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标题: 求助：gromacs分子动力学盒子设置 [打印本页]

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-5-26 10:21
标题: 求助：gromacs分子动力学盒子设置
请问各位老师，本人在进行蛋白加配体分子动力学模拟时，根据蛋白尺寸，向蛋白周围拓展1.5nm设置了长方体盒子，进行了200ns的的动力学模拟后，蛋白稍微跑出了盒子边界，请问这样对我的分析结果有影响吗，若是这样不合理，怎么设置长方体盒子，能够确保模拟物质不跑出盒子边界的同时尽量减少计算量，感谢您的解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-27 04:51
懂得PBC的原理就知道没影响
只需要保证蛋白质和它的镜像距离别太近就行（诸如2nm），用gmx pairdist可以输出整个模拟过程中最近距离

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-5-29 16:18

sobereva 发表于 2021-5-27 04:51
懂得PBC的原理就知道没影响
只需要保证蛋白质和它的镜像距离别太近就行（诸如2nm），用gmx pairdist可以输 ...

谢谢卢老师的解答！

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