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标题: 求助：用alchemical_analysis计算联苯的溶剂化自由能得到诡异的重叠分布图该如何改进 [打印本页]

作者
Author: 活性炭 时间: 2021-5-26 10:50
标题: 求助：用alchemical_analysis计算联苯的溶剂化自由能得到诡异的重叠分布图该如何改进
如题，我的自由能计算参数设置如下：
free-energy             = yes
couple-moltype          = BIP
couple-lambda0          = none
couple-lambda1          = vdw-q
couple-intramol       = no
separate-dhdl-file    = yes
sc-alpha                = 0.5
sc-power                = 1
sc-sigma    = 0.3
init-lambda-state       = $LAMBDA$
coul-lambdas          = 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50 0.55 0.60 0.65 0.70 0.75 0.80 0.85 0.90 0.95 1.00
vdw-lambdas             = 0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50 0.55 0.60 0.65 0.70 0.75 0.80 0.85 0.90 0.95 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
nstdhdl                = 100
calc-lambda-neighbors = -1

用alchemical_analysis分析得到采样窗口的重叠分布图和相应的重叠矩阵如下，这样的采样窗口该如何改进

作者
Author: 王家小姐 时间: 2022-2-28 18:32
我计算的时候也遇到过这种情况，是因为所取的窗口太密集了，减少几个窗口应该可以解决这个问题

作者
Author: 活性炭 时间: 2022-3-14 16:04

王家小姐发表于 2022-2-28 18:32
我计算的时候也遇到过这种情况，是因为所取的窗口太密集了，减少几个窗口应该可以解决这个问题

请问，如何判断哪些个窗口应该减少呢？

作者
Author: 王家小姐 时间: 2022-5-16 16:59

活性炭发表于 2022-3-14 16:04
请问，如何判断哪些个窗口应该减少呢？

您好，我判断的标准是对角线面积很大，可以减少些窗口，我是隔一个减少一个

作者
Author: 活性炭 时间: 2022-6-8 15:13

王家小姐发表于 2022-5-16 16:59
您好，我判断的标准是对角线面积很大，可以减少些窗口，我是隔一个减少一个

好的，谢谢回复！

作者
Author: Jeffrey0521 时间: 2023-7-28 16:09
您好，想问下有解决吗？我看到有人说增加窗口，有人说减少窗口，我不知道该怎么搞了

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