计算化学公社

标题: gromacs拉伸C60小球与蛋白碰撞，距离蛋白质很近的地方小球会偏移是什么原因？ [打印本页]

作者
Author: MrWang 时间: 2021-5-28 16:01
标题: gromacs拉伸C60小球与蛋白碰撞，距离蛋白质很近的地方小球会偏移是什么原因？
各位大神们好，请问我想模拟拉伸C60小球与一个蛋白相互碰撞接触模拟，已经设置了沿一个方向拉伸C60小球，但是距离蛋白质很近的地方小球就会偏移，无法与蛋白接触是什么原因呢，谢谢大家

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-29 05:35
截图说明是什么情况，这样描述太抽象

模拟碰撞也不一定要用拉伸，直接在gro里设置初速度也可以

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“gromacs拉伸配体与蛋白碰撞 ”改了，以后务必注意

作者
Author: MrWang 时间: 2021-5-29 13:18

sobereva 发表于 2021-5-29 05:35
截图说明是什么情况，这样描述太抽象

模拟碰撞也不一定要用拉伸，直接在gro里设置初速度也可以

老师向上是y方向，已经把蛋白固定，设置了沿y方向牵引小球，但是蛋白与小球始终接触不上，一旦距离过近就会偏离y方向，学生有两个问题，1、为什么会接触不上2、明明已经设置了沿y方向，为什么小球还会沿别的方向偏移，谢谢老师 (, 下载次数 Times of downloads: 38)

作者
Author: lyj714 时间: 2021-5-29 13:43
正常吧，不可能碰撞上，理应会快接触的时候反弹。如果你的c60不带电，你提取c60 和蛋白之间的LJ作用应该就能看出来。gmx energy

作者
Author: MrWang 时间: 2021-5-29 14:12

lyj714 发表于 2021-5-29 13:43
正常吧，不可能碰撞上，理应会快接触的时候反弹。如果你的c60不带电，你提取c60 和蛋白之间的LJ作用应该就 ...

之前看文献有的人是用lammps做的碰撞上了，我用的是gromacs就不知道为啥碰撞不上，还想请教一个问题我已经用energy提取了两者之间的时间与LJ势能的数据，用什么命令能求出球与蛋白之间的相互作用力与时间的数据呢？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-30 01:32
我不知道你怎么定义碰撞。如果说肉眼看上去C60和蛋白质的原子都快挨到一起了，那明显不可能发生，要知道LJ势当中的互斥势部分是干什么的，当原子间距离小于平衡距离后就会感受到很强的斥力驱使它们分离。

而且你的体系也不是左右对称的，不可能始终恰好老老实实笔直地沿着Y方向运动，此体系中C60在X方向上感受到的外势都不是对称的。

头脑里有势函数的概念自然就会明白看到的现象

作者
Author: MrWang 时间: 2021-5-30 14:32

sobereva 发表于 2021-5-30 01:32
我不知道你怎么定义碰撞。如果说肉眼看上去C60和蛋白质的原子都快挨到一起了，那明显不可能发生，要知道LJ ...

好的老师，我现在已经用gmx energy 求出来了他俩之间的相互作用能与时间的关系，那我想得出他俩之间的相互作用力该用什么命令呢，还是说把能量求导就可以得出相互作用力与时间的关系，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-31 05:03

MrWang 发表于 2021-5-30 14:32
好的老师，我现在已经用gmx energy 求出来了他俩之间的相互作用能与时间的关系，那我想得出他俩之间的相 ...

没法简单得到，需要自己写程序对每一帧基于原子电荷和力场参数直接计算

作者
Author: lyj714 时间: 2021-5-31 12:45

sobereva 发表于 2021-5-31 05:03
没法简单得到，需要自己写程序对每一帧基于原子电荷和力场参数直接计算

老师说的这个有文章理论参考么？我查过一些文献上的只看到过通过对相互作用能对距离求导数的那种方式

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-1 04:16

lyj714 发表于 2021-5-31 12:45
老师说的这个有文章理论参考么？我查过一些文献上的只看到过通过对相互作用能对距离求导数的那种方式

自己编程，计算两个片段间每一对粒子的作用力然后加和
知道力场函数形式自然就知道怎么实现

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