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标题: 求助走amber tutorial的伞形采样例子的问题(已解决) [打印本页]

作者
Author: 冷血 时间: 2021-5-27 11:12
标题: 求助走amber tutorial的伞形采样例子的问题(已解决)
本帖最后由冷血于 2021-7-28 15:35 编辑

请问各位老师，我在走amber tutorial的AMBER Advanced Tutorial 17 - Umbrella Sampling Example : Section 2 (ambermd.org)例子时，发现这样一个问题，参数设置全是copy的教程，自己计算得到的dihedral_120.dat全是0，部分结果如下所示，但是 ambpdb -p ala_tri.prmtop -c ala_tri_prod_120.rst > ala_tri_120.pdb获得的ala_tri_120.pdb与起始的pdb中，（9,15,17,19）组成的二面角的确出现了60°/120°偏移，请问这是为啥呢？(已解决)
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作者
Author: yang0206 时间: 2021-11-16 15:23
你好，我也出现了同样的问题，请问原因是什么

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