计算化学公社

标题: 底物分子糖分子与溶剂DMSO之间氢键的作用 [打印本页]

作者
Author: icc-jly 时间: 2015-12-9 16:52
标题: 底物分子糖分子与溶剂DMSO之间氢键的作用
如果研究底物分子糖分子与溶剂DMSO之间的作用，应该是溶剂包合作用？我认为就是氢键作用，想问是否可以通过气相和溶剂化（CPCM,DMSO）的能量作对比，如果溶剂化计算比气相稳定了，能不能说明他们之间有相互？或者能否有其他更好的方法研究这两个物质的相互作用？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-9 18:36
相互作用肯定是有的。
研究可以从不同角度，最简单的就是用隐式溶剂模型表现DMSO，计算溶解自由能。更复杂点就是用显式溶剂模型表现DMSO的第一溶剂化层，考察与糖分子的弱相互作用，可以结合RDG、AIM、能量分解等方式方法考察。更全面地研究就是做动力学模拟，考察糖分子附近DMSO的统计分布，可以结合aRDG方法考察，见《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》（http://sobereva.com/186）

作者
Author: icc-jly 时间: 2015-12-9 20:27

sobereva 发表于 2015-12-9 18:36
相互作用肯定是有的。
研究可以从不同角度，最简单的就是用隐式溶剂模型表现DMSO，计算溶解自由能。更复杂 ...

老师，您说的隐式溶剂模型，是不是就是考虑CPCM的溶剂化计算吉布斯自由能，然后与气相的自由能只差？
还有您说的显式溶剂模型，用高斯也是可以计算的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-9 22:18

icc-jly 发表于 2015-12-9 20:27
老师，您说的隐式溶剂模型，是不是就是考虑CPCM的溶剂化计算吉布斯自由能，然后与气相的自由能只差？
还 ...

是
可以。溶质周围画一层DMSO即可，但需要考虑各种排布方式。

作者
Author: icc-jly 时间: 2015-12-10 08:25

sobereva 发表于 2015-12-9 22:18
是
可以。溶质周围画一层DMSO即可，但需要考虑各种排布方式。

好的，谢谢老师，我研究一下

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