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标题: 集群普通用户安装MPI-only版vasp6.1.0-vtst-vaspsol [打印本页]
作者Author: qmlearner 时间: 2021-5-31 17:57
标题: 集群普通用户安装MPI-only版vasp6.1.0-vtst-vaspsol
本帖最后由 qmlearner 于 2021-6-1 14:04 编辑
vasp6安装主要参考了以下b站视频：
vtst部分主要参考了以下帖子：
vaspsol部分主要参考了以下帖子：
https://mp.weixin.qq.com/s/pWLNZknUvLcYKw5IAlSaZg
编译环境：RedHat 4.8.5-11, x86_64，在$HOME/vasp/目录下进行安装。
1.解压vasp.6.1.0.tar.gz
tar xvf vasp.6.1.0.tar.gz
解压vtstcode-xxx.tgz
tar xvf vtstcode-xxx.tgz
3.网上有些教程建议先备份src/目录下的chain.F文件，
cp src/chain.F src/chain.F-org
4.将vtstcode-xxx/中的文件全部复制到src/目录
cp vtstcode-xxx/* vasp.6.1.0/src
5.修改src/main.F源码，找到第3449行（可以搜索CHAIN_FORCE快速定位）
CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)改为：
CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
6.修改编译配置src/.objects,在chain.o前（第93行）添加如下内容（不要忘记换行符‘\’，\后不能有空格）：
bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \
fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o \
7.查看编译器
which ifort
输出类似：
～/composer_xe_2015.1.133/bin/intel64/ifort
如果显示不存在，需设置Intel编译器环境(将$ifortpath替换成自己的实际路径)
source $ifortpath/composer_xe_2015.1.133/bin/compilervars.sh intel64
8. 查看Interl MKL环境
echo $MKLROOT
输出类似：
～/composer_xe_2015.1.133/mkl 如果显示不存在，需设置Interl MKL环境(将$mklpath替换成自己的实际路径):
source $mklpath/composer_xe_2015.1.133/mkl/bin/mklvars.sh intel64
9.查看Intel MPI环境
which mpiifort
如果显示不存在，需设置Interl MPI环境(将$mpipath替换成自己的实际路径):
source $mpipath/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh intel64
10.查看是否存在$mklpath/composer_xe_2015.1.133/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a,
如果不存在，可以在自己目录下编译生成 libfftw3xf_intel.a：
mkdir $HOME/local/interfaces
cp -a $mklpath/composer_xe_2015.1.133/mkl/interfaces/fftw3xf $HOME/local/interfaces
cd $HOME/local/interfaces/fftw3xf
make libintel64
将在此目录下生成 libfftw3xf_intel.a
11. cp arch/makefile.include.linux_intel makefile.include
修改make.incude,将
OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o
改为
OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o $HOME/local/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a
12.从以下链接下载solvation.F,
https://github.com/henniggroup/VASPsol/blob/master/src/solvation.F
将solvation.F到src/
13.编辑makefile.include
在CPP_OPTIONS=添加-Dsol_compat \
14.编辑src/mpi.F源码
安装之前我搜了很多帖子，其中有人说vasp6编译vaspsol是会报错，网上有一个相关的帖子
https://mp.weixin.qq.com/s/pWLNZknUvLcYKw5IAlSaZg
按照其中的思路，对照vasp6 src/mpi.F和vasp5 src/mpi.F,将M_sum_s对应部分的注释取消掉
15. make all
网上很多人反应会出现如下错误，但并不影响vasp使用
fortran.c(68): catastrophic error: cannot open source file "cuda_runtime.h"
如想避免此错误，可以分别编译三个版本
make std
make gam
make ncl
安装完成之后会在build/和bin/下出现std,gam,ncl相关内容
16. make test（需要较长时间）
最后结果如下：
———————————————————————————————————————————————————
SUMMARY:
The following tests failed, please check the output file manually:bulk_InP_SOC_G0W0_sym
bulk_InP_SOC_G0W0_sym_RPR bulk_SiO2_LOPTICS bulk_SiO2_LOPTICS_RPR
bulk_SiO2_LPEAD bulk_SiO2_LPEAD_RPR SiC8_GW0R Tl_x Tl_x_RPR Tl_y Tl_y_RPR Tl_z Tl_z_RPR
———————————————————————————————————————————————————
有几个任务失败，看了下输出的ERROR信息，都是让检查OUTCAR，不是编译导致的错误。
———————————————————————————————————————————————————————
WARNING: Number of rows and/or columns in files energy_outcar and energy_outcar.ref disagree. Please check!
Continuing using the smaller number of columns and/or rows.
ERROR: the test yields different results for the forces, please check
———————————————————————————————————————————————————————
用自己以前的任务试跑了下CINEB、没有隐式溶剂时的结构优化，都没有问题。
有一点不确定的地方，就是用隐式水溶剂优化的时候,OSZICAR中并不是一行SOL：，一行DAV：输出的，
而是第一行SOL：，然后连续算若干电子步之后才继续输出SOL：（如图1所示），不知道这样是不是正常？
看有帖子说可以把PeriodicNBO and SSAdNDP、Wannier90、OPTCELL、vtst、vaspsol等全部一起编译，
感觉这很酷，不知道有没有大神实操过？各插件之间会不会有冲突？如果可行的话，个人感觉OPTCELL没有
太大必要一起编译，因为我的理解是优化哪个晶轴，不优化哪个晶轴，在编译的时候通过OPTCELL文件和
constr_cell_relax.F就决定了。比如编译不优化z方向，而只优化x,y方向，那么将来你有任务是想优化x,y,z
三个方向的时候岂不得重新再编译vasp?(不知道理解的对不对，请指正)
作者Author: abin 时间: 2021-6-1 09:59
我试着弄了一下vasp 6.2.0
测试算例100%通过。
建议采用官方推荐的toolchain。
作者Author: qmlearner 时间: 2021-6-1 11:15
很有可能是toolchain的原因，跟官网对了下，有些确实没用推荐的版本，多谢大神：）。
集群如果没有装相应的toolchian，普通用户搞这些有点儿头秃
几个算例失败是否说明以后如果做跟这几个算例相同的计算时也会失败？
但其他的任务不影响？
作者Author: abin 时间: 2021-6-1 11:29
算例失败意味着什么，不清楚。
我只是能搞得所有算例都通过。
如果开启AVX512指令集支持，报错可能更多，需修改源码处理。
官方说，不保证和intel2015工具的兼容性。
集群环境，
可以自己安装软件呀。
安装intel之类的， 无需需要root授权也可以搞定呀。
我前几天通过材料人直播了一次， 从安装系统，到intel编译器安装，以及vasp源码编译。
非root用户处理。 可以观摩。
作者Author: highlight 时间: 2021-6-1 12:33
应该和你的报错无关，但是你确定第 11 步是 libfftw3_mpi.a ？
作者Author: qmlearner 时间: 2021-6-1 16:51
我用的intel 2017 update4。
多谢指点，我去搜搜相关材料。
作者Author: qmlearner 时间: 2021-6-1 16:52
笔误，应该是libfftw3xf_intel.a，多谢提醒。
作者Author: 阿锋001 时间: 2022-4-24 16:16
如果是vasp5版本，记得只复制5的那个文件夹到vasp5的路径下： cp vtstcode-xxx/vtstcode5/* vasp.5/src
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