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标题: 求助关于伞形采样与PMF的一些问题 [打印本页]

作者
Author: sun666 时间: 2021-5-29 17:56
标题: 求助关于伞形采样与PMF的一些问题
本帖最后由 sun666 于 2021-5-29 18:33 编辑

问题一：A（固定参考点）--------------------B(牵引对象) 初始距离为d0

请问老师，在使用SMD时加入的谐振力（以pull_coord1_k=1000为例），这个谐振力的具体形式是什么呢是F=k（d-d0）2吗。

为什么我模拟时，B先接近A然后再被反弹远离A。

另外这个K该如何选择呢。我设置的一个所有参数都为0的原子作为参考点，+2价的离子作为牵引的点。

问题二：加入电场是在每个窗口之间加入电场，还是对整个体系加入电场，GROMACS是加入电场mdp文件该怎么写呢。不知道如下形式对不对，加入的电场的形式是如何的呢。

electric-field-x = 0 0 0 0 ; 振幅(V/nm), 频率ω(1/ps), 脉冲峰时间(ps), 脉冲宽度σ(ps)

electric-field-y = 0 0 0 0 ; ω = 0 静电场

electric-field-z = 0 0 0 0 ; σ = 0 无脉冲, 余弦电场

问题三：伞形采样时分成的各个窗口如：| 1 | 2 | 3 |

在每个窗口加入上述的谐振力和加入电场将离子（我研究的是一个+2价的离子）限制在窗口内有什么区别吗，我看文献使用的为电场。

问题四：关于伞状采样计算原理的问题，在每个窗口模拟获得概率分布后，

方法一：利用公式直接可以得到A（ζ）orG（ζ），再利用WHAM计算可以得到PMF。

方法二：得到概率分布再计算平均力进而积分得到PMF

这两种方法有优劣之分吗。

作者
Author: sun666 时间: 2021-6-2 17:57
有老师指点吗

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