计算化学公社

标题: 求助计算离子在两相传质过程PMF [打印本页]

作者
Author: sun666 时间: 2021-5-28 12:06
标题: 求助计算离子在两相传质过程PMF
我想做一个离子在两相的一个转移PMF计算，过程是离子从水相转移到有机相。
这个过程不是自发的，我的思路是先使用SMD（牵引动力学）获得离子从水相转移到有机相过程中各个位置的状态作为伞状采样每个窗口的初始结构，再使用伞状采样在每个窗口进行模拟。不知道我的这个做法是否正确。

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-5-28 12:23
可以，行。事实上这玩意是个至少两个自由度的东西，同时还要考虑离子向有机相转移时候带走的水。Morita前两天出了个文章，可以参考一下。

作者
Author: sun666 时间: 2021-5-28 16:06

k64_cc 发表于 2021-5-28 12:23
可以，行。事实上这玩意是个至少两个自由度的东西，同时还要考虑离子向有机相转移时候带走的水。Morita前两 ...

谢谢您，您说的两个自由度是“水指”坐标w和z坐标吧。不知道您会不会计算w呢，我看文献只知道w的计算方式但是不知道如何实现的。
还想请问您利用SMD获得伞状采样窗口的初始结构好还是利用加入电场促进离子转移获得初始结构好。
另外不知道您说的Morita的文章是哪篇，可否提供一下文章名或者DOI号。

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-5-28 17:22

sun666 发表于 2021-5-28 16:06
谢谢您，您说的两个自由度是“水指”坐标w和z坐标吧。不知道您会不会计算w呢，我看文献只知道w的计算方式 ...

模拟water finger的工作大多都是Morita组做的，直接看他们组文献就行。Water figer算起来特别麻烦，不推荐，用水合离子的配位数当CV更省事。

初始结构怎么着都行，建议直接拉，犯不上加电场。

作者
Author: sun666 时间: 2021-8-2 00:00

k64_cc 发表于 2021-5-28 17:22
模拟water finger的工作大多都是Morita组做的，直接看他们组文献就行。Water figer算起来特别麻烦，不推 ...

请问大佬，在离子转移过程中，若是要把离子的配位数当作CV的话R_0应该设为多少呢。离子从水相到有机相的第一配位水化层的水个数应该不变，设置成第一水化层的距离好像又没有意义。

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-8-3 11:15

sun666 发表于 2021-8-2 00:00
请问大佬，在离子转移过程中，若是要把离子的配位数当作CV的话R_0应该设为多少呢。离子从水相到有机相的 ...

你这是阳离子吗，那确实挺麻烦。要不直接第二水化层？

我之前只做过阴离子，没有这个问题……

作者
Author: sun666 时间: 2021-8-3 14:58

k64_cc 发表于 2021-8-3 11:15
你这是阳离子吗，那确实挺麻烦。要不直接第二水化层？

我之前只做过阴离子，没有这个问题……

好的谢谢大佬我的是阳离子，另外请教一下plumed如果只想对cv的某一个区域做metad是不是必须加upperwall。我在做metad的时候报错说格子外访问，还有SIGAM该如何设置呢

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-8-3 15:13

sun666 发表于 2021-8-3 14:58
好的谢谢大佬我的是阳离子，另外请教一下plumed如果只想对cv的某一个区域做metad是不是必须加upperwall。 ...

是的，最好加upperwall。

你做一小段brute-force md，统计你要搞的CV的标准差，就是sigma了。

作者
Author: sun666 时间: 2021-8-3 15:23

k64_cc 发表于 2021-8-3 15:13
是的，最好加upperwall。

你做一小段brute-force md，统计你要搞的CV的标准差，就是sigma了。

谢谢您，我没有听过您谁说的brute-force md，请教您该如何做呢。比如我想把距离d作为CV，在1nm到5nm范围做metad，该如何做呢。

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-8-4 10:42

sun666 发表于 2021-8-3 15:23
谢谢您，我没有听过您谁说的brute-force md，请教您该如何做呢。比如我想把距离d作为CV，在1nm到5nm范围 ...

就不加bias直接跑……

作者
Author: sun666 时间: 2021-8-4 11:22

k64_cc 发表于 2021-8-4 10:42
就不加bias直接跑……

跑1个ns统计cv的标准差够不够啊。还是说有什么条件

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)