提供的，其中力场参数gromos54a7_atb.ff.tar.gz是ATB官网已修改的，需要手动添加在gmx的top目录
附件有bh-atb.itp ---  bh-atb.pdb ---  以及手写的topol.top  h-eq.mdp 文件，考虑到 bh-atb.pdb溶质分子的刚性结构，在动力学过程中将其限制住，避免溶质跑散（如果是我自己的原因导致溶质bh-atb.pdb 跑散，希望大家帮忙指出）
以下是运行命令顺序
1. 将 bh-atb.pdb 转换为gro格式
gmx editconf -f bh-atb.pdb -o bh.gro
2. 生成限制势，将bh.gro 限制住
gmx genrestr -f bh.gro -o posre_bh.itp
3. 将下面三行加入bh-atb.itp的最后面
   #ifdef POSRES          #include "posre_bh.itp"
   #endif
4. gmx editconf -f bh.gro -box 3 3 3  -o bhbox.gro 生成盒子
5. gmx solvate -cp bhbox.gro -o mix.gro                添加溶剂
6. （因为能量极小化后，溶质bh.gro 跑散了，我就不跑能量极小化了）
gmx grompp -f h-eq.mdp -c mix.gro -p topol.top -r mix.gro -o pr.tpr -maxwarn -1  生成限制的pr.tpr 文件
7. 体系为阴离子，加入抗衡阳离子Na, 如果不加抗衡阳离子也可以跑，那就更好了，因为有warning ,我就加了
gmx genion -s pr.tpr -p topol.top -o mix.gro -neutral
8. 因为又加入了一次Na, 重新生成pr.tpr
gmx grompp -f h-eq.mdp -c mix.gro -p topol.top -r mix.gro -o pr.tpr -maxwarn -1
nohup gmx mdrun -deffnm pr -nt 10 &

无法正常运行MD, 见图片1 2   (, 下载次数 Times of downloads: 20)
(, 下载次数 Times of downloads: 33)

(, 下载次数 Times of downloads: 12)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-25 20:25
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“小分子限制势MD模拟-GROMACS”改了，以后务必注意

作者
Author: TDHFjiang 时间: 2021-5-25 20:27

sobereva 发表于 2021-5-25 20:25
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

感谢~

作者
Author: 牧生 时间: 2021-5-25 21:28
本帖最后由牧生于 2021-5-25 21:34 编辑

2. 生成限制势，将bh.gro 限制住
gmx genrestr -f bh.gro -o posre_bh.itp
。。。。。。
。。。。。。
6. （因为能量极小化后，溶质bh.gro 跑散了，我就不跑能量极小化了）

我做表面活性剂在水中的状态，从来没有加限制。
能量极小化过程，也从来没有溶质跑散的现象。
温度就直接设置为300K，没有做过退火过程。

我的一般操作是
①gmx editconf -f bh.pdb -box 3 3 3  -o bhbox.gro 直接用pdb生成盒子
②gmx solvate -cp bhbox.gro -cs spc216.gro -p bh.top -o mix.gro          添加溶剂spc216
③gmx grompp -f em.mdp -c mix.gro -p bh.top -o bha.tpr -maxwarn -1
gmx mdrun -deffnm bha -v    能量极小化    （2021.5.25 21:32，我做到了这一步，没有发现什么异常。剩下的步骤，应该你会做了）
④添加离子，再次能量极小化
⑤ MD

作者
Author: TDHFjiang 时间: 2021-5-25 21:28
是不是不需要include .itp 文件，gromos54a7_atb.ff/ffnonbonded.itp 好像有相应的参数

作者
Author: 牧生 时间: 2021-5-25 21:34

TDHFjiang 发表于 2021-5-25 21:28
是不是不需要include .itp 文件，gromos54a7_atb.ff/ffnonbonded.itp 好像有相应的参数

top里面是有必要include bh-atb.itp的

作者
Author: ggdh 时间: 2021-5-25 22:05
top文件有问题。这个分子应该有42个键长。 120个键角，但是itp文件中的数量严重不足。

作者
Author: TDHFjiang 时间: 2021-5-26 09:29

牧生发表于 2021-5-25 21:34
top里面是有必要include bh-atb.itp的

感谢，经楼下老师提醒，是top文件有问题，准备手动修改小分子top文件

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