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标题: 为什么用NPT系综盒子压扁了 [打印本页]

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-5-31 16:00
标题: 为什么用NPT系综盒子压扁了
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这是我跑完1微秒之后某一帧的图像，就很疑惑为什么会出现这种情况。用NPT系综的话，我知道盒子大小是会发生些变化，但不至于变化这么大吧？
下面是我跑md的参数：
integrator                      = md
dt                            = 0.001
nsteps                         = 1000000000 ;1us
nstlog                         = 10000
nstenergy                      = 10000
nstxout-compressed             = 5000

continuation                   = no
constraints                   = h-bonds
constraint-algorithm          = lincs

cutoff-scheme                   = Verlet
coulombtype                   = PME
rcoulomb                      = 1.0

vdwtype                         = Cut-off
DispCorr                      = EnerPres

comm-mode                      = Linear
nstcomm                         = 100
comm_grps                      = System

tinit                         = 0.000
nstxout                         = 25000
nstvout                         = 50000
compressed-x-precision = 1000
compressed-x-grps       = SYSTEM

pbc                            = xyz
rlist                         = 1.0
fourierspacing                = 0.12
pme_order                      = 4
ewald_geometry                = 3d
ewald-rtol                      = 1e-5
ewald-rtol-lj                   = 1e-5
vdw-modifier                   = Potential-shift
rvdw-switch                   = 0.0
rvdw                            = 1.0

tcoupl                         = Nose-Hoover
tc_grps                      = Protein_GDP_PI Water_and_ions
tau_t                         = 1.0 1.0
ref_t                         = 300 300

Pcoupl                         = Parrinello-Rahman
pcoupltype                      = semiisotropic
tau_p                         = 5.0
compressibility                = 4.5e-5  4.5e-5
ref_p                         = 1.0    1.0

gen_vel                         = yes
gen-temp                      = 300
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请问各位大佬，问题出现在哪里？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-1 03:54
图看不清楚
应当把初始结构图也贴出来，并且MD前后的图把盒子边框都画出来

如果没有特殊情况，不要用半各项同性控压。如果当前就是个蛋白质在水里的模拟，没有任何理由不用常规的各项同性控压。而且在体系平衡之前，不要用PR压浴

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-6-1 06:22

sobereva 发表于 2021-6-1 03:54
图看不清楚
应当把初始结构图也贴出来，并且MD前后的图把盒子边框都画出来

好的，谢谢大佬，我先去按你说的去试试

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